More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0339 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0339  endonuclease III  100 
 
 		 256 aa  520  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0346  endonuclease III  78.16 
 
 		 261 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0360921  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0201  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  88.57 
 
 		 274 aa  394  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0381  endonuclease III  77.29 
 
 		 258 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0162  endonuclease III  76.95 
 
 		 262 aa  388  1e-107  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.562877  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0439  endonuclease III  77.91 
 
 		 254 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.45571  normal  0.92859 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0205  endonuclease III/Nth  77.46 
 
 		 252 aa  381  1e-105  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.911472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3375  endonuclease III  72.25 
 
 		 236 aa  318  5e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3842  endonuclease III  70.81 
 
 		 254 aa  316  3e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.561189  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0159  endonuclease III  72.73 
 
 		 260 aa  316  3e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.939047  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3741  endonuclease III  68.81 
 
 		 260 aa  315  3e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0166  endonuclease III  72.25 
 
 		 248 aa  315  4e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3441  endonuclease III  62.95 
 
 		 260 aa  315  5e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0176  endonuclease III  67.83 
 
 		 249 aa  314  9.999999999999999e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.809108  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3106  endonuclease III  62.04 
 
 		 252 aa  305  6e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0153  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  70.87 
 
 		 237 aa  302  4.0000000000000003e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3289  endonuclease III  67.66 
 
 		 240 aa  295  6e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0133312 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3567  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  59.92 
 
 		 268 aa  292  3e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3568  endonuclease III  66.82 
 
 		 214 aa  287  1e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4758  endonuclease III  60 
 
 		 248 aa  286  2e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0812049  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1669  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  65.42 
 
 		 240 aa  286  2e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.544383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2451  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  66.83 
 
 		 247 aa  286  2e-76  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.452204  normal  0.144793 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3023  endonuclease III  65.69 
 
 		 214 aa  283  2.0000000000000002e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.296739  normal  0.295544 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1632  endonuclease III  67.79 
 
 		 359 aa  281  5.000000000000001e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.43019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0197  endonuclease III  66.18 
 
 		 214 aa  281  9e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2692  endonuclease III  65.69 
 
 		 214 aa  280  1e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.841587  normal  0.269141 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1031  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  65.69 
 
 		 214 aa  280  1e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.474778  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1665  endonuclease III  61.88 
 
 		 228 aa  280  2e-74  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.628404  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1610  endonuclease III  61.43 
 
 		 228 aa  278  6e-74  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2991  endonuclease III  61.88 
 
 		 233 aa  278  8e-74  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4249  endonuclease III  63.51 
 
 		 249 aa  276  3e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.884041  normal  0.624306 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3486  endonuclease III  61.43 
 
 		 287 aa  275  5e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.607527  normal  0.202788 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1169  endonuclease III/Nth  58.82 
 
 		 236 aa  275  6e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1314  endonuclease III  63.35 
 
 		 230 aa  270  1e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0570319  normal  0.296572 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2571  endonuclease III  65 
 
 		 215 aa  270  2e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2633  endonuclease III  64.25 
 
 		 225 aa  268  5.9999999999999995e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.232895  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0586  endonuclease III  55.81 
 
 		 270 aa  268  8.999999999999999e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  0.224481 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2704  endonuclease III  61.08 
 
 		 215 aa  266  2e-70  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2873  endonuclease III  63.5 
 
 		 222 aa  265  5.999999999999999e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00782  endonuclease III  59.55 
 
 		 236 aa  263  2e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0572206  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0724  endonuclease III  62.14 
 
 		 213 aa  263  2e-69  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.155914  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2021  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  62.25 
 
 		 229 aa  263  3e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0561  endonuclease III  60.85 
 
 		 233 aa  262  4e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.1956 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0203  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  62.14 
 
 		 218 aa  261  6e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.419558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2097  endonuclease III  61.35 
 
 		 214 aa  261  8.999999999999999e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.161318 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2793  endonuclease III  58.82 
 
 		 211 aa  261  8.999999999999999e-69  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2939  endonuclease III  59.31 
 
 		 211 aa  261  1e-68  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0305  endonuclease III  58.05 
 
 		 218 aa  260  2e-68  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1886  endonuclease III  58.05 
 
 		 218 aa  260  2e-68  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0597  endonuclease III  61.61 
 
 		 233 aa  259  2e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.326491 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0006  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  60.29 
 
 		 231 aa  258  5.0000000000000005e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.179819  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1931  endonuclease III  61.35 
 
 		 214 aa  258  6e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.514789  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1336  endonuclease III  61.35 
 
 		 214 aa  258  6e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.70217  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0843  endonuclease III  61.35 
 
 		 214 aa  258  6e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.667209  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0305  endonuclease III  61.35 
 
 		 214 aa  258  6e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.77155  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1022  endonuclease III  61.35 
 
 		 214 aa  258  6e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.99743  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1183  endonuclease III  61.35 
 
 		 214 aa  258  6e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.123601  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1175  endonuclease III  61.35 
 
 		 214 aa  258  6e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1005  endonuclease III protein  62.62 
 
 		 214 aa  258  7e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.248668  normal  0.180711 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1629  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  62.81 
 
 		 219 aa  258  7e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.204448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0809  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  60.39 
 
 		 211 aa  258  7e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.631495 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2899  endonuclease III  61.72 
 
 		 213 aa  256  2e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.786495  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2745  endonuclease III  61.65 
 
 		 222 aa  256  2e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2824  endonuclease III  62 
 
 		 250 aa  256  3e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.105195 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1046  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  61.17 
 
 		 214 aa  256  3e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3170  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  59.02 
 
 		 216 aa  254  9e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.999623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1235  endonuclease III  60.59 
 
 		 214 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.649386 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2747  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  61.5 
 
 		 212 aa  253  1.0000000000000001e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.81262  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0936  endonuclease III  62 
 
 		 214 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0591838 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0871  endonuclease III  62 
 
 		 214 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.348794 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1014  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  59.9 
 
 		 214 aa  253  2.0000000000000002e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0604012  normal  0.969692 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2517  endonuclease III  59.02 
 
 		 216 aa  253  2.0000000000000002e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2655  endonuclease III  60.39 
 
 		 212 aa  252  3e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0970  endonuclease III  61.08 
 
 		 214 aa  252  3e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.99745  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0851  endonuclease III  59.61 
 
 		 219 aa  252  3e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0611639  normal  0.050138 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0995  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  59.61 
 
 		 219 aa  252  3e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00575071  normal  0.104115 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4513  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  59.13 
 
 		 212 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00739094 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2607  endonuclease III  58.17 
 
 		 217 aa  252  4.0000000000000004e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3311  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  60.59 
 
 		 214 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2122  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  59.42 
 
 		 212 aa  252  4.0000000000000004e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.134945  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2534  endonuclease III  59.3 
 
 		 210 aa  252  5.000000000000001e-66  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0635036  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0950  endonuclease III  59.9 
 
 		 214 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.066309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0932  endonuclease III  59.2 
 
 		 212 aa  251  9.000000000000001e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.577405  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1065  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  59.41 
 
 		 211 aa  251  9.000000000000001e-66  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0698164  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1121  endonuclease III  59.62 
 
 		 212 aa  250  2e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4320  endonuclease III  59.42 
 
 		 212 aa  250  2e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2297  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  60.98 
 
 		 212 aa  250  2e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3238  endonuclease III  59.31 
 
 		 213 aa  249  2e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.27706  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1562  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  58.74 
 
 		 226 aa  249  3e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.888667 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1155  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  59.42 
 
 		 210 aa  249  3e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1735  endonuclease III  61.27 
 
 		 215 aa  249  3e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.61574  normal  0.277364 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18880  endonuclease III  58.65 
 
 		 212 aa  249  3e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00491393  normal  0.0304533 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1539  endonuclease III  57.92 
 
 		 211 aa  249  4e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.154844 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2246  endonuclease III  59.42 
 
 		 214 aa  249  4e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.769441 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2366  endonuclease III  59.42 
 
 		 214 aa  248  5e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.249238  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1133  endonuclease III  51.98 
 
 		 335 aa  247  1e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.875992  normal  0.620108 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5669  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  58.94 
 
 		 214 aa  247  1e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1316  endonuclease III  57.07 
 
 		 252 aa  247  1e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1869  endonuclease III  59.41 
 
 		 210 aa  247  1e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1836  endonuclease III  59.7 
 
 		 213 aa  247  1e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.194851  normal  0.186741 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>