More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0439 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0439  endonuclease III  100 
 
 		 254 aa  517  1e-146  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.45571  normal  0.92859 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0381  endonuclease III  84.82 
 
 		 258 aa  444  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0346  endonuclease III  78.49 
 
 		 261 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0360921  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0201  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  85.65 
 
 		 274 aa  381  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0339  endonuclease III  86.67 
 
 		 256 aa  381  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0162  endonuclease III  72.2 
 
 		 262 aa  375  1e-103  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.562877  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0205  endonuclease III/Nth  80.37 
 
 		 252 aa  369  1e-101  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.911472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0159  endonuclease III  70.59 
 
 		 260 aa  327  2.0000000000000001e-88  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.939047  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0166  endonuclease III  70.14 
 
 		 248 aa  326  3e-88  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0176  endonuclease III  69.86 
 
 		 249 aa  319  3e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.809108  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3842  endonuclease III  70.81 
 
 		 254 aa  317  2e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.561189  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3375  endonuclease III  69.38 
 
 		 236 aa  312  3.9999999999999997e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3741  endonuclease III  68.9 
 
 		 260 aa  306  2.0000000000000002e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3441  endonuclease III  68.42 
 
 		 260 aa  303  1.0000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0153  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  70.39 
 
 		 237 aa  302  3.0000000000000004e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3567  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  62.45 
 
 		 268 aa  295  3e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3106  endonuclease III  59.59 
 
 		 252 aa  293  2e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3023  endonuclease III  66.67 
 
 		 214 aa  292  4e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.296739  normal  0.295544 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3289  endonuclease III  66.17 
 
 		 240 aa  288  5.0000000000000004e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0133312 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2451  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  66.34 
 
 		 247 aa  286  2e-76  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.452204  normal  0.144793 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1669  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  62.9 
 
 		 240 aa  286  2.9999999999999996e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.544383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2991  endonuclease III  62.95 
 
 		 233 aa  286  2.9999999999999996e-76  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4758  endonuclease III  60.91 
 
 		 248 aa  285  4e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0812049  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0197  endonuclease III  66.18 
 
 		 214 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1632  endonuclease III  68.27 
 
 		 359 aa  282  4.0000000000000003e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.43019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1031  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  65.69 
 
 		 214 aa  280  2e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.474778  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2692  endonuclease III  65.69 
 
 		 214 aa  279  2e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.841587  normal  0.269141 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4249  endonuclease III  66.34 
 
 		 249 aa  278  9e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.884041  normal  0.624306 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3568  endonuclease III  64.56 
 
 		 214 aa  275  4e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2704  endonuclease III  63.05 
 
 		 215 aa  274  1.0000000000000001e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1314  endonuclease III  62.5 
 
 		 230 aa  273  2.0000000000000002e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0570319  normal  0.296572 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1665  endonuclease III  59.82 
 
 		 228 aa  273  2.0000000000000002e-72  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.628404  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1610  endonuclease III  59.38 
 
 		 228 aa  272  5.000000000000001e-72  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3486  endonuclease III  62.74 
 
 		 287 aa  271  6e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.607527  normal  0.202788 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1169  endonuclease III/Nth  60.38 
 
 		 236 aa  271  6e-72  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2021  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  62.8 
 
 		 229 aa  268  5e-71  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2655  endonuclease III  63.11 
 
 		 212 aa  267  8.999999999999999e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2899  endonuclease III  64.04 
 
 		 213 aa  263  2e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.786495  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1005  endonuclease III protein  63.29 
 
 		 214 aa  263  2e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.248668  normal  0.180711 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2873  endonuclease III  63.5 
 
 		 222 aa  263  2e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1316  endonuclease III  59.8 
 
 		 252 aa  263  2e-69  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0006  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  62.8 
 
 		 231 aa  262  3e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.179819  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1931  endonuclease III  62.56 
 
 		 214 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.514789  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0305  endonuclease III  62.56 
 
 		 214 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.77155  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1336  endonuclease III  62.56 
 
 		 214 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.70217  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1022  endonuclease III  62.56 
 
 		 214 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.99743  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0843  endonuclease III  62.56 
 
 		 214 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.667209  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1183  endonuclease III  62.56 
 
 		 214 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.123601  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1175  endonuclease III  62.56 
 
 		 214 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1155  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  61.46 
 
 		 210 aa  260  1e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0970  endonuclease III  62.56 
 
 		 214 aa  260  1e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.99745  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0203  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  61.95 
 
 		 218 aa  260  2e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.419558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2097  endonuclease III  61.58 
 
 		 214 aa  259  2e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.161318 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2745  endonuclease III  62.44 
 
 		 222 aa  259  2e-68  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0851  endonuclease III  58.37 
 
 		 219 aa  259  3e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0611639  normal  0.050138 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0995  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  58.37 
 
 		 219 aa  259  3e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00575071  normal  0.104115 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0561  endonuclease III  63.55 
 
 		 233 aa  259  3e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.1956 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2633  endonuclease III  61.58 
 
 		 225 aa  259  4e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.232895  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0586  endonuclease III  63.86 
 
 		 270 aa  258  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  0.224481 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00782  endonuclease III  60.98 
 
 		 236 aa  258  6e-68  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0572206  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0597  endonuclease III  64.36 
 
 		 233 aa  258  7e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.326491 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2517  endonuclease III  59.9 
 
 		 216 aa  258  7e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1629  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  61.76 
 
 		 219 aa  258  8e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.204448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0950  endonuclease III  61.58 
 
 		 214 aa  258  9e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.066309  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0936  endonuclease III  62.5 
 
 		 214 aa  258  9e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0591838 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2571  endonuclease III  60.68 
 
 		 215 aa  258  9e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2939  endonuclease III  57.35 
 
 		 211 aa  257  1e-67  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2793  endonuclease III  57.84 
 
 		 211 aa  257  1e-67  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0871  endonuclease III  62.5 
 
 		 214 aa  257  1e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.348794 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0932  endonuclease III  60.2 
 
 		 212 aa  256  2e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.577405  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3170  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  59.42 
 
 		 216 aa  257  2e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.999623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2297  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  61.08 
 
 		 212 aa  256  2e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0305  endonuclease III  57.07 
 
 		 218 aa  256  3e-67  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1886  endonuclease III  57.07 
 
 		 218 aa  256  3e-67  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5669  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  61.58 
 
 		 214 aa  255  4e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2824  endonuclease III  59.15 
 
 		 250 aa  256  4e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.105195 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0724  endonuclease III  59.22 
 
 		 213 aa  255  5e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.155914  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2246  endonuclease III  61.08 
 
 		 214 aa  255  5e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.769441 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2350  endonuclease III  61.08 
 
 		 214 aa  255  6e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.103385 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2366  endonuclease III  61.08 
 
 		 214 aa  254  7e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.249238  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4513  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  60.89 
 
 		 212 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00739094 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1030  endonuclease III  60.4 
 
 		 210 aa  253  2.0000000000000002e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000273588  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1715  endonuclease III  61.08 
 
 		 214 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.104745  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1539  endonuclease III  58.91 
 
 		 211 aa  253  2.0000000000000002e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.154844 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2327  endonuclease III  61.08 
 
 		 214 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4320  endonuclease III  60.4 
 
 		 212 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1235  endonuclease III  60.59 
 
 		 214 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.649386 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3238  endonuclease III  59.71 
 
 		 213 aa  251  5.000000000000001e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.27706  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2682  endonuclease III  59.22 
 
 		 220 aa  251  5.000000000000001e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2306  endonuclease III  59.22 
 
 		 220 aa  251  5.000000000000001e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1014  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  59.51 
 
 		 214 aa  252  5.000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0604012  normal  0.969692 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1634  endonuclease III  59.9 
 
 		 212 aa  251  6e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0809  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  58.45 
 
 		 211 aa  251  9.000000000000001e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.631495 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1046  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  60.49 
 
 		 214 aa  251  1e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1499  endonuclease III  59.61 
 
 		 219 aa  250  1e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1092  endonuclease III  60.4 
 
 		 212 aa  250  2e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3311  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  60.1 
 
 		 214 aa  249  2e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1121  endonuclease III  60.4 
 
 		 212 aa  249  2e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1735  endonuclease III  61.27 
 
 		 215 aa  249  3e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.61574  normal  0.277364 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1563  endonuclease III  61.19 
 
 		 211 aa  249  3e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0700228  normal  0.157438 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>