More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1336 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0890  DNA ligase, NAD-dependent  72.9 
 
 		 670 aa  1005    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  51.05 
 
 		 673 aa  635    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2948  DNA ligase, NAD-dependent  97.16 
 
 		 668 aa  1325    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1305  DNA ligase, NAD-dependent  72.71 
 
 		 672 aa  991    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.617786  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  51.18 
 
 		 711 aa  650    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  49.85 
 
 		 675 aa  652    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1094  DNA ligase, NAD-dependent  52.25 
 
 		 672 aa  673    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.878392  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2213  DNA ligase, NAD-dependent  59.88 
 
 		 671 aa  807    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000618814  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  52.25 
 
 		 675 aa  657    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2728  NAD-dependent DNA ligase C4-type  70.96 
 
 		 671 aa  976    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1715  DNA ligase, NAD-dependent  49.71 
 
 		 682 aa  639    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000203227  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2013  DNA ligase, NAD-dependent  51.86 
 
 		 666 aa  647    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  49.33 
 
 		 670 aa  645    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1522  NAD-dependent DNA ligase  49.47 
 
 		 673 aa  637    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1336  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 		 668 aa  1362    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2927  DNA ligase, NAD-dependent  63.5 
 
 		 683 aa  850    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000591487  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2346  DNA ligase, NAD-dependent  50.38 
 
 		 670 aa  652    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0763  DNA ligase, NAD-dependent  50.45 
 
 		 677 aa  644    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000192603  normal  0.836157 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1428  DNA ligase, NAD-dependent  51.12 
 
 		 694 aa  657    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0176599  normal  0.198216 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0538  DNA ligase, NAD-dependent  49.85 
 
 		 662 aa  650    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1517  DNA ligase, NAD-dependent  50.08 
 
 		 659 aa  632  1e-180  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000611736  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0655  DNA ligase, NAD-dependent  49.17 
 
 		 670 aa  635  1e-180  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1167  DNA ligase, NAD-dependent  50.83 
 
 		 678 aa  631  1e-179  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.140803  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  50 
 
 		 691 aa  625  1e-178  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1734  NAD-dependent DNA ligase  51.26 
 
 		 683 aa  622  1e-177  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.39998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1343  DNA ligase, NAD-dependent  49.93 
 
 		 683 aa  623  1e-177  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584756  normal  0.20338 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0286  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.29 
 
 		 669 aa  621  1e-176  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1147  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.73 
 
 		 670 aa  620  1e-176  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1617  DNA ligase, NAD-dependent  48.96 
 
 		 672 aa  619  1e-176  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.755766  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5334  DNA ligase (NAD+)  49.7 
 
 		 691 aa  619  1e-176  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373441  normal  0.204139 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02300  DNA ligase, NAD-dependent  49.78 
 
 		 670 aa  621  1e-176  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000139643  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0703  DNA ligase, NAD-dependent  48.95 
 
 		 691 aa  619  1e-176  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1926  DNA ligase, NAD-dependent  50.3 
 
 		 691 aa  620  1e-176  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55791  normal  0.279266 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1428  DNA ligase, NAD-dependent  48.99 
 
 		 721 aa  620  1e-176  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223913 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6053  DNA ligase, NAD-dependent  49.7 
 
 		 746 aa  620  1e-176  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  49.62 
 
 		 673 aa  620  1e-176  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  49.7 
 
 		 691 aa  621  1e-176  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2057  DNA ligase, NAD-dependent  49.85 
 
 		 691 aa  619  1e-176  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258192  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2024  DNA ligase, NAD-dependent  49.7 
 
 		 691 aa  620  1e-176  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1455  DNA ligase, NAD-dependent  49.1 
 
 		 671 aa  617  1e-175  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0503  DNA ligase, NAD-dependent  48.95 
 
 		 671 aa  617  1e-175  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.720163  normal  0.76832 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2461  DNA ligase, NAD-dependent  49.55 
 
 		 688 aa  617  1e-175  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0455112  hitchhiker  0.000280706 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004153  DNA ligase  47.52 
 
 		 690 aa  617  1e-175  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0490058  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1676  NAD-dependent DNA ligase  49.55 
 
 		 688 aa  616  1e-175  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.194979  normal  0.0666248 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1035  DNA ligase, NAD-dependent  46.92 
 
 		 663 aa  613  9.999999999999999e-175  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  49.26 
 
 		 691 aa  614  9.999999999999999e-175  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0352  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.58 
 
 		 669 aa  612  9.999999999999999e-175  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1618  DNA ligase, NAD-dependent  47.66 
 
 		 673 aa  613  9.999999999999999e-175  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000164842  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.83 
 
 		 671 aa  609  1e-173  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  47.83 
 
 		 671 aa  610  1e-173  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0596  DNA ligase, NAD-dependent  48.51 
 
 		 677 aa  611  1e-173  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.83 
 
 		 671 aa  608  1e-173  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  46.99 
 
 		 689 aa  610  1e-173  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0571  DNA ligase, NAD-dependent  48.22 
 
 		 680 aa  609  1e-173  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.135698  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1878  DNA ligase, NAD-dependent  48 
 
 		 711 aa  610  1e-173  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.83 
 
 		 671 aa  608  1e-173  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.83 
 
 		 671 aa  610  1e-173  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.83 
 
 		 671 aa  609  1e-173  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2201  DNA ligase, NAD-dependent  48.74 
 
 		 690 aa  610  1e-173  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378461  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1117  DNA ligase, NAD-dependent  48.66 
 
 		 673 aa  608  1e-173  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.62969  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.83 
 
 		 671 aa  610  1e-173  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0810  DNA ligase, NAD-dependent  47.59 
 
 		 673 aa  610  1e-173  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  47.83 
 
 		 671 aa  609  1e-173  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0378  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.44 
 
 		 669 aa  608  1e-173  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_536  DNA ligase, NAD-dependent  47.79 
 
 		 680 aa  607  9.999999999999999e-173  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0337  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.29 
 
 		 669 aa  607  9.999999999999999e-173  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0335  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.14 
 
 		 669 aa  606  9.999999999999999e-173  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0292  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.44 
 
 		 669 aa  607  9.999999999999999e-173  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0276  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.44 
 
 		 669 aa  607  9.999999999999999e-173  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0279  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.44 
 
 		 669 aa  608  9.999999999999999e-173  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1560  DNA ligase, NAD-dependent  48.67 
 
 		 691 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.436833  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2499  DNA ligase, NAD-dependent  48.67 
 
 		 691 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2588  DNA ligase, NAD-dependent  48.67 
 
 		 691 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245296  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3249  DNA ligase, NAD-dependent  48.67 
 
 		 691 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1575  DNA ligase, NAD-dependent  48.16 
 
 		 697 aa  608  9.999999999999999e-173  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0306  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.44 
 
 		 669 aa  607  9.999999999999999e-173  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4968  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.44 
 
 		 669 aa  608  9.999999999999999e-173  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1334  DNA ligase, NAD-dependent  48.67 
 
 		 691 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.538237  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0327  DNA ligase, NAD-dependent  49.47 
 
 		 685 aa  607  9.999999999999999e-173  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2062  DNA ligase, NAD-dependent  48.67 
 
 		 691 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631088  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  46.71 
 
 		 690 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2442  DNA ligase, NAD-dependent  48.67 
 
 		 691 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.414068  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0903  DNA ligase, NAD-dependent  49.02 
 
 		 671 aa  607  9.999999999999999e-173  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.226398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0757  DNA ligase, NAD-dependent  49.02 
 
 		 671 aa  607  9.999999999999999e-173  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0287  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.99 
 
 		 669 aa  604  1.0000000000000001e-171  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0987  DNA ligase  46.72 
 
 		 673 aa  602  1.0000000000000001e-171  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0624  NAD-dependent DNA ligase  49.02 
 
 		 686 aa  604  1.0000000000000001e-171  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.182096  normal  0.661335 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.15 
 
 		 671 aa  604  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.15 
 
 		 671 aa  603  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2364  DNA ligase, NAD-dependent  46.36 
 
 		 685 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0084265  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.85 
 
 		 671 aa  603  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  46.78 
 
 		 674 aa  602  1.0000000000000001e-171  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3660  DNA ligase, NAD-dependent  48.38 
 
 		 681 aa  604  1.0000000000000001e-171  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0589668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  46.56 
 
 		 691 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.7 
 
 		 671 aa  602  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0647  DNA ligase, NAD-dependent  47.59 
 
 		 707 aa  602  1e-170  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.407599  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01312  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.78 
 
 		 670 aa  600  1e-170  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2758  DNA ligase, NAD-dependent  46.76 
 
 		 685 aa  599  1e-170  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00554758  hitchhiker  0.000696981 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0369  DNA ligase (NAD(+))  47.89 
 
 		 661 aa  599  1e-170  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2190  DNA ligase, NAD-dependent  49.7 
 
 		 693 aa  599  1e-170  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0728062  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>