87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0095 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0274  cytochrome c family protein  74.92 
 
 		 619 aa  983    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00552346  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0125  hypothetical protein  76.18 
 
 		 618 aa  1003    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0077  hypothetical protein  96.27 
 
 		 616 aa  1230    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.09082e-34 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2063  hypothetical protein  60.91 
 
 		 615 aa  806    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.97808  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0095  hypothetical protein  100 
 
 		 616 aa  1278    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00000209926  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0100  cytochrome c family protein  74.67 
 
 		 618 aa  947    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000214934  normal  0.444755 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2603  cytochrome b subunit of formate dehydrogenase-like protein  36.46 
 
 		 729 aa  376  1e-103  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.18944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0014  hypothetical protein  40.39 
 
 		 670 aa  372  1e-102  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0807  cytochrome c family protein  37.99 
 
 		 688 aa  366  1e-100  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0551  cytochrome c family protein  35.77 
 
 		 688 aa  369  1e-100  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0762772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0064  cytochrome c family protein  38.15 
 
 		 689 aa  362  8e-99  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4073  cytochrome c family protein  34.63 
 
 		 662 aa  359  8e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1404  cytochrome c family protein  33.59 
 
 		 655 aa  322  1.9999999999999998e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.352447  normal  0.0404574 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0845  cytochrome b subunit of formate dehydrogenase-like protein  30.77 
 
 		 757 aa  219  1e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.763615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2713  cytochrome b subunit of formate dehydrogenase-like  29.64 
 
 		 658 aa  208  3e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.151641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0116  hypothetical protein  29.81 
 
 		 566 aa  205  2e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.7686  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0127  hypothetical protein  29.98 
 
 		 566 aa  205  2e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0113  hypothetical protein  29.24 
 
 		 577 aa  200  5e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.020056  normal  0.620455 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0109  hypothetical protein  29.18 
 
 		 571 aa  198  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3925  hypothetical protein  34.06 
 
 		 236 aa  136  9.999999999999999e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1805  cytochrome C family protein  29.91 
 
 		 346 aa  125  3e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.126894  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1961  cytochrome C family protein  28.7 
 
 		 346 aa  115  3e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.613696  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2002  cytochrome c family protein  28.7 
 
 		 346 aa  114  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1876  cytochrome C family protein  28.7 
 
 		 346 aa  114  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1806  deca-heme C-type cytochrome-like protein  32.16 
 
 		 247 aa  106  1e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.655576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1877  deca-heme C-type cytochrome-like protein  30.22 
 
 		 241 aa  105  3e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.14633  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1962  deca-heme C-type cytochrome-like protein  30.22 
 
 		 241 aa  105  3e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.282752  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2001  deca-heme C-type cytochrome-like  30.22 
 
 		 241 aa  105  3e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3926  hypothetical protein  35.54 
 
 		 211 aa  81.6  0.00000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2928  cytochrome c family protein  29.41 
 
 		 350 aa  63.2  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000703284  decreased coverage  2.01033e-17 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0689  multiheme cytochrome  27.95 
 
 		 359 aa  62.4  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000324131 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0676  multihaem cytochrome  27.43 
 
 		 359 aa  58.9  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2925  cytochrome c family protein  27.4 
 
 		 315 aa  57  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0594  cytochrome c family protein  30.34 
 
 		 349 aa  56.6  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.127637  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2739  hypothetical protein  26.5 
 
 		 471 aa  53.9  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000852444  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0077  cytochrome C family protein  23.96 
 
 		 2499 aa  52.8  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0431  flavodoxin domain-containing protein  25.42 
 
 		 883 aa  51.6  0.00004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1577  cytochrome c family protein  26.01 
 
 		 372 aa  52  0.00004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2431  cytochrome c nitrite reductase pentaheme subunit  27.89 
 
 		 189 aa  51.2  0.00005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2734  cytochrome c nitrite reductase pentaheme subunit  27.89 
 
 		 189 aa  51.2  0.00005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3828  multiheme cytochrome  26.32 
 
 		 307 aa  50.4  0.00009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.326628 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2820  cytochrome C family protein  25.81 
 
 		 312 aa  50.1  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2149  cytochrome c family protein  25.81 
 
 		 304 aa  49.7  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0950345  normal  0.491991 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0352  cytochrome c family protein  24.2 
 
 		 317 aa  49.3  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.101331 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003115  cytochrome c-type protein nrfB precursor  25.81 
 
 		 200 aa  48.9  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0983  hypothetical protein  29.27 
 
 		 425 aa  48.5  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.392669 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3626  cytochrome C family protein  24.91 
 
 		 299 aa  48.5  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3130  cytochrome C family protein  23.5 
 
 		 317 aa  48.5  0.0004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.849943  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0397  cytochrome C family protein  24.15 
 
 		 299 aa  47.8  0.0006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.265526 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1524  cytochrome c family protein  26.46 
 
 		 333 aa  47.4  0.0007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.462693  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2960  cytochrome  25.79 
 
 		 577 aa  47.4  0.0007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.992406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1402  cytochrome c family protein  25.57 
 
 		 316 aa  47.4  0.0008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2203  cytochrome c family protein  26.36 
 
 		 363 aa  47.4  0.0009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3565  hypothetical protein  27.93 
 
 		 1110 aa  46.6  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1427  decaheme cytochrome c  22.39 
 
 		 318 aa  46.6  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1477  cytochrome C family protein  26.67 
 
 		 334 aa  46.6  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000779097  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2887  cytochrome c family protein  30.87 
 
 		 884 aa  47  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0141387  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0747  multiheme cytochrome  24.55 
 
 		 487 aa  46.6  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.568299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1611  cytochrome C family protein  26.7 
 
 		 333 aa  46.6  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.173927  normal  0.248798 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1577  cytochrome C family protein  26.7 
 
 		 333 aa  46.6  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000354628  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2511  cytochrome C family protein  27.56 
 
 		 329 aa  46.6  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.115309  hitchhiker  0.00672893 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2677  cytochrome C family protein  27.56 
 
 		 329 aa  47  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.376662  normal  0.0163011 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2579  cytochrome C family protein  27.56 
 
 		 329 aa  46.6  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.069167  normal  0.0206665 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0934  cytochrome C family protein  27.2 
 
 		 337 aa  45.8  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3563  hypothetical protein  21.95 
 
 		 166 aa  45.8  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3686  cytochrome C family protein  24.88 
 
 		 314 aa  45.8  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2766  cytochrome C family protein  26.7 
 
 		 333 aa  46.6  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0218266  hitchhiker  0.000000422231 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1125  cytochrome C family protein  23.45 
 
 		 426 aa  46.2  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.4798  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2526  cytochrome C family protein  26.67 
 
 		 329 aa  45.4  0.003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1777  decaheme cytochrome c MtrA  27.11 
 
 		 333 aa  45.4  0.003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3109  hypothetical protein  26.55 
 
 		 649 aa  45.4  0.003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0598  PKD  23.94 
 
 		 806 aa  45.4  0.003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00146483  normal  0.752324 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1588  cytochrome C family protein  25.34 
 
 		 333 aa  45.1  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00373932  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3068  cytochrome c family protein  22.19 
 
 		 650 aa  45.1  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2494  cytochrome c family protein  22.7 
 
 		 434 aa  45.1  0.004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2699  cytochrome C family protein  26.91 
 
 		 328 aa  44.7  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.840713  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2495  cytochrome c family protein  26.49 
 
 		 646 aa  44.3  0.006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2291  cytochrome C family protein  28.86 
 
 		 335 aa  44.7  0.006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1530  cytochrome c family protein  24.53 
 
 		 321 aa  44.3  0.006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.892773  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0817  cytochrome C family protein  25.79 
 
 		 540 aa  44.3  0.006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3218  cytochrome c family protein  23.69 
 
 		 480 aa  44.3  0.006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0562793  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4530  cytochrome c nitrite reductase pentaheme subunit  21.82 
 
 		 188 aa  44.3  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3118  cytochrome C family protein  25 
 
 		 334 aa  44.3  0.007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2583  cytochrome C family protein  24.59 
 
 		 259 aa  43.9  0.008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02726  cytochrome c nitrite reductase pentaheme subunit  27.74 
 
 		 200 aa  43.9  0.008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0825  cytochrome c family protein  25.88 
 
 		 305 aa  43.9  0.009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0600  PKD  25.54 
 
 		 712 aa  43.5  0.01  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000134554  normal  0.252595 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>