More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_0830 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_0830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 
390 aa  783  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3408  RND family efflux transporter MFP subunit  68.04 
 
 
389 aa  552  1e-156  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0128497  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3711  RND family efflux transporter MFP subunit  65.95 
 
 
389 aa  508  1e-143  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0225  efflux transporter, RND family, MFP subunit  70.32 
 
 
347 aa  503  1e-141  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.175978  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0949  RND family efflux transporter MFP subunit  56.33 
 
 
390 aa  417  1e-115  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1673  secretion protein HlyD  32.96 
 
 
396 aa  174  3e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.801945 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2837  RND family efflux transporter MFP subunit  34.54 
 
 
406 aa  167  2e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0025637 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3303  RND family efflux transporter MFP subunit  34.71 
 
 
418 aa  167  3e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.3496  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3301  RND family efflux transporter MFP subunit  35.71 
 
 
381 aa  158  2e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.446472 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1184  secretion protein HlyD  31.33 
 
 
396 aa  154  3e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1362  secretion protein HlyD  28.27 
 
 
381 aa  149  7e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.27807  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1361  RND efflux membrane protein  30.45 
 
 
383 aa  148  2e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1326  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.31 
 
 
398 aa  146  5e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0997151  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3623  secretion protein HlyD  33.62 
 
 
398 aa  145  9e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0728465  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0145  RND family efflux transporter MFP subunit  31.15 
 
 
383 aa  145  1e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0382  RND family efflux transporter MFP subunit  29.95 
 
 
396 aa  145  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.410142  normal  0.745706 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0871  secretion protein HlyD  30.34 
 
 
406 aa  145  2e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.75327  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1241  RND family efflux transporter MFP subunit  28.53 
 
 
398 aa  143  5e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.4 
 
 
384 aa  143  5e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1045  RND family efflux transporter MFP subunit  31.73 
 
 
397 aa  143  5e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1251  RND family efflux transporter MFP subunit  30.14 
 
 
383 aa  143  5e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0652431  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2685  RND family efflux transporter MFP subunit  30.41 
 
 
383 aa  142  7e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.133522  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.75 
 
 
378 aa  142  1e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0357289  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3834  RND family efflux transporter MFP subunit  30.14 
 
 
383 aa  141  2e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3851  RND family efflux transporter MFP subunit  30.14 
 
 
383 aa  141  2e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1919  RND family efflux transporter MFP subunit  30.14 
 
 
383 aa  141  2e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2877  secretion protein HlyD  29.25 
 
 
383 aa  137  3e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1834  RND family efflux transporter MFP subunit  29.35 
 
 
383 aa  133  4e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.41663  normal  0.322468 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3253  RND family efflux transporter MFP subunit  33.52 
 
 
397 aa  133  5e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1925  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.03 
 
 
396 aa  131  2e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.588537  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1685  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.83 
 
 
383 aa  129  1e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1281  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.55 
 
 
357 aa  124  2e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.036609  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  29.92 
 
 
400 aa  122  9e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1908  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.26 
 
 
407 aa  116  6e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0882  hypothetical protein  30.97 
 
 
338 aa  115  9e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0913  hypothetical protein  30.97 
 
 
338 aa  114  3e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1469  secretion protein HlyD  26.54 
 
 
421 aa  112  1e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.910926 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0431  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.4 
 
 
368 aa  112  1e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1161  RND family efflux transporter MFP subunit  29.2 
 
 
404 aa  112  1e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0203325  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3883  secretion protein HlyD  26.95 
 
 
424 aa  112  2e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.135938  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2764  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.65 
 
 
371 aa  110  4e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.161658  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2282  macrolide transporter subunit MacA  28.38 
 
 
371 aa  110  4e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  3.39116e-09  normal  0.0134871 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2408  secretion protein HlyD  29.48 
 
 
404 aa  109  8e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  1.98894e-05  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  28.38 
 
 
371 aa  108  1e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0982  macrolide transporter subunit MacA  28.38 
 
 
371 aa  109  1e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.44834  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0951  macrolide transporter subunit MacA  28.38 
 
 
371 aa  109  1e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557503  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  28.38 
 
 
371 aa  108  1e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2451  macrolide transporter subunit MacA  28.38 
 
 
371 aa  109  1e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00913289  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2718  macrolide transporter subunit MacA  28.38 
 
 
371 aa  109  1e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0986  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.54 
 
 
405 aa  109  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.831389 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1039  macrolide transporter subunit MacA  28.38 
 
 
371 aa  108  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.184306  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3265  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.48 
 
 
404 aa  107  4e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2520  RND family efflux transporter MFP subunit  27.4 
 
 
406 aa  106  5e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1839  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.35 
 
 
420 aa  106  8e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1847  putative efflux transporter  30.75 
 
 
421 aa  105  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2777  RND family efflux transporter MFP subunit  28.01 
 
 
489 aa  105  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  9.75793e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0463  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.03 
 
 
414 aa  104  3e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2213  secretion protein HlyD  28.75 
 
 
407 aa  104  3e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  25.22 
 
 
379 aa  104  3e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.73 
 
 
397 aa  104  3e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  2.97953e-07 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.97 
 
 
377 aa  103  6e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.96 
 
 
453 aa  102  8e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.33 
 
 
361 aa  102  1e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2370  secretion protein HlyD  28.1 
 
 
405 aa  102  1e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  4.67489e-05 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.75 
 
 
471 aa  101  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.53 
 
 
376 aa  101  3e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1791  secretion protein HlyD  29.73 
 
 
402 aa  100  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1515  RND family efflux transporter MFP subunit  27.3 
 
 
405 aa  100  6e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  24.78 
 
 
376 aa  99.8  8e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2865  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.82 
 
 
478 aa  99.4  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0716848 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.96 
 
 
409 aa  98.2  2e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  28.06 
 
 
367 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3038  secretion protein HlyD  26.32 
 
 
403 aa  98.2  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  1.67095e-11  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1571  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.89 
 
 
435 aa  98.6  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.334008  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2611  macrolide transporter subunit MacA  26.81 
 
 
370 aa  97.8  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5137  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.73 
 
 
367 aa  97.4  4e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.48 
 
 
438 aa  97.4  4e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.544766  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3412  secretion protein HlyD  28.77 
 
 
443 aa  97.1  5e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0866166  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3595  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.61 
 
 
404 aa  97.1  5e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0852698  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.45 
 
 
388 aa  96.7  6e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1597  macrolide transporter subunit MacA  26.54 
 
 
370 aa  96.7  6e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2696  macrolide transporter subunit MacA  26.54 
 
 
370 aa  96.7  6e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761507  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1080  MacA  25.48 
 
 
394 aa  96.3  8e-19  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2151  RND family efflux transporter MFP subunit  30.99 
 
 
471 aa  95.9  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.563694  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0080  RND family efflux transporter MFP subunit  26.44 
 
 
414 aa  95.9  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.95759  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1938  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 
462 aa  95.1  2e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  7.55017e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2482  secretion protein HlyD family protein  28.48 
 
 
345 aa  95.5  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3323  secretion protein HlyD  23.7 
 
 
459 aa  95.1  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.665109  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0487  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.06 
 
 
360 aa  94.7  2e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5267  secretion protein HlyD family protein  33.8 
 
 
319 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.777645  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2861  secretion protein, HlyD family  28.48 
 
 
345 aa  95.5  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0307  RND family efflux transporter MFP subunit  26.39 
 
 
413 aa  94.4  3e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0899354  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0078  hypothetical protein  28.31 
 
 
381 aa  94.4  3e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.97 
 
 
379 aa  94.4  3e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0663  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.76 
 
 
453 aa  94.4  3e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1695  secretion protein HlyD  24.72 
 
 
360 aa  94.4  3e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4226  RND family efflux transporter MFP subunit  26.53 
 
 
426 aa  94  4e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.499264  normal  0.926991 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0480  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 
363 aa  93.2  6e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3561  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.53 
 
 
420 aa  93.6  6e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.306068  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.14 
 
 
438 aa  93.2  7e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444201  normal  0.22934 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>