More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fjoh_2589 on replicon NC_009441
Organism: Flavobacterium johnsoniae UW101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009441  Fjoh_2589  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  100 
 
 		 249 aa  505  9.999999999999999e-143  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.62342  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06730  shikimate 5-dehydrogenase  55.79 
 
 		 244 aa  277  1e-73  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1671  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  53.09 
 
 		 244 aa  274  8e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  55.19 
 
 		 244 aa  271  5.000000000000001e-72  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.434063  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4157  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  46.94 
 
 		 247 aa  247  1e-64  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000985519 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0006  shikimate dehydrogenase  49.59 
 
 		 246 aa  247  1e-64  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.171843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0705  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  46.15 
 
 		 247 aa  233  2.0000000000000002e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.681902  normal  0.688441 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4321  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  47.76 
 
 		 257 aa  226  3e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000245663  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0978  shikimate 5-dehydrogenase  38.31 
 
 		 249 aa  182  5.0000000000000004e-45  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2373  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.37 
 
 		 271 aa  157  2e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  34.34 
 
 		 288 aa  139  3e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  35.36 
 
 		 278 aa  134  9.999999999999999e-31  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  36.25 
 
 		 269 aa  133  1.9999999999999998e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  35.09 
 
 		 289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  34.32 
 
 		 277 aa  133  3e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  35.5 
 
 		 277 aa  132  6e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  36.5 
 
 		 277 aa  132  6.999999999999999e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  33.97 
 
 		 277 aa  131  9e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  36.12 
 
 		 277 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  36.12 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  36.12 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  35.07 
 
 		 280 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  31 
 
 		 277 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  40.29 
 
 		 290 aa  131  1.0000000000000001e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  36.47 
 
 		 277 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  36.12 
 
 		 308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  35.71 
 
 		 268 aa  130  2.0000000000000002e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  41.18 
 
 		 284 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  35.71 
 
 		 268 aa  130  2.0000000000000002e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  34.09 
 
 		 287 aa  129  3e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  33.72 
 
 		 291 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  35.74 
 
 		 277 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  31.94 
 
 		 286 aa  129  6e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  36.06 
 
 		 279 aa  128  8.000000000000001e-29  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  38.76 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2525  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.75 
 
 		 256 aa  126  3e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.721385  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  36.59 
 
 		 277 aa  125  8.000000000000001e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  32.73 
 
 		 297 aa  124  1e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  35.07 
 
 		 293 aa  123  2e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  35.11 
 
 		 273 aa  123  3e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  33.46 
 
 		 295 aa  122  4e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  36.23 
 
 		 286 aa  121  8e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  36.73 
 
 		 273 aa  121  9.999999999999999e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  31.42 
 
 		 279 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  35.09 
 
 		 280 aa  121  9.999999999999999e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  34.88 
 
 		 271 aa  119  3e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  33.72 
 
 		 271 aa  119  3e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  36.06 
 
 		 294 aa  117  9.999999999999999e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  31.06 
 
 		 279 aa  118  9.999999999999999e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 286 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  35.45 
 
 		 284 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  36.54 
 
 		 288 aa  115  5e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  38.65 
 
 		 295 aa  115  7.999999999999999e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  34.3 
 
 		 295 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  38.65 
 
 		 288 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.33 
 
 		 290 aa  114  1.0000000000000001e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  38.65 
 
 		 288 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  30.94 
 
 		 278 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0660  shikimate kinase  33.74 
 
 		 436 aa  113  2.0000000000000002e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.737166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  29.12 
 
 		 279 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  31.56 
 
 		 293 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  39.22 
 
 		 276 aa  112  6e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 283 aa  111  9e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  37.44 
 
 		 275 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  28.68 
 
 		 283 aa  111  1.0000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  34.95 
 
 		 298 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  30.66 
 
 		 280 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  34.12 
 
 		 289 aa  110  3e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  28.57 
 
 		 279 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  28.57 
 
 		 279 aa  109  5e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  30.8 
 
 		 298 aa  108  7.000000000000001e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  37.2 
 
 		 285 aa  108  9.000000000000001e-23  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0030  shikimate 5-dehydrogenase  34.32 
 
 		 275 aa  108  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  28.41 
 
 		 311 aa  108  1e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  31.13 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  27.97 
 
 		 315 aa  106  3e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2723  shikimate 5-dehydrogenase  34.23 
 
 		 265 aa  105  6e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  32.34 
 
 		 301 aa  105  6e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0987  shikimate 5-dehydrogenase  31.78 
 
 		 289 aa  105  7e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  33.82 
 
 		 289 aa  104  1e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  31.18 
 
 		 291 aa  104  1e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  31.25 
 
 		 288 aa  104  1e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3666  shikimate 5-dehydrogenase  34.65 
 
 		 272 aa  104  1e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000246161  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  30.88 
 
 		 283 aa  104  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4604  shikimate 5-dehydrogenase  34.65 
 
 		 272 aa  104  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000305601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  27.31 
 
 		 298 aa  104  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  27.31 
 
 		 298 aa  104  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3764  shikimate 5-dehydrogenase  34.65 
 
 		 272 aa  103  3e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000795686  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  26.47 
 
 		 311 aa  103  3e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03132  dehydroshikimate reductase, NAD(P)-binding  34.16 
 
 		 272 aa  103  4e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000370296  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0432  shikimate 5-dehydrogenase  34.16 
 
 		 272 aa  103  4e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000304625  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0040  shikimate 5-dehydrogenase  27.92 
 
 		 287 aa  102  4e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3475  shikimate 5-dehydrogenase  34.16 
 
 		 272 aa  103  4e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000134858  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03083  hypothetical protein  34.16 
 
 		 272 aa  103  4e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000786117  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0432  shikimate 5-dehydrogenase  34.16 
 
 		 272 aa  103  4e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000194925  hitchhiker  0.00828747 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3577  shikimate 5-dehydrogenase  34.16 
 
 		 272 aa  102  4e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000112137  normal  0.172636 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0040  shikimate 5-dehydrogenase  29.21 
 
 		 282 aa  102  5e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0916944  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0361  shikimate 5-dehydrogenase  30 
 
 		 275 aa  102  6e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0156033  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3705  shikimate 5-dehydrogenase  34.65 
 
 		 272 aa  102  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000798071  normal  0.028022 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0115  shikimate dehydrogenase  32.13 
 
 		 290 aa  102  7e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>