More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_2524 on replicon NC_013224
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 76 aa  152  2e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  55.74 
 
 		 77 aa  70.1  0.000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  55.74 
 
 		 72 aa  70.1  0.00000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  55.93 
 
 		 76 aa  69.7  0.00000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  50.82 
 
 		 72 aa  68.9  0.00000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1500  transcriptional regulator, XRE family  55.93 
 
 		 81 aa  68.9  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  55.93 
 
 		 76 aa  68.6  0.00000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 81 aa  68.6  0.00000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  53.12 
 
 		 76 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  49.23 
 
 		 72 aa  67.8  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  49.23 
 
 		 72 aa  67.8  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  52.54 
 
 		 83 aa  66.6  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  47.54 
 
 		 72 aa  65.9  0.0000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  48.33 
 
 		 67 aa  64.7  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  47.62 
 
 		 81 aa  64.7  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 76 aa  63.2  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6198  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 104 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  52.54 
 
 		 120 aa  62.8  0.000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  45.45 
 
 		 67 aa  62  0.000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  44.07 
 
 		 90 aa  61.6  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  44.29 
 
 		 75 aa  61.2  0.000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0645  transcriptional regulator, XRE family  52.73 
 
 		 74 aa  60.8  0.000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000232876  normal  0.586198 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 71 aa  60.5  0.000000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 81 aa  60.5  0.000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2655  XRE family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 80 aa  60.5  0.000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 71 aa  60.5  0.000000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 76 aa  60.5  0.000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 76 aa  60.5  0.000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 76 aa  60.5  0.000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2012  DNA-binding protein  45.76 
 
 		 67 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0741905  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 84 aa  59.7  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5293  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 81 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5565  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 81 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  52.54 
 
 		 230 aa  59.3  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1921  transcriptional regulator, XRE family  45.31 
 
 		 78 aa  59.3  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.339052  normal  0.010603 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6923  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 81 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4980  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 93 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.213037  normal  0.656597 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0677  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 85 aa  58.5  0.00000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589237 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2009  DNA-binding protein  44.07 
 
 		 66 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0175635  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0459  transcriptional regulator, XRE family  45.76 
 
 		 81 aa  58.5  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.995488  normal  0.299966 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4216  transcriptional regulator, XRE family  44.29 
 
 		 333 aa  58.2  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4255  transcriptional regulator, XRE family  44.29 
 
 		 333 aa  58.2  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000524025 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4174  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 81 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.852413  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 75 aa  57.4  0.00000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 79 aa  57  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2521  XRE family transcriptional regulator  52.54 
 
 		 86 aa  57  0.00000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  48.44 
 
 		 101 aa  56.6  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 91 aa  56.6  0.0000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  47.46 
 
 		 70 aa  55.5  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  49.15 
 
 		 77 aa  55.5  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1436  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 83 aa  55.5  0.0000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.118358  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2326  hypothetical protein  47.46 
 
 		 87 aa  55.1  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1052  hypothetical protein  47.46 
 
 		 84 aa  55.1  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0684  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 101 aa  55.5  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0300399  normal  0.200777 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1450  helix-turn-helix domain protein  42.25 
 
 		 93 aa  54.7  0.0000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.847526  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1799  transcriptional regulator, XRE family  47.46 
 
 		 78 aa  54.7  0.0000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  44.07 
 
 		 75 aa  53.9  0.0000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 390 aa  53.5  0.0000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 76 aa  53.5  0.0000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1986  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 101 aa  53.5  0.0000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0615547  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0433  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 215 aa  53.1  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 134 aa  52.8  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  49.18 
 
 		 78 aa  52.4  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2403  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 75 aa  52.4  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 112 aa  51.6  0.000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  51.85 
 
 		 79 aa  51.6  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4608  DNA-binding protein  47.27 
 
 		 66 aa  52  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.138106  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  46.15 
 
 		 154 aa  52  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1080  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 83 aa  52  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.492824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2134  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 85 aa  52  0.000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 		 83 aa  51.6  0.000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2116  hypothetical protein  44.44 
 
 		 86 aa  51.6  0.000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 205 aa  51.6  0.000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0013  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 135 aa  51.2  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0697  transcriptional regulator, XRE family  34.78 
 
 		 90 aa  51.6  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  34.85 
 
 		 72 aa  51.2  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5197  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 88 aa  51.2  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0999  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  40.28 
 
 		 129 aa  50.8  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0107  XRE family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 128 aa  50.8  0.000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 154 aa  51.2  0.000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1097  transcription regulator protein  41.79 
 
 		 113 aa  50.8  0.000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.34059 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 98 aa  50.8  0.000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0729  DNA-binding protein  44.64 
 
 		 67 aa  50.8  0.000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4003  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 61 aa  50.8  0.000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1721  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 201 aa  50.8  0.000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4217  helix-turn-helix domain-containing protein  45.61 
 
 		 69 aa  50.8  0.000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.538571  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0764  DNA-binding protein  44.64 
 
 		 66 aa  50.8  0.000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0823  DNA-binding protein  44.64 
 
 		 66 aa  50.8  0.000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0103184  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0661  DNA-binding protein  44.64 
 
 		 66 aa  50.8  0.000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0605  transcriptional regulator  44.64 
 
 		 66 aa  50.8  0.000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.769041  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0750  DNA-binding protein  44.64 
 
 		 66 aa  50.8  0.000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000884285 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0606  transcriptional regulator  44.64 
 
 		 66 aa  50.8  0.000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.393584  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0610  XRE family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 66 aa  50.8  0.000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.081465  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0695  DNA-binding protein  44.64 
 
 		 66 aa  50.8  0.000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  45.16 
 
 		 80 aa  50.4  0.000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 72 aa  50.4  0.000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 78 aa  50.4  0.000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3149  putative transcription regulator protein  42.65 
 
 		 113 aa  50.1  0.000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.369647 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  44.26 
 
 		 68 aa  50.1  0.000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 68 aa  50.1  0.000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>