More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_1055 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_1055  choline/carnitine/betaine transporter  100 
 
 		 520 aa  1038    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.144567  normal  0.0392371 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  66.08 
 
 		 545 aa  682    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  65.1 
 
 		 538 aa  644    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  53.13 
 
 		 606 aa  533  1e-150  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  51.65 
 
 		 659 aa  503  1e-141  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  51.44 
 
 		 659 aa  501  1e-140  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  49.8 
 
 		 657 aa  489  1e-137  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  51.51 
 
 		 660 aa  481  1e-134  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1362  choline/carnitine/betaine transport  52.82 
 
 		 673 aa  479  1e-134  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000623924  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2648  choline/carnitine/betaine transporter  49.71 
 
 		 534 aa  480  1e-134  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  49.28 
 
 		 661 aa  479  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  51.41 
 
 		 668 aa  481  1e-134  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  48.1 
 
 		 551 aa  477  1e-133  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  50.2 
 
 		 667 aa  478  1e-133  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  49.08 
 
 		 661 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  50.95 
 
 		 550 aa  467  9.999999999999999e-131  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2804  choline/carnitine/betaine transporter  51.51 
 
 		 658 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1576  choline/carnitine/betaine transporter  51.51 
 
 		 658 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.823699 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  49.25 
 
 		 637 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0835  choline/carnitine/betaine transporter  47.29 
 
 		 574 aa  467  9.999999999999999e-131  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.475223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1542  choline/carnitine/betaine transporter  51.51 
 
 		 658 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.869304  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2741  choline/carnitine/betaine transporter  50.4 
 
 		 661 aa  463  1e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  50 
 
 		 542 aa  463  1e-129  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  52.47 
 
 		 661 aa  462  1e-129  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1441  choline/carnitine/betaine transporter  50.7 
 
 		 658 aa  463  1e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1175  choline/carnitine/betaine transport  52.91 
 
 		 658 aa  463  1e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0833615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2719  choline/carnitine/betaine transporter  50.5 
 
 		 658 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1546  choline/carnitine/betaine transporter  51.31 
 
 		 658 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02455  choline/carnitine/betaine transporter  47.04 
 
 		 582 aa  455  1e-127  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2552  choline/carnitine/betaine transporter  50.1 
 
 		 658 aa  457  1e-127  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000125111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2619  choline/carnitine/betaine transporter  50.5 
 
 		 658 aa  456  1e-127  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000908403  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2003  choline/carnitine/betaine transport family protein  48.52 
 
 		 535 aa  454  1.0000000000000001e-126  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  45.86 
 
 		 530 aa  454  1.0000000000000001e-126  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1805  choline/carnitine/betaine transporter  49.9 
 
 		 664 aa  454  1.0000000000000001e-126  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.376035  hitchhiker  0.00814736 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  49.5 
 
 		 682 aa  451  1e-125  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04148  secondary glycine betaine transporter BetU  50.1 
 
 		 667 aa  448  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4850  BCCT family transporter  49.9 
 
 		 667 aa  447  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04111  hypothetical protein  50.1 
 
 		 667 aa  448  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0764  transporter, BCCT family  50.1 
 
 		 667 aa  448  1.0000000000000001e-124  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.846408  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0077  choline/carnitine/betaine transporter  49.34 
 
 		 546 aa  446  1.0000000000000001e-124  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  49.19 
 
 		 685 aa  446  1.0000000000000001e-124  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  48.77 
 
 		 541 aa  442  1e-123  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2125  choline/carnitine/betaine transport  48.07 
 
 		 549 aa  442  1e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2505  choline/carnitine/betaine transporter  47.92 
 
 		 541 aa  444  1e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003606  High-affinity choline uptake protein BetT  46.84 
 
 		 553 aa  445  1e-123  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0154  choline/carnitine/betaine transporter  49.48 
 
 		 682 aa  441  9.999999999999999e-123  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0066  choline/carnitine/betaine transporter  49.8 
 
 		 583 aa  440  9.999999999999999e-123  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.432279  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1003  choline/carnitine/betaine transporter  45.12 
 
 		 553 aa  437  1e-121  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.399191 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2045  choline/carnitine/betaine transporter  47.48 
 
 		 554 aa  436  1e-121  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0189191  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0600  choline/carnitine/betaine transporter  43.9 
 
 		 584 aa  433  1e-120  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000857259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3129  choline/carnitine/betaine transporter  47.94 
 
 		 554 aa  433  1e-120  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.32452  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  45.36 
 
 		 556 aa  432  1e-120  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3080  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  47.04 
 
 		 551 aa  435  1e-120  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  46.71 
 
 		 660 aa  434  1e-120  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3807  choline/carnitine/betaine transporter  47.04 
 
 		 551 aa  435  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00825508  normal  0.301611 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4552  choline/carnitine/betaine transporter  47.39 
 
 		 555 aa  435  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  45.21 
 
 		 656 aa  431  1e-119  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  42.35 
 
 		 526 aa  430  1e-119  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4336  choline/carnitine/betaine transporter  46.82 
 
 		 529 aa  430  1e-119  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4548  choline/carnitine/betaine transporter  47.58 
 
 		 551 aa  427  1e-118  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0980  choline/carnitine/betaine transport  48 
 
 		 548 aa  427  1e-118  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1077  choline/carnitine/betaine transport  49.3 
 
 		 682 aa  427  1e-118  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.892042  normal  0.109945 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1384  choline/carnitine/betaine transporter  47.15 
 
 		 524 aa  426  1e-118  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.095402  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  43.93 
 
 		 646 aa  422  1e-117  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0049  choline/carnitine/betaine transporter  45.07 
 
 		 523 aa  422  1e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.335489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  48.99 
 
 		 523 aa  420  1e-116  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0237  choline/carnitine/betaine transporter  45.97 
 
 		 550 aa  421  1e-116  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000527978  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  41.94 
 
 		 538 aa  418  9.999999999999999e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3360  choline/carnitine/betaine transporter  46.67 
 
 		 676 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0225578  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4045  choline/carnitine/betaine transporter  46.46 
 
 		 673 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.57128 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1809  choline/carnitine/betaine transporter  45.06 
 
 		 526 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  44.95 
 
 		 698 aa  412  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13010  choline/carnitine/betaine transport  46.51 
 
 		 603 aa  412  1e-114  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.639384 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0023  choline/carnitine/betaine transporter  46.44 
 
 		 539 aa  414  1e-114  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.16107 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4430  choline/carnitine/betaine transporter  46.5 
 
 		 691 aa  412  1e-114  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1874  BCCT transporter  45.59 
 
 		 676 aa  414  1e-114  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0838618  normal  0.235512 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1337  choline/carnitine/betaine transport  46.89 
 
 		 687 aa  414  1e-114  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06429  hypothetical protein  43.55 
 
 		 535 aa  412  1e-114  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3038  choline/carnitine/betaine transporter  46.2 
 
 		 554 aa  415  1e-114  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3107  choline/carnitine/betaine transporter  43.45 
 
 		 539 aa  415  1e-114  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5374  choline/carnitine/betaine transporter family protein  44.15 
 
 		 567 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.985383  normal  0.22306 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0433  transporter, BCCT family  42.86 
 
 		 531 aa  410  1e-113  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3929  hypothetical protein  45.85 
 
 		 551 aa  409  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.720842  normal  0.613133 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  45.09 
 
 		 573 aa  410  1e-113  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01511  putative high-affinity choline transport protein  47.47 
 
 		 676 aa  410  1e-113  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  43.04 
 
 		 506 aa  405  1.0000000000000001e-112  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0098  transporter, BCCT family  43.08 
 
 		 526 aa  407  1.0000000000000001e-112  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  43.89 
 
 		 503 aa  406  1.0000000000000001e-112  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0247  BCCT transporter  41.75 
 
 		 666 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.442957  normal  0.516419 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  43.84 
 
 		 676 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003545  choline-glycine betaine transporter  42.96 
 
 		 526 aa  408  1.0000000000000001e-112  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0898  BCCT family transporter  44.67 
 
 		 540 aa  403  1e-111  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01883  choline/carnitine/betaine transporter  43.74 
 
 		 529 aa  403  1e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0224  high-affinity choline transport protein  42.16 
 
 		 644 aa  402  1e-111  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0309  choline/carnitine/betaine transporter  43.98 
 
 		 552 aa  402  1e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.670789  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3576  choline/carnitine/betaine transporter  42.36 
 
 		 567 aa  404  1e-111  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.440158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4210  choline/carnitine/betaine transport  46.46 
 
 		 676 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.157306  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4156  choline/carnitine/betaine transporter  46.46 
 
 		 676 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87836  normal  0.0109397 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0969  choline/carnitine/betaine transporter  44.69 
 
 		 525 aa  399  9.999999999999999e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.375142  normal  0.0777887 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0240  choline/carnitine/betaine transporter  47.11 
 
 		 662 aa  399  9.999999999999999e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167365  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>