More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5387 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_5387  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 279 aa  582  1.0000000000000001e-165  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  30.38 
 
 		 269 aa  108  8.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1190  AraC family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 271 aa  107  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000541539 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3504  transcriptional regulator, AraC family  29.49 
 
 		 281 aa  104  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4652  transcriptional regulator, AraC family  28.2 
 
 		 272 aa  102  8e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.629583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2715  putative regulatory protein  28.35 
 
 		 272 aa  100  2e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.241271  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0099  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 287 aa  98.2  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1310  transcriptional regulator, AraC family  26.12 
 
 		 244 aa  90.9  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5791  transcriptional regulator, AraC family  27 
 
 		 253 aa  90.5  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1425  AraC family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 271 aa  89.7  4e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.333229  normal  0.212879 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3305  transcriptional regulator, AraC family  25.81 
 
 		 271 aa  87.4  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000908006 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5627  transcriptional regulator, AraC family  30.1 
 
 		 256 aa  86.7  4e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5257  transcriptional regulator, AraC family  24.62 
 
 		 289 aa  85.1  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2329  AraC family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 310 aa  84  0.000000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  26.27 
 
 		 271 aa  82.8  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1224  Helix-turn-helix, AraC domain protein  26.95 
 
 		 289 aa  82.8  0.000000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.276562  normal  0.797309 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3797  AraC family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 257 aa  82  0.000000000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.101891 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1304  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23.75 
 
 		 255 aa  80.9  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.407333  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0370  AraC family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 281 aa  80.5  0.00000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1550  transcriptional regulator, AraC family  27.07 
 
 		 272 aa  80.5  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6750  transcriptional regulator, AraC family  24.32 
 
 		 327 aa  79.7  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0579  transcriptional regulator, AraC family  28.64 
 
 		 257 aa  79.3  0.00000000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4151  transcriptional regulator, AraC family  27.81 
 
 		 252 aa  79  0.00000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0354643  normal  0.109267 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  24.14 
 
 		 268 aa  79  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 278 aa  79  0.00000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0825  AraC family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 289 aa  78.6  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5120  transcriptional regulator, AraC family  29.44 
 
 		 275 aa  78.2  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.282168 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1287  helix-turn-helix domain-containing protein  25.1 
 
 		 272 aa  78.6  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1962  transcriptional regulator, AraC family  26.54 
 
 		 271 aa  78.6  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.17826 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1835  helix-turn-helix domain-containing protein  27.19 
 
 		 277 aa  78.2  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.140482  normal  0.818318 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1649  transcriptional regulator, AraC family  25.68 
 
 		 271 aa  77.4  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  28.41 
 
 		 260 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3502  transcriptional regulator, AraC family  23.98 
 
 		 278 aa  77  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1684  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.79 
 
 		 288 aa  76.6  0.0000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.465215  normal  0.801994 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2318  AraC family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 278 aa  76.3  0.0000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3242  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 274 aa  75.9  0.0000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0575  transcriptional regulator, AraC family  27.32 
 
 		 256 aa  75.9  0.0000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2336  hypothetical protein  23.81 
 
 		 274 aa  75.5  0.0000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.429257 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1643  transcriptional regulator, AraC family  26.74 
 
 		 259 aa  74.7  0.000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2202  transcriptional regulator, AraC family  27.41 
 
 		 287 aa  75.5  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1384  transcriptional regulator, AraC family  25.39 
 
 		 269 aa  74.7  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0749  hypothetical protein  22.81 
 
 		 271 aa  74.7  0.000000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2016  transcriptional regulator, AraC family  23.62 
 
 		 279 aa  73.6  0.000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7200  AraC family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 297 aa  73.2  0.000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4393  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 246 aa  72.8  0.000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.287242  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6191  transcriptional regulator, AraC family  23.74 
 
 		 282 aa  72.8  0.000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.343343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5221  AraC family transcriptional regulator  23.37 
 
 		 297 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343965  normal  0.936054 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2622  AraC family transcriptional regulator  43.04 
 
 		 228 aa  72  0.000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23.85 
 
 		 260 aa  72  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1097  AraC family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 261 aa  71.2  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0462  helix-turn-helix domain-containing protein  28.32 
 
 		 277 aa  70.1  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2942  AraC family transcriptional regulator  22.92 
 
 		 309 aa  70.1  0.00000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2660  transcriptional regulator, AraC family  29.71 
 
 		 278 aa  69.3  0.00000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1713  AraC family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 286 aa  69.3  0.00000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3383  AraC family transcriptional regulator  23.19 
 
 		 271 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.376352  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3509  transcriptional regulator, AraC family  26.25 
 
 		 277 aa  68.6  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.551098  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5306  transcriptional regulator, AraC family  27.91 
 
 		 244 aa  68.6  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4242  AraC family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 267 aa  67  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0581638 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1440  transcriptional regulator, AraC family  26.74 
 
 		 275 aa  67  0.0000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2569  transcriptional regulator, AraC family  23.29 
 
 		 309 aa  67  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4318  transcriptional regulator, AraC family  23.25 
 
 		 267 aa  66.2  0.0000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.642666  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0433  transcriptional regulator, AraC family  22.49 
 
 		 274 aa  64.7  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3635  helix-turn-helix domain-containing protein  25.67 
 
 		 249 aa  65.5  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000440298 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2483  AraC family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 273 aa  65.5  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0047  transcriptional regulator, AraC family  23.35 
 
 		 254 aa  65.5  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.230347  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6058  transcriptional regulator, AraC family  24.91 
 
 		 291 aa  65.1  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3275  transcriptional regulator, AraC family  29.38 
 
 		 229 aa  64.3  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.672112  normal  0.145248 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0651  transcriptional regulator, AraC family  25.91 
 
 		 290 aa  64.7  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1479  helix-turn-helix domain-containing protein  35.79 
 
 		 299 aa  63.9  0.000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0993365  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3448  transcriptional regulator, AraC family  26.21 
 
 		 281 aa  63.9  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.327362  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4467  helix-turn-helix domain-containing protein  24.29 
 
 		 252 aa  63.5  0.000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0353023 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2695  transcriptional regulator, AraC family  22.87 
 
 		 253 aa  62.8  0.000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0816587  normal  0.146404 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0546  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 257 aa  62.8  0.000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.493534  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6449  AraC family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 239 aa  62.8  0.000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0160185 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1733  helix-turn-helix domain-containing protein  24.53 
 
 		 305 aa  62.4  0.000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0271524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2597  transcriptional regulator, AraC family  29.32 
 
 		 253 aa  62.4  0.000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00366269  normal  0.225275 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1602  transcriptional regulator  38.46 
 
 		 360 aa  62  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4529  Helix-turn-helix, AraC domain protein  23.02 
 
 		 303 aa  62  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.453495 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2737  AraC family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 262 aa  62  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0062511  hitchhiker  0.000065853 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4901  AraC family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 297 aa  60.8  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5046  transcriptional regulator, AraC family  40.45 
 
 		 360 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.311453 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5692  transcriptional regulator, AraC family  24.21 
 
 		 271 aa  61.2  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0876527  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4694  AraC family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 272 aa  60.1  0.00000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1278  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.48 
 
 		 252 aa  60.1  0.00000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.711886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1655  hypothetical protein  24.08 
 
 		 271 aa  59.7  0.00000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4832  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 393 aa  59.7  0.00000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.304205  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  38.38 
 
 		 356 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4542  Helix-turn-helix, AraC domain protein  19.93 
 
 		 265 aa  59.3  0.00000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2824  helix-turn-helix domain-containing protein  34.83 
 
 		 251 aa  58.9  0.00000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0253929  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1690  AraC family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 363 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.072678  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3335  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 361 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.519645 
 
 
-
 
NC_003296  RS02019  transcription regulator protein  35.96 
 
 		 387 aa  57  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1969  transcriptional regulator, AraC family  22.18 
 
 		 282 aa  57  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0909841  normal  0.074502 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0994  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 462 aa  57  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2970  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 276 aa  56.6  0.0000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.3117 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0397  AraC/XylS family transcription factor  37.08 
 
 		 396 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1956  transcriptional regulator  37.08 
 
 		 396 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.976768  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1864  AraC family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 410 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4438  helix-turn-helix domain-containing protein  22.45 
 
 		 255 aa  55.8  0.0000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1886  transcriptional regulator, AraC family  23.37 
 
 		 280 aa  55.8  0.0000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.979359  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>