More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1409 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1409  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 406 aa  838    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2136  diaminopimelate decarboxylase  61.32 
 
 		 398 aa  500  1e-140  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.509779  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2159  diaminopimelate decarboxylase  60.25 
 
 		 407 aa  501  1e-140  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08531  diaminopimelate decarboxylase  57.47 
 
 		 406 aa  475  1e-133  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3289  diaminopimelate decarboxylase  56.09 
 
 		 410 aa  462  1e-129  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.721852 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0227  diaminopimelate decarboxylase  51.88 
 
 		 424 aa  437  1e-121  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.690316  normal  0.715181 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2967  diaminopimelate decarboxylase  50.89 
 
 		 409 aa  425  1e-118  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2534  diaminopimelate decarboxylase  35.52 
 
 		 416 aa  250  3e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.73799  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2664  diaminopimelate decarboxylase  35.03 
 
 		 434 aa  249  8e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.287942  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1595  diaminopimelate decarboxylase  33.33 
 
 		 425 aa  236  6e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000335873  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0038  diaminopimelate decarboxylase  35.29 
 
 		 429 aa  233  3e-60  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1916  diaminopimelate decarboxylase  34.83 
 
 		 430 aa  224  2e-57  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3166  diaminopimelate decarboxylase  32.1 
 
 		 413 aa  224  2e-57  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.603838 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0670  diaminopimelate decarboxylase  32.3 
 
 		 453 aa  224  2e-57  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00590114 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0681  diaminopimelate decarboxylase  31.3 
 
 		 421 aa  222  8e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.238588  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2691  diaminopimelate decarboxylase  31.6 
 
 		 419 aa  221  9.999999999999999e-57  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  34.98 
 
 		 418 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7089  diaminopimelate decarboxylase  33.17 
 
 		 413 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2942  diaminopimelate decarboxylase  34.79 
 
 		 430 aa  221  3e-56  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000269013  normal  0.385916 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02686  diaminopimelate decarboxylase, PLP-binding  34.4 
 
 		 420 aa  220  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0852  diaminopimelate decarboxylase  34.4 
 
 		 420 aa  220  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2985  diaminopimelate decarboxylase  34.4 
 
 		 420 aa  220  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02647  hypothetical protein  34.4 
 
 		 420 aa  220  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3024  diaminopimelate decarboxylase  34.4 
 
 		 420 aa  220  3.9999999999999997e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0877  diaminopimelate decarboxylase  34.4 
 
 		 420 aa  220  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3158  diaminopimelate decarboxylase  34.15 
 
 		 420 aa  219  6e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.856232  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0523  diaminopimelate decarboxylase  33.42 
 
 		 402 aa  218  1e-55  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  33.09 
 
 		 422 aa  218  1e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2986  diaminopimelate decarboxylase  34.15 
 
 		 420 aa  218  1e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0454398 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1010  diaminopimelate decarboxylase  31.99 
 
 		 421 aa  218  2e-55  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.905477 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  33.25 
 
 		 427 aa  217  2e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4107  diaminopimelate decarboxylase  33.91 
 
 		 420 aa  217  2e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.475873  hitchhiker  0.000027959 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2740  diaminopimelate decarboxylase  31.92 
 
 		 411 aa  218  2e-55  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  32.77 
 
 		 427 aa  216  7e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  32.77 
 
 		 427 aa  216  8e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0209  diaminopimelate decarboxylase  34.15 
 
 		 412 aa  215  9e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0158356  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3345  diaminopimelate decarboxylase  34.14 
 
 		 420 aa  215  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0295344 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3244  diaminopimelate decarboxylase  33.9 
 
 		 420 aa  215  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000310406 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3163  diaminopimelate decarboxylase  33.9 
 
 		 420 aa  215  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0745  diaminopimelate decarboxylase  34.63 
 
 		 440 aa  215  9.999999999999999e-55  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.300133  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3139  diaminopimelate decarboxylase  33.17 
 
 		 419 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167339  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3836  diaminopimelate decarboxylase  33.41 
 
 		 420 aa  213  2.9999999999999995e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  35.35 
 
 		 420 aa  214  2.9999999999999995e-54  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3229  diaminopimelate decarboxylase  33.66 
 
 		 420 aa  214  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000136805 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3725  diaminopimelate decarboxylase  31.87 
 
 		 412 aa  212  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  35.07 
 
 		 402 aa  211  1e-53  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0359  diaminopimelate decarboxylase  35.07 
 
 		 402 aa  210  3e-53  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.604138  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0733  diaminopimelate decarboxylase  33.65 
 
 		 420 aa  210  3e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  33.58 
 
 		 430 aa  210  4e-53  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3284  diaminopimelate decarboxylase  33.33 
 
 		 420 aa  209  6e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2242  diaminopimelate decarboxylase  32.69 
 
 		 439 aa  209  6e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0241935  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3181  diaminopimelate decarboxylase  33.41 
 
 		 420 aa  209  7e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  33.66 
 
 		 445 aa  209  7e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5288  diaminopimelate decarboxylase  33.25 
 
 		 415 aa  209  7e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3483  diaminopimelate decarboxylase  32.06 
 
 		 412 aa  209  7e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4883  diaminopimelate decarboxylase  32.06 
 
 		 412 aa  209  7e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3625  diaminopimelate decarboxylase  34.24 
 
 		 420 aa  209  8e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5227  diaminopimelate decarboxylase  33.25 
 
 		 415 aa  209  9e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  32.17 
 
 		 451 aa  208  1e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0314  diaminopimelate decarboxylase  31.44 
 
 		 417 aa  208  1e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5136  diaminopimelate decarboxylase  33.25 
 
 		 415 aa  209  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.206313  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07140  diaminopimelate decarboxylase  33.17 
 
 		 448 aa  208  1e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.993125  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1651  diaminopimelate decarboxylase  34.52 
 
 		 402 aa  208  1e-52  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000231454  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1645  diaminopimelate decarboxylase  32.21 
 
 		 416 aa  207  3e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.902771 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  32.92 
 
 		 414 aa  207  4e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0267  diaminopimelate decarboxylase  33.25 
 
 		 415 aa  206  6e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3486  diaminopimelate decarboxylase  33.82 
 
 		 420 aa  206  6e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.54113  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1775  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  34.51 
 
 		 859 aa  206  7e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  32.54 
 
 		 414 aa  206  8e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1648  diaminopimelate decarboxylase  31.44 
 
 		 417 aa  205  9e-52  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00420158  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1499  diaminopimelate decarboxylase  32.67 
 
 		 416 aa  205  1e-51  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000178536  normal  0.848919 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  32.25 
 
 		 415 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  30.15 
 
 		 418 aa  204  2e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3248  diaminopimelate decarboxylase  31.75 
 
 		 420 aa  204  2e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000168986 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0973  diaminopimelate decarboxylase  31.75 
 
 		 420 aa  204  2e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  31.93 
 
 		 423 aa  204  2e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0245  diaminopimelate decarboxylase  32.49 
 
 		 415 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.377243  normal  0.537295 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1024  diaminopimelate decarboxylase  31.75 
 
 		 420 aa  204  3e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1439  diaminopimelate decarboxylase  32.02 
 
 		 412 aa  204  3e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4876  diaminopimelate decarboxylase  32.66 
 
 		 416 aa  203  5e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000066198  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0271  diaminopimelate decarboxylase  34.32 
 
 		 403 aa  202  7e-51  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.760215  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0837  diaminopimelate decarboxylase  31.39 
 
 		 412 aa  202  8e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.104013 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5403  diaminopimelate decarboxylase  31.39 
 
 		 412 aa  202  9e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0791  diaminopimelate decarboxylase  31.25 
 
 		 466 aa  202  9e-51  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6020  diaminopimelate decarboxylase  32.75 
 
 		 415 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.422247  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  32 
 
 		 415 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0753  diaminopimelate decarboxylase  32.85 
 
 		 420 aa  201  9.999999999999999e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0244926  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  32.43 
 
 		 414 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0976  diaminopimelate decarboxylase  31.68 
 
 		 416 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.351187  normal  0.117285 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1774  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  33.97 
 
 		 859 aa  201  1.9999999999999998e-50  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1656  aspartate kinase  32.29 
 
 		 878 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  34.34 
 
 		 399 aa  201  1.9999999999999998e-50  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  31.42 
 
 		 423 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4246  diaminopimelate decarboxylase  31.58 
 
 		 412 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0343876 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  32.84 
 
 		 419 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2802  diaminopimelate decarboxylase  32.25 
 
 		 420 aa  200  3e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1740  diaminopimelate decarboxylase  32.5 
 
 		 422 aa  200  3.9999999999999996e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.309969  normal  0.840232 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  31.49 
 
 		 415 aa  199  5e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  30.67 
 
 		 416 aa  199  5e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69670  diaminopimelate decarboxylase  32.24 
 
 		 415 aa  199  5e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>