More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2789 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_2789  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 
346 aa  704    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1414  RluA family pseudouridine synthase  37.92 
 
 
324 aa  226  3e-58  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.003829  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1224  pseudouridylate synthase  37.61 
 
 
324 aa  226  4e-58  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00465403  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0893  pseudouridine synthase, RluA family  34.55 
 
 
318 aa  197  3e-49  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1962  RluA family pseudouridine synthase  35.31 
 
 
320 aa  169  9e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000134652  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  34.15 
 
 
339 aa  168  1e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  32.34 
 
 
362 aa  162  7e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0056  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.68 
 
 
339 aa  159  7e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0073  pseudouridine synthase, RluA family  31.37 
 
 
339 aa  159  7e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0061  pseudouridine synthase, RluA family  31.06 
 
 
339 aa  158  1e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  31.61 
 
 
339 aa  153  4e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  32.27 
 
 
399 aa  153  4e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4787  RluA family pseudouridine synthase  32.42 
 
 
334 aa  152  7e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.495822 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  30.06 
 
 
346 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2290  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.04 
 
 
360 aa  151  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0347  pseudouridine synthase, RluA family  34.98 
 
 
303 aa  151  2e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1572  RluA family pseudouridine synthase  31.18 
 
 
420 aa  149  5e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00305296  hitchhiker  0.00710721 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1802  RluA family pseudouridine synthase  33.02 
 
 
304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0123  pseudouridine synthase  31.01 
 
 
315 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.352108  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3659  pseudouridine synthase, RluD  30.37 
 
 
378 aa  147  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.28 
 
 
300 aa  147  3e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.03 
 
 
300 aa  145  8.000000000000001e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  29.57 
 
 
302 aa  145  9e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0824  RluA family pseudouridine synthase  33.01 
 
 
317 aa  145  1e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0397  pseudouridine synthase, RluA family  32.04 
 
 
335 aa  145  1e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1429  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.27 
 
 
327 aa  145  1e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.550632 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2677  pseudouridine synthase, RluA family  31.68 
 
 
324 aa  143  4e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.304816 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0390  RluA family pseudouridine synthase  31.25 
 
 
339 aa  142  8e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.02 
 
 
326 aa  142  9.999999999999999e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.04 
 
 
316 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3085  RluA family pseudouridine synthase  29.14 
 
 
398 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.780286  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1557  pseudouridine synthase  34.65 
 
 
311 aa  140  3e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.343366  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.02 
 
 
314 aa  140  3.9999999999999997e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2175  pseudouridylate synthase  30.72 
 
 
330 aa  139  7e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1358  pseudouridine synthase, RluA family  32.09 
 
 
303 aa  139  8.999999999999999e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.364414  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  31.58 
 
 
306 aa  139  1e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.57 
 
 
315 aa  138  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  30.54 
 
 
339 aa  139  1e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1065  pseudouridine synthase, RluD  32.2 
 
 
328 aa  138  2e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.901288  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  32.79 
 
 
304 aa  137  2e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2087  RluA family pseudouridine synthase  30.72 
 
 
330 aa  137  3.0000000000000003e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.68 
 
 
320 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1873  pseudouridine synthase, RluA family  31.65 
 
 
317 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0755786  normal  0.858498 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2219  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.65 
 
 
317 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.654666  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.07 
 
 
306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  28.38 
 
 
310 aa  136  6.0000000000000005e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0919  RluA family pseudouridine synthase  31.8 
 
 
293 aa  136  6.0000000000000005e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.976861  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2207  pseudouridine synthase, RluA family protein  31.82 
 
 
312 aa  136  6.0000000000000005e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.649752  normal  0.163859 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  32.53 
 
 
313 aa  135  9e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31 
 
 
352 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.32 
 
 
328 aa  135  9.999999999999999e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  31.51 
 
 
315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  28.7 
 
 
319 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1875  RluA family pseudouridine synthase  29.22 
 
 
317 aa  134  3e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.763374  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2033  RluA family pseudouridine synthase  30.26 
 
 
319 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.904373  normal  0.0708013 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0906  pseudouridine synthase, RluA family  30.87 
 
 
344 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447686  normal  0.0333397 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  29.97 
 
 
316 aa  132  6e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  28.85 
 
 
331 aa  132  6e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  29.36 
 
 
323 aa  132  6e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  29 
 
 
370 aa  132  7.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.21 
 
 
329 aa  132  9e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.21 
 
 
329 aa  132  9e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0593  pseudouridine synthase, RluA family  27.09 
 
 
310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.070842  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0971  pseudouridine synthase, RluA family  30.87 
 
 
344 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.158596 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0431  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.09 
 
 
319 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0819  RluA family pseudouridine synthase  30.19 
 
 
353 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0956515  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  31.19 
 
 
322 aa  130  2.0000000000000002e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  32.32 
 
 
318 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2633  lysozyme  29.84 
 
 
325 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000151513 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.34 
 
 
334 aa  130  3e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  29.15 
 
 
315 aa  129  5.0000000000000004e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.85 
 
 
308 aa  129  5.0000000000000004e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  27.22 
 
 
364 aa  129  6e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1241  RluA family pseudouridine synthase  29.68 
 
 
325 aa  129  8.000000000000001e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01518  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.53 
 
 
313 aa  129  8.000000000000001e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  28.43 
 
 
330 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  29.43 
 
 
468 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0283  pseudouridine synthase, RluD  29.33 
 
 
343 aa  128  1.0000000000000001e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.131037 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.56 
 
 
338 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122309  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1594  RluA family pseudouridine synthase  30.9 
 
 
329 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0260553  normal  0.0130241 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  26.69 
 
 
302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.69 
 
 
302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  29.43 
 
 
468 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  26.69 
 
 
302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.69 
 
 
302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  26.69 
 
 
302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  26.69 
 
 
302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1757  pseudouridine synthase, RluA family  29.17 
 
 
346 aa  128  2.0000000000000002e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0151064  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  29.93 
 
 
306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  29.93 
 
 
306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0257  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  27.86 
 
 
338 aa  127  3e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.390571  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2303  RluA family pseudouridine synthase  32.33 
 
 
323 aa  127  3e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  31 
 
 
315 aa  127  3e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1580  pseudouridine synthase, RluA family  31.23 
 
 
319 aa  127  3e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000241554  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2844  pseudouridine synthase, RluD  32.08 
 
 
324 aa  127  4.0000000000000003e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.546073  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  26.57 
 
 
331 aa  126  5e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2815  23S rRNA pseudouridylate synthase C  29.18 
 
 
318 aa  126  5e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000464709  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.66 
 
 
458 aa  126  6e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.93 
 
 
343 aa  126  6e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  30.22 
 
 
446 aa  126  6e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>