More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccur_06360 on replicon NC_013170
Organism: Cryptobacterium curtum DSM 15641



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013170  Ccur_06360  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 
347 aa  717    Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.465588  normal  0.220334 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1559  pseudouridine synthase, RluA family  55.43 
 
 
344 aa  359  5e-98  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.627219  hitchhiker  0.0055148 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10900  pseudouridine synthase, RluA family  54.31 
 
 
320 aa  328  1.0000000000000001e-88  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.631494  unclonable  0.00000000285325 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0839  pseudouridine synthase, RluA family  53.89 
 
 
336 aa  323  4e-87  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00962928 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.94 
 
 
296 aa  226  5.0000000000000005e-58  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.83 
 
 
296 aa  221  9.999999999999999e-57  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.52 
 
 
301 aa  221  9.999999999999999e-57  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.69 
 
 
306 aa  220  1.9999999999999999e-56  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  43.93 
 
 
306 aa  219  3.9999999999999997e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  44.66 
 
 
305 aa  219  6e-56  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  43.08 
 
 
313 aa  217  2.9999999999999998e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.3 
 
 
313 aa  215  8e-55  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  41.27 
 
 
331 aa  215  9.999999999999999e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  42.32 
 
 
304 aa  209  4e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  40.89 
 
 
305 aa  208  1e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  40.89 
 
 
305 aa  208  1e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  42.68 
 
 
309 aa  205  8e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.32 
 
 
305 aa  205  9e-52  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  41.38 
 
 
304 aa  205  9e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.78 
 
 
308 aa  205  1e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.14 
 
 
303 aa  205  1e-51  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  42.25 
 
 
342 aa  203  3e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  40.14 
 
 
313 aa  201  9.999999999999999e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  39.17 
 
 
302 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  41.61 
 
 
304 aa  202  9.999999999999999e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  39.26 
 
 
305 aa  201  1.9999999999999998e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.84 
 
 
300 aa  200  3e-50  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  41.58 
 
 
302 aa  200  3e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  43.61 
 
 
334 aa  200  3.9999999999999996e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  42.04 
 
 
310 aa  200  3.9999999999999996e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.17 
 
 
312 aa  199  6e-50  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  42.61 
 
 
305 aa  199  7.999999999999999e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  40.58 
 
 
316 aa  198  9e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.53 
 
 
312 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  39.14 
 
 
326 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.2 
 
 
304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.22 
 
 
302 aa  196  3e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  38.22 
 
 
302 aa  196  3e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  40.6 
 
 
302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.22 
 
 
302 aa  196  5.000000000000001e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  38.22 
 
 
302 aa  196  5.000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.22 
 
 
302 aa  196  5.000000000000001e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  37.75 
 
 
306 aa  196  5.000000000000001e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.22 
 
 
302 aa  195  8.000000000000001e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.22 
 
 
302 aa  195  9e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  39.81 
 
 
346 aa  194  1e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  37.42 
 
 
306 aa  195  1e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  40.45 
 
 
315 aa  194  2e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  37.9 
 
 
302 aa  194  3e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  35.6 
 
 
306 aa  193  4e-48  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  40.19 
 
 
302 aa  193  4e-48  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.13 
 
 
303 aa  192  5e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  38.06 
 
 
314 aa  193  5e-48  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  37.79 
 
 
311 aa  192  6e-48  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  39.12 
 
 
323 aa  192  6e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  40.52 
 
 
320 aa  191  1e-47  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.33 
 
 
300 aa  191  1e-47  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.21 
 
 
343 aa  192  1e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  42.77 
 
 
332 aa  190  2.9999999999999997e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2308  pseudouridine synthase, RluA family  41.72 
 
 
342 aa  190  4e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0234443 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  38.31 
 
 
319 aa  189  4e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  38.69 
 
 
306 aa  188  1e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  40.4 
 
 
324 aa  188  1e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  37.26 
 
 
304 aa  188  1e-46  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  37.86 
 
 
311 aa  187  2e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  35.06 
 
 
305 aa  187  3e-46  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  36.86 
 
 
320 aa  187  3e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  37.54 
 
 
311 aa  185  8e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  37.99 
 
 
319 aa  185  9e-46  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  41.77 
 
 
343 aa  185  9e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.01 
 
 
321 aa  185  1.0000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  41.16 
 
 
329 aa  185  1.0000000000000001e-45  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  37.09 
 
 
300 aa  185  1.0000000000000001e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  40.63 
 
 
318 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  39.56 
 
 
329 aa  184  2.0000000000000003e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.92 
 
 
322 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  40.19 
 
 
322 aa  184  2.0000000000000003e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  40.63 
 
 
318 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  34.7 
 
 
328 aa  183  4.0000000000000006e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.74 
 
 
316 aa  183  4.0000000000000006e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  38.82 
 
 
336 aa  183  4.0000000000000006e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  35.83 
 
 
323 aa  183  5.0000000000000004e-45  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  38.94 
 
 
339 aa  182  7e-45  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  37.66 
 
 
319 aa  182  9.000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2822  RluA family pseudouridine synthase  37.31 
 
 
329 aa  182  9.000000000000001e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000591979  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  38.22 
 
 
319 aa  181  1e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  37.58 
 
 
319 aa  181  1e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40 
 
 
343 aa  181  1e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.25 
 
 
347 aa  181  2e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  41.07 
 
 
299 aa  181  2e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.25 
 
 
334 aa  181  2e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  38.2 
 
 
326 aa  181  2e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  40.52 
 
 
351 aa  179  4.999999999999999e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  37.58 
 
 
320 aa  179  5.999999999999999e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0921  pseudouridine synthase, RluA family  38.34 
 
 
344 aa  179  8e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  38.71 
 
 
377 aa  179  9e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  39.55 
 
 
356 aa  178  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  39.93 
 
 
344 aa  178  1e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.8 
 
 
335 aa  178  1e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  37.1 
 
 
326 aa  178  2e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>