More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_2104 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 
306 aa  619  1e-176  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  99.02 
 
 
306 aa  615  1e-175  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  56.81 
 
 
305 aa  350  1e-95  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  58.33 
 
 
303 aa  347  1e-94  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  57.76 
 
 
313 aa  347  2e-94  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  58.97 
 
 
334 aa  342  2.9999999999999997e-93  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  57.24 
 
 
301 aa  340  2e-92  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  56.27 
 
 
306 aa  339  2.9999999999999998e-92  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  53.9 
 
 
309 aa  333  2e-90  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  56.55 
 
 
304 aa  333  3e-90  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  56.46 
 
 
302 aa  333  3e-90  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  56.46 
 
 
302 aa  332  4e-90  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  56.46 
 
 
302 aa  332  4e-90  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  56.46 
 
 
302 aa  332  4e-90  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  56.46 
 
 
302 aa  332  4e-90  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  55.33 
 
 
302 aa  332  6e-90  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  56.46 
 
 
302 aa  332  7.000000000000001e-90  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  57.29 
 
 
304 aa  330  1e-89  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  56.12 
 
 
302 aa  330  2e-89  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  55.78 
 
 
302 aa  327  1.0000000000000001e-88  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  53.02 
 
 
305 aa  327  2.0000000000000001e-88  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  56.4 
 
 
302 aa  326  3e-88  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  57.48 
 
 
303 aa  326  4.0000000000000003e-88  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  56.95 
 
 
304 aa  325  8.000000000000001e-88  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.36 
 
 
306 aa  323  2e-87  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  52.03 
 
 
331 aa  322  7e-87  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  55.36 
 
 
302 aa  320  1.9999999999999998e-86  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.39 
 
 
296 aa  317  2e-85  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.67 
 
 
296 aa  315  5e-85  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  52.33 
 
 
305 aa  311  5.999999999999999e-84  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  53.12 
 
 
300 aa  310  2e-83  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  54.76 
 
 
304 aa  310  2e-83  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  50 
 
 
311 aa  307  1.0000000000000001e-82  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  49.67 
 
 
311 aa  306  3e-82  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  50.99 
 
 
326 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.82 
 
 
312 aa  304  2.0000000000000002e-81  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  50.5 
 
 
303 aa  301  6.000000000000001e-81  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  53.77 
 
 
305 aa  301  1e-80  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  53.77 
 
 
305 aa  301  1e-80  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  51.35 
 
 
323 aa  300  2e-80  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  50.33 
 
 
306 aa  300  2e-80  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.37 
 
 
308 aa  298  7e-80  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.38 
 
 
319 aa  296  3e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.7 
 
 
305 aa  295  6e-79  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.19 
 
 
347 aa  295  9e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.19 
 
 
334 aa  295  9e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.67 
 
 
304 aa  293  3e-78  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.84 
 
 
321 aa  292  4e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  48.8 
 
 
341 aa  290  2e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.3 
 
 
322 aa  289  4e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  52.35 
 
 
320 aa  288  9e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  49.84 
 
 
326 aa  286  2e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  47.88 
 
 
341 aa  286  4e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  48.43 
 
 
334 aa  285  5.999999999999999e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  47.02 
 
 
315 aa  285  8e-76  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.68 
 
 
343 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.88 
 
 
343 aa  284  1.0000000000000001e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.78 
 
 
312 aa  283  2.0000000000000002e-75  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  46.31 
 
 
323 aa  281  8.000000000000001e-75  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  48.46 
 
 
342 aa  281  1e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  47.02 
 
 
314 aa  280  2e-74  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2578  pseudouridine synthase, RluA family  48.21 
 
 
343 aa  280  2e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  45.64 
 
 
377 aa  280  2e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  49.02 
 
 
347 aa  280  3e-74  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  47.49 
 
 
310 aa  279  4e-74  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  46.97 
 
 
343 aa  277  2e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  48.38 
 
 
311 aa  276  4e-73  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  44.52 
 
 
329 aa  274  1.0000000000000001e-72  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.88 
 
 
348 aa  275  1.0000000000000001e-72  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0665  hypothetical protein  47 
 
 
341 aa  273  2.0000000000000002e-72  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  46.86 
 
 
305 aa  274  2.0000000000000002e-72  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  47.76 
 
 
376 aa  272  5.000000000000001e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  51.01 
 
 
319 aa  272  6e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  45.25 
 
 
327 aa  272  7e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  46.37 
 
 
313 aa  271  8.000000000000001e-72  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  49.03 
 
 
346 aa  271  1e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  50.67 
 
 
319 aa  271  1e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.79 
 
 
300 aa  270  2e-71  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  43.73 
 
 
315 aa  268  5.9999999999999995e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  47.1 
 
 
352 aa  267  2e-70  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  46.33 
 
 
306 aa  267  2e-70  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  46.71 
 
 
314 aa  266  4e-70  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1219  pseudouridine synthase, RluA family  46.58 
 
 
342 aa  265  5.999999999999999e-70  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  45.33 
 
 
328 aa  265  5.999999999999999e-70  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  46.18 
 
 
337 aa  265  7e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  46.23 
 
 
324 aa  265  8e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  45.94 
 
 
426 aa  265  8e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000104546 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  44.08 
 
 
316 aa  265  8.999999999999999e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  45.86 
 
 
324 aa  265  8.999999999999999e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.76 
 
 
300 aa  264  1e-69  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.17 
 
 
326 aa  265  1e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.28 
 
 
356 aa  263  2e-69  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  46.8 
 
 
320 aa  262  4e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  47.74 
 
 
339 aa  262  4.999999999999999e-69  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  46.46 
 
 
302 aa  262  4.999999999999999e-69  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  46.45 
 
 
345 aa  262  6e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  45.78 
 
 
319 aa  262  6.999999999999999e-69  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  47.24 
 
 
326 aa  261  8e-69  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2431  pseudouridine synthase, RluD  42.81 
 
 
351 aa  261  1e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0293774 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.82 
 
 
337 aa  261  1e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>