More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6027 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_6027  nodulation protein T precursor  100 
 
 
483 aa  977    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3157  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  61.51 
 
 
480 aa  553  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3447  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  61.24 
 
 
477 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.689762 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4373  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  61.09 
 
 
483 aa  520  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6515  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  59.66 
 
 
477 aa  518  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0241936 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2943  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.29 
 
 
482 aa  292  9e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.587642  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  37.86 
 
 
504 aa  283  6.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.26 
 
 
509 aa  279  8e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.75 
 
 
501 aa  268  2e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.95 
 
 
518 aa  267  4e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2451  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.96 
 
 
514 aa  251  2e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4508  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.83 
 
 
505 aa  243  7e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0567962 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  34.22 
 
 
503 aa  242  1e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.2 
 
 
493 aa  241  2e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  31.22 
 
 
479 aa  234  4.0000000000000004e-60  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  30.88 
 
 
489 aa  231  2e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.21 
 
 
497 aa  231  3e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  33.26 
 
 
512 aa  229  1e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3449  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.65 
 
 
458 aa  227  4e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.135677  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.68 
 
 
494 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.04 
 
 
475 aa  219  8.999999999999998e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0722212  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  31.84 
 
 
520 aa  218  1e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.37 
 
 
513 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.37 
 
 
512 aa  214  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  31.87 
 
 
569 aa  213  5.999999999999999e-54  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.48 
 
 
525 aa  213  7e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.12 
 
 
482 aa  210  6e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1099  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.15 
 
 
460 aa  209  9e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1666  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.22 
 
 
546 aa  208  2e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.13133 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  31.97 
 
 
479 aa  207  3e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.16 
 
 
483 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.22 
 
 
496 aa  206  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.22 
 
 
496 aa  206  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6156  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.63 
 
 
560 aa  206  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0572523 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.06 
 
 
504 aa  205  1e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.07 
 
 
483 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0630  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.89 
 
 
569 aa  203  5e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00465168 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  30.93 
 
 
479 aa  203  6e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.14 
 
 
500 aa  203  7e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.7 
 
 
482 aa  202  9e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6272  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.31 
 
 
558 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.397121 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1407  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.83 
 
 
488 aa  202  9.999999999999999e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.380774 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.69 
 
 
502 aa  200  3.9999999999999996e-50  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  30.56 
 
 
479 aa  200  5e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.82 
 
 
471 aa  200  5e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.49 
 
 
481 aa  199  7e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000292967 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1281  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.25 
 
 
561 aa  199  9e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.183207  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  28.99 
 
 
547 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.74 
 
 
484 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6550  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.05 
 
 
561 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.984668  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.09 
 
 
515 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.57 
 
 
483 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.37 
 
 
489 aa  197  4.0000000000000005e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.95 
 
 
484 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0105  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.97 
 
 
457 aa  195  1e-48  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.265235  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1818  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.12 
 
 
482 aa  196  1e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.332659  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  32.75 
 
 
520 aa  194  2e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3604  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.64 
 
 
483 aa  194  2e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7487  nodulation protein T precursor  29.26 
 
 
490 aa  194  3e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4545  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.58 
 
 
525 aa  194  4e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3473  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.58 
 
 
525 aa  194  4e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0809824  normal  0.12883 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  28.14 
 
 
518 aa  192  8e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1620  Outer membrane protein  29.49 
 
 
565 aa  192  8e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5523  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.59 
 
 
576 aa  192  1e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  28.21 
 
 
558 aa  192  1e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1798  hypothetical protein  29.26 
 
 
569 aa  192  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.02 
 
 
486 aa  192  1e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1641  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  29.26 
 
 
569 aa  192  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4072  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.26 
 
 
464 aa  192  1e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.153495 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6558  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.7 
 
 
591 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1164  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.57 
 
 
473 aa  191  2e-47  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000188172  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5852  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.9 
 
 
523 aa  192  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.741914 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1456  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.43 
 
 
480 aa  191  2e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000857275 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2338  efflux ABC transporter outer membrane protein  31.11 
 
 
470 aa  192  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.42 
 
 
489 aa  191  2.9999999999999997e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.47 
 
 
486 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4486  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.56 
 
 
512 aa  190  4e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.07 
 
 
483 aa  190  5.999999999999999e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6208  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.55 
 
 
497 aa  189  7e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.842439  normal  0.408471 
 
 
-
 
NC_003296  RS01780  outer membrane CHANEL lipoprotein  31.61 
 
 
522 aa  189  1e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.29 
 
 
532 aa  188  2e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2680  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.56 
 
 
490 aa  187  5e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.91 
 
 
465 aa  186  6e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5881  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.3 
 
 
497 aa  186  6e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  31.04 
 
 
479 aa  186  8e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1077  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.45 
 
 
496 aa  186  9e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512437  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5243  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.55 
 
 
537 aa  186  9e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.727139  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.67 
 
 
504 aa  186  9e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.76 
 
 
517 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.76 
 
 
517 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.08 
 
 
471 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2426  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.97 
 
 
487 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.335348  normal  0.737188 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.08 
 
 
471 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4150  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.75 
 
 
472 aa  184  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.08 
 
 
471 aa  184  3e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2283  outer membrane efflux protein  29.8 
 
 
501 aa  184  4.0000000000000006e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0628456 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.98 
 
 
471 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2178  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.04 
 
 
479 aa  184  4.0000000000000006e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0034  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.05 
 
 
538 aa  183  5.0000000000000004e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.677331 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5642  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.6 
 
 
481 aa  183  7e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.20764  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>