More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0269 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 304 aa  602  1.0000000000000001e-171  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  77.21 
 
 		 333 aa  450  1e-125  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  63.86 
 
 		 320 aa  355  6.999999999999999e-97  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  60.67 
 
 		 304 aa  346  3e-94  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  60.85 
 
 		 315 aa  328  7e-89  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  61.07 
 
 		 322 aa  313  1.9999999999999998e-84  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  60.28 
 
 		 327 aa  312  4.999999999999999e-84  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  51.02 
 
 		 298 aa  271  1e-71  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  51.84 
 
 		 299 aa  268  1e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  46.98 
 
 		 320 aa  229  3e-59  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  40.29 
 
 		 280 aa  228  8e-59  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  46.15 
 
 		 285 aa  227  2e-58  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3507  transcriptional regulator, RpiR family  48.41 
 
 		 342 aa  221  8e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0619346 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0151  transcriptional regulator, RpiR family  46.29 
 
 		 299 aa  219  3.9999999999999997e-56  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.15102  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2984  sugar isomerase (SIS)  46.26 
 
 		 319 aa  218  1e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2853  transcriptional regulator, RpiR family  45.67 
 
 		 316 aa  216  2.9999999999999998e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.543302 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1348  transcriptional regulator, RpiR family  43.99 
 
 		 307 aa  213  1.9999999999999998e-54  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.478547  normal  0.506779 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2045  putative transcriptional regulator, RpiR family  44.84 
 
 		 291 aa  202  7e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2753  transcriptional regulator, RpiR family  41.64 
 
 		 304 aa  200  3e-50  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  35.56 
 
 		 281 aa  192  4e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 284 aa  188  1e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  34.53 
 
 		 284 aa  187  2e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  34.53 
 
 		 284 aa  187  2e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 284 aa  183  3e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 284 aa  181  2e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 285 aa  175  8e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3036  RpiR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 293 aa  172  5e-42  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.627986 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  38.43 
 
 		 279 aa  169  7e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 289 aa  169  8e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 296 aa  166  2.9999999999999998e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 292 aa  158  8e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 284 aa  159  8e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 292 aa  158  9e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 292 aa  158  9e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  33.33 
 
 		 291 aa  157  3e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1162  RpiR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 270 aa  154  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1202  RpiR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.658823 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1222  RpiR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.514843 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  33.08 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1237  RpiR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.676137 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0521  RpiR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 283 aa  150  2e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.207231  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  30.4 
 
 		 292 aa  150  2e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  28.32 
 
 		 282 aa  149  4e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0770  transcriptional regulator, RpiR family  42.86 
 
 		 296 aa  148  1.0000000000000001e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000975666  hitchhiker  0.00454433 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  33.68 
 
 		 287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  31.54 
 
 		 274 aa  146  5e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1200  transcriptional regulator, RpiR family  34.23 
 
 		 304 aa  145  9e-34  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3998  transcriptional regulator, RpiR family  34.58 
 
 		 312 aa  144  2e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2083  RpiR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 285 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0788875 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1524  transcriptional regulator  30.14 
 
 		 282 aa  144  2e-33  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15700  DNA-binding transcriptional regulator HexR  37.11 
 
 		 288 aa  143  4e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3657  transcriptional regulator, RpiR family  31.84 
 
 		 285 aa  142  5e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2582  RpiR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 285 aa  142  6e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 278 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.25 
 
 		 289 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.37 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5515  transcriptional regulator, RpiR family  35.16 
 
 		 288 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1252  RpiR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 285 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.102619 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02030  transcriptional regulatory protein HexR  36.14 
 
 		 288 aa  141  1.9999999999999998e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  28.85 
 
 		 280 aa  140  3e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0969  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.75 
 
 		 284 aa  140  3e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4485  RpiR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 288 aa  140  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.84 
 
 		 290 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1234  transcriptional regulator, RpiR family  31.84 
 
 		 285 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2563  RpiR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 285 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.89 
 
 		 289 aa  139  4.999999999999999e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1528  transcriptional regulator, RpiR family  31.84 
 
 		 320 aa  139  4.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.84 
 
 		 290 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1970  RpiR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 299 aa  139  7e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.84 
 
 		 290 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 293 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  35.22 
 
 		 293 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5064  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  34.8 
 
 		 288 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3902  transcriptional regulator, RpiR family  30.04 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4555  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  30.04 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.84 
 
 		 290 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3937  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  30.04 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03961  DNA-binding transcriptional repressor  30.04 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5350  RpiR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 288 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5399  RpiR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 288 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0126961 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2799  transcriptional regulator, RpiR family  31.03 
 
 		 285 aa  137  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.576789  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  31.95 
 
 		 286 aa  137  2e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2713  RpiR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 285 aa  137  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5258  RpiR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 288 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658899 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03921  hypothetical protein  30.04 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1799  RpiR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 309 aa  137  2e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0151884  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1082  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.04 
 
 		 288 aa  137  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474941  unclonable  0.00000000000467577 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5127  RpiR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 288 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.334763 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02327  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.46 
 
 		 285 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02288  hypothetical protein  31.46 
 
 		 285 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  35.27 
 
 		 281 aa  136  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 273 aa  136  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3144  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.2 
 
 		 289 aa  136  4e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0232322 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2498  transcriptional regulator  29.64 
 
 		 282 aa  136  5e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  30 
 
 		 282 aa  135  7.000000000000001e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3272  RpiR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 289 aa  135  9.999999999999999e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.854433  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2822  RpiR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 290 aa  135  9.999999999999999e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3662  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.95 
 
 		 282 aa  135  9.999999999999999e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0731  RpiR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 287 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5642  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 288 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.118263 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>