202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5070 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_5070  NHL repeat containing protein  100 
 
 
417 aa  831    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2954  hypothetical protein  35.63 
 
 
681 aa  203  4e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.939397  normal  0.153013 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0624  L-sorbosone dehydrogenase  32.76 
 
 
460 aa  119  7.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4522  glucose sorbosone dehydrogenase  32.39 
 
 
423 aa  119  9e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2145  L-sorbosone dehydrogenase  30.63 
 
 
423 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0627  glucose sorbosone dehydrogenase  28.03 
 
 
411 aa  107  3e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.308519  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1002  NHL repeat-containing protein  30.85 
 
 
363 aa  107  4e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00465909 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3122  L-sorbosone dehydrogenase  28.81 
 
 
418 aa  106  6e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5288  PEBP family protein  29.25 
 
 
617 aa  106  9e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2660  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  26.98 
 
 
388 aa  105  2e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2980  oxidoreductase, putative  28.62 
 
 
398 aa  98.2  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2488  glucose sorbosone dehydrogenase  26.85 
 
 
410 aa  98.2  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.583653  normal  0.172855 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2748  putative L-sorbosone dehydrogenase  31.03 
 
 
437 aa  95.5  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.970962  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2827  L-sorbosone dehydrogenase  28.01 
 
 
430 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3613  L-sorbosone dehydrogenase  26.81 
 
 
430 aa  94  5e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3015  oxidoreductase, putative  30.25 
 
 
396 aa  93.6  6e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.754871  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2771  L-sorbosone dehydrogenase  30.87 
 
 
381 aa  93.2  7e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.069543  normal  0.0541194 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2684  hypothetical protein  26.3 
 
 
363 aa  92.4  1e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1787  L-sorbosone dehydrogenase  28.01 
 
 
430 aa  92.8  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.409847  hitchhiker  0.00688825 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3110  L-sorbosone dehydrogenase  26.51 
 
 
430 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1954  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  26.84 
 
 
433 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.051744  normal  0.930845 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3687  L-sorbosone dehydrogenase  27.71 
 
 
430 aa  90.9  4e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.816344  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2302  L-sorbosone dehydrogenase  28.01 
 
 
430 aa  90.9  4e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.586035 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2815  hypothetical protein  25.41 
 
 
363 aa  89.7  8e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0781  L-sorbosone dehydrogenase  28.48 
 
 
473 aa  89.7  9e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0944  glucose/sorbosone dehydrogenases-like protein  28.91 
 
 
379 aa  89.7  9e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0948  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  28.48 
 
 
379 aa  89.4  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.168955  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1904  L-sorbosone dehydrogenase  25.06 
 
 
437 aa  87.4  4e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.883513  normal  0.169794 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2048  L-sorbosone dehydrogenase, putative  27.39 
 
 
367 aa  87.4  4e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.228554  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0511  L-sorbosone dehydrogenase  28.99 
 
 
430 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0535  NHL repeat-containing protein  26.3 
 
 
642 aa  85.5  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000386483  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1065  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  27.05 
 
 
380 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2235  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  30.28 
 
 
379 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6140  L-sorbosone dehydrogenase  26.78 
 
 
457 aa  84.3  0.000000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.867476  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2541  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  28.76 
 
 
391 aa  83.6  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1406  L-sorbosone dehydrogenase  27.97 
 
 
448 aa  83.6  0.000000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.685553  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4182  glucose/sorbosone dehydrogenase-like  28.83 
 
 
379 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0889  L-sorbosone dehydrogenase, putative  26.67 
 
 
403 aa  82.8  0.00000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.167597 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1033  L-sorbosone dehydrogenase, putative  26.67 
 
 
403 aa  82.8  0.00000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.877554  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0589  glucose/sorbosone dehydrogenase-like  28.35 
 
 
379 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1027  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  27.82 
 
 
379 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1068  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  28.35 
 
 
379 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0310832  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1510  L-sorbosone dehydrogenase  27.07 
 
 
384 aa  82.4  0.00000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.147388  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0146  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  30 
 
 
438 aa  82  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.699108  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2978  putative membrane-bound dehydrogenase  29.1 
 
 
394 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0356498 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0415  NHL repeat-containing protein  27.85 
 
 
416 aa  80.1  0.00000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.96309  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0395  L-sorbosone dehydrogenase  28.39 
 
 
446 aa  80.1  0.00000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.409913 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2727  L-sorbosone dehydrogenase  29.3 
 
 
438 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2003  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  27.83 
 
 
436 aa  79  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.528812 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1726  L-sorbosone dehydrogenase, putative  27.04 
 
 
362 aa  78.2  0.0000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.856742 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47060  L-sorbosone dehydrogenase  28.98 
 
 
440 aa  78.2  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0421  glucose sorbosone dehydrogenase  28.53 
 
 
363 aa  78.6  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000245782  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0907  cytochrome c class I  26.68 
 
 
621 aa  78.2  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.144396  normal  0.433634 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3494  L-sorbosone dehydrogenase  29.78 
 
 
446 aa  77.8  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0961281  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2067  putative L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  28.85 
 
 
456 aa  77  0.0000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3234  NHL repeat containing protein  26.29 
 
 
446 aa  77  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0932  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  27.91 
 
 
357 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0678662 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3682  L-sorbosone dehydrogenase  26.58 
 
 
442 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.548979  hitchhiker  0.00612672 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1406  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  29.19 
 
 
587 aa  76.3  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.748943 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0697  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  29.56 
 
 
443 aa  75.9  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1005  putative membrane-bound dehydrogenase  29 
 
 
394 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.37654 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1979  NHL repeat-containing protein  26.69 
 
 
444 aa  75.1  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.902626  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1756  L-sorbosone dehydrogenase  31.06 
 
 
408 aa  75.1  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.78127  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0874  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  27.64 
 
 
357 aa  75.1  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.159521  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0257  putative glucose/sorbosone dehydrogenase; putative peptide signal  26.42 
 
 
446 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5447  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  28.75 
 
 
424 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1108  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  25.16 
 
 
371 aa  74.7  0.000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2856  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  24.8 
 
 
420 aa  74.3  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.656611  normal  0.0673289 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1723  L-sorbosone dehydrogenase  28.34 
 
 
435 aa  73.9  0.000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000227847 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0900  putative L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  25.55 
 
 
361 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2796  L-sorbosone dehydrogenase  26.71 
 
 
448 aa  74.3  0.000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0508  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  27.72 
 
 
371 aa  74.3  0.000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0760317  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0941  L-sorbosone dehydrogenase, putative  26.51 
 
 
361 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0785845  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1973  L-sorbosone dehydrogenase  26.24 
 
 
436 aa  73.9  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.208265  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0783  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  31.13 
 
 
466 aa  73.9  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.194417 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0504  L-sorbosone dehydrogenase  27.53 
 
 
434 aa  73.9  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.486528 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3024  L-sorbosone dehydrogenase  26.63 
 
 
448 aa  73.6  0.000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.091412  normal  0.367588 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5608  putative L-sorbosone dehydrogenase protein  26.89 
 
 
525 aa  73.6  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.759477  hitchhiker  0.00328711 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2920  L-sorbosone dehydrogenase  27.56 
 
 
448 aa  73.6  0.000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00641513  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0134  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  28.4 
 
 
427 aa  73.6  0.000000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.771117  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0143  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  28.4 
 
 
427 aa  73.6  0.000000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.689507  normal  0.832483 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0124  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  28.4 
 
 
427 aa  73.6  0.000000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0193  L-sorbosone dehydrogenase, putative  27.2 
 
 
379 aa  72.8  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.435435  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1660  L-sorbosone dehydrogenase, putative  25.97 
 
 
419 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2788  NHL repeat-containing protein  29.09 
 
 
349 aa  72.8  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0747  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  26.47 
 
 
377 aa  72.8  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3042  L-sorbosone dehydrogenase, putative  25 
 
 
391 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3645  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  28.31 
 
 
592 aa  70.9  0.00000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.683493  hitchhiker  0.00853617 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0737  L-sorbosone dehydrogenase  25.47 
 
 
454 aa  70.5  0.00000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.684537  normal  0.09388 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03080  L-sorbosone dehydrogenase  27.21 
 
 
445 aa  70.5  0.00000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1707  L-sorbosone dehydrogenase  25.63 
 
 
442 aa  70.5  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1639  L-sorbosone dehydrogenase  26.84 
 
 
437 aa  70.1  0.00000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0225177 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3490  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  25.06 
 
 
371 aa  69.7  0.00000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0291  cytochrome c, class I  26.04 
 
 
546 aa  69.7  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.85938 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1806  L-sorbosone dehydrogenase  24.46 
 
 
465 aa  69.3  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.780322  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3737  glucose/sorbosone dehydrogenase-like  31.63 
 
 
466 aa  68.9  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6326  putative L-sorbosone dehydrogenase  26.54 
 
 
436 aa  68.9  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4756  putative membrane-anchored oxidoreductase  26.09 
 
 
514 aa  69.7  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.931311  normal  0.0309571 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4119  L-sorbosone dehydrogenase  28.79 
 
 
448 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_47795  predicted protein  25.69 
 
 
523 aa  68.6  0.0000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>