More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3954 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_3478  glyoxylate carboligase  78.55 
 
 		 591 aa  949    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00457  glyoxylate carboligase  75.04 
 
 		 593 aa  929    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.50477  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3105  glyoxylate carboligase  75.04 
 
 		 593 aa  929    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4866  glyoxylate carboligase  68.73 
 
 		 579 aa  848    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.553307 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0244  glyoxylate carboligase  72.43 
 
 		 601 aa  878    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4297  glyoxylate carboligase  75.71 
 
 		 591 aa  941    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0458  glyoxylate carboligase  76.21 
 
 		 594 aa  950    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.258476  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3281  glyoxylate carboligase  77.68 
 
 		 591 aa  937    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.819791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3622  glyoxylate carboligase  75.88 
 
 		 591 aa  940    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0581  glyoxylate carboligase  75.21 
 
 		 593 aa  932    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1620  glyoxylate carboligase  79.36 
 
 		 591 aa  979    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.44538  normal  0.510397 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0625  glyoxylate carboligase  74.53 
 
 		 593 aa  926    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.610949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1787  glyoxylate carboligase  79.9 
 
 		 591 aa  990    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1396  glyoxylate carboligase  79.56 
 
 		 591 aa  988    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.136829  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2367  glyoxylate carboligase  76.96 
 
 		 591 aa  922    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.249792  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2312  glyoxylate carboligase  77.33 
 
 		 591 aa  958    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.276153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3291  glyoxylate carboligase  78.56 
 
 		 594 aa  973    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0544  glyoxylate carboligase  75.04 
 
 		 593 aa  929    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2424  glyoxylate carboligase  78.39 
 
 		 591 aa  969    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1598  glyoxylate carboligase  76.35 
 
 		 591 aa  956    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.035378  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3954  glyoxylate carboligase  100 
 
 		 597 aa  1236    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.416682  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1901  glyoxylate carboligase  79.73 
 
 		 591 aa  982    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000229041 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5178  glyoxylate carboligase  80.4 
 
 		 591 aa  991    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.191483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0608  glyoxylate carboligase  75.04 
 
 		 593 aa  929    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0564  glyoxylate carboligase  74.53 
 
 		 593 aa  927    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0441  glyoxylate carboligase  74.87 
 
 		 593 aa  927    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0206883  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1299  glyoxylate carboligase  78.56 
 
 		 591 aa  969    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2173  glyoxylate carboligase  79.56 
 
 		 591 aa  979    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.52322  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3862  glyoxylate carboligase  75.88 
 
 		 591 aa  939    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.985049  normal  0.531415 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4561  glyoxylate carboligase  78.96 
 
 		 598 aa  949    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.437986 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2460  glyoxylate carboligase  78.56 
 
 		 591 aa  973    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.583136  normal  0.435829 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3448  glyoxylate carboligase  78.19 
 
 		 596 aa  964    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2612  glyoxylate carboligase  75.89 
 
 		 592 aa  934    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1157  glyoxylate carboligase  74.49 
 
 		 594 aa  928    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6201  glyoxylate carboligase  79.9 
 
 		 591 aa  985    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0309842  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2299  glyoxylate carboligase  78.39 
 
 		 591 aa  969    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.408845  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4308  glyoxylate carboligase  79.06 
 
 		 594 aa  967    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0403052 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3115  glyoxylate carboligase  75.04 
 
 		 593 aa  929    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.252845 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0571  glyoxylate carboligase  74.53 
 
 		 593 aa  927    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3087  glyoxylate carboligase  76.05 
 
 		 591 aa  949    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1815  glyoxylate carboligase  80.07 
 
 		 591 aa  991    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45000  glyoxylate carboligase  76.38 
 
 		 591 aa  942    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.568226  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3151  glyoxylate carboligase  77.84 
 
 		 595 aa  941    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08150  glyoxylate carboligase  67.51 
 
 		 603 aa  823    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3691  glyoxylate carboligase  70.66 
 
 		 592 aa  882    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1878  glyoxylate carboligase  79.9 
 
 		 591 aa  985    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.232165  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00462  hypothetical protein  75.04 
 
 		 593 aa  929    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.711449  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2117  glyoxylate carboligase  79.3 
 
 		 596 aa  988    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226819 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0550  glyoxylate carboligase  74.36 
 
 		 593 aa  922    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1135  glyoxylate carboligase  78.96 
 
 		 596 aa  947    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43400  glyoxylate carboligase  76.98 
 
 		 567 aa  844    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0566  glyoxylate carboligase  74.53 
 
 		 593 aa  926    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3438  glyoxylate carboligase  69.48 
 
 		 596 aa  871    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3829  glyoxylate carboligase  76.38 
 
 		 591 aa  942    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1782  glyoxylate carboligase  78.89 
 
 		 591 aa  977    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.538882  normal  0.818313 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2769  glyoxylate carboligase  76.21 
 
 		 591 aa  945    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  0.278101 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1572  glyoxylate carboligase  75.71 
 
 		 591 aa  941    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0611133  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2259  glyoxylate carboligase  78.22 
 
 		 591 aa  969    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.712116  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2853  glyoxylate carboligase  51.68 
 
 		 583 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0172907  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3455  glyoxylate carboligase  50.17 
 
 		 577 aa  598  1e-169  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.13774  normal  0.152002 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2548  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain-containing protein  51.45 
 
 		 570 aa  582  1.0000000000000001e-165  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.271153  normal  0.122041 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0723  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  50 
 
 		 571 aa  560  1e-158  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4728  glyoxylate carboligase  50 
 
 		 572 aa  557  1e-157  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1175  Acetolactate synthase  34.29 
 
 		 591 aa  355  1e-96  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.112778  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1187  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  35.51 
 
 		 557 aa  348  2e-94  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0019  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  33.93 
 
 		 554 aa  345  1e-93  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0594  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  37.52 
 
 		 557 aa  345  2e-93  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000784156  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0105  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  34.35 
 
 		 568 aa  343  4e-93  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.180923  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0590  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  34.81 
 
 		 553 aa  343  5.999999999999999e-93  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000684717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0218  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  34.11 
 
 		 588 aa  343  7e-93  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0158938 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1443  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  34.94 
 
 		 559 aa  342  2e-92  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0306105  hitchhiker  0.00417959 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4449  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  35.52 
 
 		 570 aa  341  2e-92  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.49289  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1592  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  32.55 
 
 		 569 aa  340  4e-92  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1335  acetolactate synthase 1 catalytic subunit  35.68 
 
 		 611 aa  339  9.999999999999999e-92  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.558483  normal  0.552773 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0710  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  34.3 
 
 		 563 aa  338  1.9999999999999998e-91  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2122  acetolactate synthase 1 catalytic subunit  35.34 
 
 		 625 aa  337  2.9999999999999997e-91  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.522117  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1547  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  35.65 
 
 		 569 aa  336  5.999999999999999e-91  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.272513  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0284  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  35.49 
 
 		 555 aa  336  5.999999999999999e-91  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0223  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  35.5 
 
 		 552 aa  335  2e-90  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.387939  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13018  acetolactate synthase 1 catalytic subunit  34.31 
 
 		 618 aa  335  2e-90  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0170383  normal  0.298126 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2596  acetolactate synthase catalytic subunit  35.8 
 
 		 577 aa  334  3e-90  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0855  acetolactate synthase catalytic subunit  34.07 
 
 		 578 aa  333  4e-90  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1123  acetolactate synthase 1 catalytic subunit  34.98 
 
 		 629 aa  332  1e-89  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.425518  hitchhiker  0.000150974 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3401  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  32.69 
 
 		 575 aa  332  1e-89  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3430  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  33.15 
 
 		 574 aa  332  1e-89  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.646845  normal  0.0217288 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2932  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  32.69 
 
 		 593 aa  332  1e-89  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3531  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  32.69 
 
 		 575 aa  332  1e-89  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1070  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  35.5 
 
 		 558 aa  332  1e-89  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0531725  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08870  acetolactate synthase 1 catalytic subunit  34.37 
 
 		 620 aa  331  2e-89  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2503  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  33.69 
 
 		 566 aa  330  3e-89  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000132944  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0605  acetolactate synthase, large subunit  33.8 
 
 		 567 aa  330  5.0000000000000004e-89  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.102703 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0544  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  34.09 
 
 		 602 aa  328  1.0000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2279  acetolactate synthase 1 catalytic subunit  35.64 
 
 		 635 aa  328  1.0000000000000001e-88  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000048825 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0139  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  34.94 
 
 		 612 aa  329  1.0000000000000001e-88  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1233  acetolactate synthase 1 catalytic subunit  34.41 
 
 		 627 aa  329  1.0000000000000001e-88  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.506  normal  0.463621 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2843  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  33.39 
 
 		 587 aa  328  2.0000000000000001e-88  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.882306 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2864  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  33.83 
 
 		 659 aa  328  2.0000000000000001e-88  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.887934  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3230  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  34.3 
 
 		 644 aa  327  3e-88  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0611  acetolactate synthase 1 catalytic subunit  34.7 
 
 		 589 aa  327  4.0000000000000003e-88  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.175913  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2420  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  34.39 
 
 		 586 aa  327  4.0000000000000003e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.438184  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>