More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3862 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00457  glyoxylate carboligase  74.58 
 
 		 593 aa  939    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.50477  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3105  glyoxylate carboligase  74.58 
 
 		 593 aa  939    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3954  glyoxylate carboligase  75.88 
 
 		 597 aa  939    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.416682  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4297  glyoxylate carboligase  98.48 
 
 		 591 aa  1203    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3478  glyoxylate carboligase  76.04 
 
 		 591 aa  924    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3281  glyoxylate carboligase  75.78 
 
 		 591 aa  912    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.819791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0581  glyoxylate carboligase  74.24 
 
 		 593 aa  935    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1572  glyoxylate carboligase  98.82 
 
 		 591 aa  1208    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0611133  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3115  glyoxylate carboligase  74.58 
 
 		 593 aa  939    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.252845 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2259  glyoxylate carboligase  79.36 
 
 		 591 aa  988    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.712116  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1782  glyoxylate carboligase  79.36 
 
 		 591 aa  996    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.538882  normal  0.818313 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3151  glyoxylate carboligase  76.03 
 
 		 595 aa  918    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0625  glyoxylate carboligase  73.73 
 
 		 593 aa  936    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.610949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2299  glyoxylate carboligase  79.53 
 
 		 591 aa  989    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.408845  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3829  glyoxylate carboligase  85.28 
 
 		 591 aa  1065    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1901  glyoxylate carboligase  79.53 
 
 		 591 aa  992    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000229041 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43400  glyoxylate carboligase  84.53 
 
 		 567 aa  950    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2312  glyoxylate carboligase  86.97 
 
 		 591 aa  1076    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.276153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3291  glyoxylate carboligase  75.64 
 
 		 594 aa  933    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3438  glyoxylate carboligase  72.05 
 
 		 596 aa  895    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2424  glyoxylate carboligase  79.53 
 
 		 591 aa  989    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1598  glyoxylate carboligase  89.85 
 
 		 591 aa  1116    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.035378  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1157  glyoxylate carboligase  73.06 
 
 		 594 aa  918    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5178  glyoxylate carboligase  79.53 
 
 		 591 aa  995    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.191483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2367  glyoxylate carboligase  74.65 
 
 		 591 aa  888    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.249792  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4866  glyoxylate carboligase  71.35 
 
 		 579 aa  887    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.553307 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2769  glyoxylate carboligase  87.14 
 
 		 591 aa  1081    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  0.278101 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0550  glyoxylate carboligase  74.24 
 
 		 593 aa  934    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1787  glyoxylate carboligase  78.51 
 
 		 591 aa  985    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2173  glyoxylate carboligase  80.37 
 
 		 591 aa  995    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.52322  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1396  glyoxylate carboligase  79.02 
 
 		 591 aa  993    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.136829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4561  glyoxylate carboligase  75.79 
 
 		 598 aa  906    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.437986 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2460  glyoxylate carboligase  78.68 
 
 		 591 aa  988    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.583136  normal  0.435829 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1135  glyoxylate carboligase  75.35 
 
 		 596 aa  901    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3448  glyoxylate carboligase  74.83 
 
 		 596 aa  921    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2612  glyoxylate carboligase  75.51 
 
 		 592 aa  946    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0544  glyoxylate carboligase  74.41 
 
 		 593 aa  938    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6201  glyoxylate carboligase  79.7 
 
 		 591 aa  996    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0309842  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0566  glyoxylate carboligase  73.73 
 
 		 593 aa  935    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0608  glyoxylate carboligase  74.58 
 
 		 593 aa  939    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0564  glyoxylate carboligase  73.73 
 
 		 593 aa  936    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1620  glyoxylate carboligase  78.85 
 
 		 591 aa  992    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.44538  normal  0.510397 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1815  glyoxylate carboligase  78.68 
 
 		 591 aa  987    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45000  glyoxylate carboligase  85.28 
 
 		 591 aa  1065    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.568226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3691  glyoxylate carboligase  73.59 
 
 		 592 aa  912    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1878  glyoxylate carboligase  79.7 
 
 		 591 aa  996    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.232165  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0441  glyoxylate carboligase  74.58 
 
 		 593 aa  938    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0206883  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0244  glyoxylate carboligase  74.21 
 
 		 601 aa  895    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0571  glyoxylate carboligase  73.73 
 
 		 593 aa  936    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00462  hypothetical protein  74.58 
 
 		 593 aa  939    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.711449  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3862  glyoxylate carboligase  100 
 
 		 591 aa  1217    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.985049  normal  0.531415 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08150  glyoxylate carboligase  70.7 
 
 		 603 aa  869    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4308  glyoxylate carboligase  76.52 
 
 		 594 aa  945    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0403052 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2117  glyoxylate carboligase  77.35 
 
 		 596 aa  958    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226819 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0458  glyoxylate carboligase  74.16 
 
 		 594 aa  926    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.258476  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1299  glyoxylate carboligase  80.71 
 
 		 591 aa  1000    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3087  glyoxylate carboligase  75.13 
 
 		 591 aa  933    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3622  glyoxylate carboligase  98.14 
 
 		 591 aa  1201    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2548  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain-containing protein  53 
 
 		 570 aa  596  1e-169  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.271153  normal  0.122041 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2853  glyoxylate carboligase  53.12 
 
 		 583 aa  597  1e-169  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0172907  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0723  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  52.94 
 
 		 571 aa  588  1e-167  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3455  glyoxylate carboligase  50.35 
 
 		 577 aa  588  1e-166  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.13774  normal  0.152002 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4728  glyoxylate carboligase  51.03 
 
 		 572 aa  563  1.0000000000000001e-159  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1175  Acetolactate synthase  35.7 
 
 		 591 aa  355  1e-96  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.112778  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1592  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  34.68 
 
 		 569 aa  345  1e-93  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0105  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  35.64 
 
 		 568 aa  338  1.9999999999999998e-91  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.180923  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0019  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  33.87 
 
 		 554 aa  336  7e-91  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0710  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  35.21 
 
 		 563 aa  334  3e-90  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1187  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  34.58 
 
 		 557 aa  333  5e-90  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0590  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  35.51 
 
 		 553 aa  332  1e-89  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000684717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3401  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  34.16 
 
 		 575 aa  331  2e-89  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0218  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  35.56 
 
 		 588 aa  331  2e-89  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0158938 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3531  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  34.16 
 
 		 575 aa  331  2e-89  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0748  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  35.22 
 
 		 572 aa  331  2e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.651563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1443  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  36.33 
 
 		 559 aa  330  3e-89  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0306105  hitchhiker  0.00417959 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4449  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  35.58 
 
 		 570 aa  331  3e-89  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.49289  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2932  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  34.16 
 
 		 593 aa  331  3e-89  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1547  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  36.77 
 
 		 569 aa  328  2.0000000000000001e-88  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.272513  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0223  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  35.5 
 
 		 552 aa  327  3e-88  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.387939  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2864  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  36.25 
 
 		 659 aa  327  4.0000000000000003e-88  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.887934  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2503  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  33.86 
 
 		 566 aa  327  5e-88  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000132944  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0544  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  35.74 
 
 		 602 aa  326  6e-88  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1911  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  34 
 
 		 573 aa  326  7e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.274178  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0372  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  35.51 
 
 		 581 aa  325  1e-87  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2122  acetolactate synthase 1 catalytic subunit  35.46 
 
 		 625 aa  325  1e-87  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.522117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0605  acetolactate synthase, large subunit  35.35 
 
 		 567 aa  325  1e-87  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.102703 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1911  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  34.51 
 
 		 566 aa  325  2e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.500204  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0389  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  34.98 
 
 		 581 aa  325  2e-87  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.143896  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0231  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  33.51 
 
 		 582 aa  325  2e-87  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000329619  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3430  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  33.94 
 
 		 574 aa  324  2e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.646845  normal  0.0217288 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3230  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  36.23 
 
 		 644 aa  324  2e-87  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1557  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  37.06 
 
 		 581 aa  323  4e-87  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0498  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  33.87 
 
 		 566 aa  324  4e-87  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1070  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  36.88 
 
 		 558 aa  323  5e-87  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0531725  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4239  acetolactate synthase 1 catalytic subunit  35.64 
 
 		 620 aa  323  6e-87  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.469976  normal  0.302024 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1968  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  36.88 
 
 		 581 aa  323  7e-87  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.697399  normal  0.245648 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1495  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  35.04 
 
 		 566 aa  323  7e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.433241 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1906  acetolactate synthase 1 catalytic subunit  35.42 
 
 		 619 aa  323  8e-87  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.365234  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1886  acetolactate synthase 1 catalytic subunit  35.42 
 
 		 619 aa  323  8e-87  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0490387  normal  0.105007 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1952  acetolactate synthase 1 catalytic subunit  35.42 
 
 		 619 aa  323  8e-87  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.338885  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>