More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1808 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1808  TonB-dependent siderophore receptor  100 
 
 		 739 aa  1511    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.433802  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3047  TonB-dependent siderophore receptor  47.63 
 
 		 737 aa  634  1e-180  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3085  TonB-dependent siderophore receptor  46.96 
 
 		 767 aa  620  1e-176  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.432475  normal  0.216415 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2558  TonB-dependent siderophore receptor  46.7 
 
 		 760 aa  614  9.999999999999999e-175  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.897783  normal  0.0361628 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1569  TonB-dependent receptor  45.88 
 
 		 767 aa  588  1e-166  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.428413 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3526  TonB-dependent siderophore receptor  32.46 
 
 		 722 aa  343  5.999999999999999e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5373  TonB-dependent siderophore receptor  33.33 
 
 		 745 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.834495  normal  0.604125 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1055  TonB-dependent siderophore receptor  31.93 
 
 		 720 aa  325  1e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7101  TonB-dependent siderophore receptor  33.43 
 
 		 732 aa  321  3e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0218  TonB-dependent siderophore receptor  33.01 
 
 		 732 aa  318  2e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3802  TonB-dependent siderophore receptor  32.11 
 
 		 742 aa  303  5.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.799699  normal  0.136718 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3915  TonB-dependent siderophore receptor  32.11 
 
 		 742 aa  303  5.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2876  TonB-dependent siderophore receptor  31.96 
 
 		 751 aa  302  2e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3574  TonB-dependent siderophore receptor  33.2 
 
 		 734 aa  300  5e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.647008 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3077  TonB-dependent siderophore receptor  31.17 
 
 		 753 aa  292  1e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5005  TonB-dependent siderophore receptor  32.83 
 
 		 736 aa  288  2.9999999999999996e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4480  TonB-dependent siderophore receptor  32.97 
 
 		 734 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.938344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1523  TonB-dependent siderophore receptor  31.39 
 
 		 727 aa  266  8e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.249023  normal  0.758259 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2303  TonB-dependent siderophore receptor  30.2 
 
 		 710 aa  265  2e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.470584  normal  0.447365 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3612  TonB-dependent siderophore receptor  30.2 
 
 		 770 aa  265  3e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.565753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3109  TonB-dependent siderophore receptor  30.2 
 
 		 710 aa  264  4e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3980  TonB-dependent siderophore receptor  29.81 
 
 		 719 aa  258  2e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.348977  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0805  TonB-dependent siderophore receptor  29.91 
 
 		 731 aa  254  5.000000000000001e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0798  TonB-dependent siderophore receptor  29.71 
 
 		 773 aa  248  3e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.302135 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4659  TonB-dependent siderophore receptor  30.49 
 
 		 747 aa  247  4e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0904  TonB-dependent siderophore receptor  30.47 
 
 		 768 aa  247  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0551593 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0861  TonB-dependent siderophore receptor  30.33 
 
 		 780 aa  246  8e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0891  TonB-dependent siderophore receptor  30.55 
 
 		 763 aa  245  3e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.31218 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2813  molybdate ABC transporter permease  30.49 
 
 		 743 aa  243  1e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000103561  decreased coverage  0.000000463153 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4317  TonB-dependent siderophore receptor  29.78 
 
 		 760 aa  243  1e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00531839 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12430  TonB-dependent siderophore receptor  28.39 
 
 		 753 aa  241  2.9999999999999997e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.396509  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2878  TonB-dependent siderophore receptor  29.68 
 
 		 707 aa  239  1e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1987  TonB-dependent siderophore receptor  28.17 
 
 		 769 aa  239  1e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3297  TonB-dependent siderophore receptor  29.57 
 
 		 733 aa  236  9e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5058  TonB-dependent siderophore receptor  29.11 
 
 		 715 aa  235  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00424318  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2953  TonB-dependent siderophore receptor  29.56 
 
 		 792 aa  234  3e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3225  TonB-dependent siderophore receptor  28.92 
 
 		 803 aa  234  3e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0588544 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4068  putative TonB-dependent receptor  28.74 
 
 		 733 aa  234  5e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3203  TonB-dependent siderophore receptor  29.68 
 
 		 694 aa  233  7.000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0108  TonB-dependent siderophore receptor  28.34 
 
 		 759 aa  233  7.000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0101  TonB-dependent siderophore receptor  28.19 
 
 		 759 aa  233  9e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47140  putative TonB-dependent receptor  28.67 
 
 		 732 aa  232  2e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58570  putative outer membrane ferric siderophore receptor  28 
 
 		 753 aa  231  3e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.21459  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4376  TonB-dependent siderophore receptor  28.69 
 
 		 706 aa  226  2e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0886158 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3638  TonB-dependent siderophore receptor  29.23 
 
 		 821 aa  226  2e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4266  TonB-dependent siderophore receptor  28.69 
 
 		 706 aa  226  2e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.569556  normal  0.280378 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0802  TonB-dependent siderophore receptor  28.46 
 
 		 764 aa  225  3e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0894  TonB-dependent siderophore receptor  28.43 
 
 		 747 aa  223  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744699  normal  0.840328 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3724  TonB-dependent receptor for iron transport  28.16 
 
 		 765 aa  222  1.9999999999999999e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5128  TonB-dependent receptor  28.08 
 
 		 766 aa  221  5e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.497755  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4617  TonB-dependent siderophore receptor  26.89 
 
 		 741 aa  218  2.9999999999999998e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2318  TonB-dependent siderophore receptor  27.84 
 
 		 724 aa  218  4e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000356836  hitchhiker  0.000261806 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2944  TonB-dependent siderophore receptor  29.93 
 
 		 733 aa  218  5e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2859  TonB-dependent siderophore receptor  28.67 
 
 		 733 aa  215  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.335633 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0238  TonB-dependent siderophore receptor  28.24 
 
 		 777 aa  213  1e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0584339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0723  TonB-dependent siderophore receptor  26.77 
 
 		 740 aa  210  6e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0469238  normal  0.27958 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2996  TonB-dependent siderophore receptor  28.39 
 
 		 733 aa  210  8e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.18602  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02469  ferrisiderophore receptor protein  28.73 
 
 		 695 aa  209  1e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1948  TonB-dependent receptor plug  27.83 
 
 		 815 aa  208  2e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1637  catecholate siderophore receptor Fiu  27.05 
 
 		 763 aa  208  3e-52  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.824429  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1173  TonB-dependent siderophore receptor  28.61 
 
 		 741 aa  208  4e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1688  TonB-dependent receptor  27.74 
 
 		 748 aa  207  4e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3465  TonB-dependent siderophore receptor  28.51 
 
 		 757 aa  207  5e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0576  catecholate siderophore receptor Fiu  29.15 
 
 		 754 aa  206  2e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.0000714833  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4056  TonB-dependent siderophore receptor  28.51 
 
 		 709 aa  206  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1260  TonB-dependent siderophore receptor  26.82 
 
 		 755 aa  204  6e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1708  catecholate siderophore receptor Fiu  26.78 
 
 		 779 aa  204  6e-51  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0794  TonB-dependent siderophore receptor  27.15 
 
 		 749 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.038915  normal  0.895019 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0992  TonB-dependent siderophore receptor  26.45 
 
 		 762 aa  202  1.9999999999999998e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.221466  normal  0.249222 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4373  TonB-dependent siderophore receptor  26.09 
 
 		 751 aa  201  3.9999999999999996e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2053  TonB-dependent siderophore receptor  28.02 
 
 		 719 aa  201  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2837  TonB-dependent siderophore receptor  26.49 
 
 		 760 aa  200  7.999999999999999e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2838  catecholate siderophore receptor Fiu  26.49 
 
 		 760 aa  200  7.999999999999999e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.167931 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0860  catecholate siderophore receptor Fiu  26.49 
 
 		 760 aa  200  7.999999999999999e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4025  TonB-dependent siderophore receptor  26.43 
 
 		 826 aa  199  1.0000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0283  TonB-dependent siderophore receptor  27.46 
 
 		 689 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0293  TonB-dependent siderophore receptor  27.96 
 
 		 698 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2044  TonB-dependent receptor  27.11 
 
 		 776 aa  199  2.0000000000000003e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0954  catecholate siderophore receptor Fiu  26.35 
 
 		 760 aa  199  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.691601  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00772  predicted iron outer membrane transporter  26.35 
 
 		 760 aa  198  3e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00789  hypothetical protein  26.35 
 
 		 760 aa  198  3e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0837  TonB-dependent siderophore receptor  27.55 
 
 		 759 aa  198  4.0000000000000005e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.213171  normal  0.109269 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0376  TonB-dependent siderophore receptor  27.99 
 
 		 769 aa  197  5.000000000000001e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0873  catecholate siderophore receptor Fiu  26.35 
 
 		 760 aa  197  5.000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0293  TonB-dependent siderophore receptor  27.71 
 
 		 700 aa  196  1e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.810589 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0829  catecholate siderophore receptor Fiu  26.2 
 
 		 760 aa  195  2e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0267  TonB-dependent siderophore receptor  27.93 
 
 		 689 aa  194  6e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0216741 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2282  TonB-dependent siderophore receptor  28.08 
 
 		 724 aa  192  2e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.217728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2091  TonB-dependent siderophore receptor  28.74 
 
 		 735 aa  192  2e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.761777  normal  0.724468 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7102  TonB-dependent siderophore receptor  28.48 
 
 		 790 aa  191  5e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12330  TonB-dependent siderophore receptor  26.58 
 
 		 769 aa  189  1e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1961  TonB-dependent siderophore receptor  27.98 
 
 		 705 aa  189  2e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.353089 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3292  TonB-dependent siderophore receptor  26.96 
 
 		 771 aa  188  4e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1078  TonB-dependent receptor  27.31 
 
 		 748 aa  185  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2005  TonB-dependent siderophore receptor  27.9 
 
 		 724 aa  185  3e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.22147  normal  0.931942 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2662  TonB system receptor  26.36 
 
 		 680 aa  179  2e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0618091  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5758  TonB-dependent siderophore receptor  25.96 
 
 		 815 aa  178  3e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3280  TonB-dependent siderophore receptor  26.13 
 
 		 707 aa  175  2.9999999999999996e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0713327  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4026  TonB-dependent siderophore receptor  26.52 
 
 		 755 aa  171  5e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.865466  normal  0.196913 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0569  TonB-dependent siderophore receptor  25.78 
 
 		 724 aa  170  8e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.931435 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>