More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3231 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3231  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 		 824 aa  1660    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.399337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3279  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.84 
 
 		 834 aa  446  1.0000000000000001e-124  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1028  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.63 
 
 		 870 aa  248  4.9999999999999997e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.636365 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4190  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.78 
 
 		 842 aa  244  3.9999999999999997e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4031  sensory box histidine kinase/response regulator  30.47 
 
 		 851 aa  244  6e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4095  sensory box histidine kinase/response regulator  26.89 
 
 		 851 aa  244  6e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0124  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.47 
 
 		 851 aa  244  7e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0171  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.15 
 
 		 740 aa  211  4e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2805  sensor histidine kinase/response regulator fused protein, ATPase domain  25.86 
 
 		 836 aa  210  9e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.130199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0517  histidine kinase  32.35 
 
 		 726 aa  207  6e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.978002  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0096  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.55 
 
 		 741 aa  206  2e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.770159  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6778  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.29 
 
 		 905 aa  205  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.433337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1764  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.78 
 
 		 701 aa  205  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.113615 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.92 
 
 		 1036 aa  204  6e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6058  histidine kinase  28.61 
 
 		 697 aa  198  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  34.15 
 
 		 695 aa  198  3e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.34 
 
 		 1165 aa  198  3e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  36.51 
 
 		 847 aa  197  6e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  36.21 
 
 		 695 aa  197  9e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3584  sensory box histidine kinase/response regulator  32.15 
 
 		 646 aa  196  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5603  hypothetical protein  34.22 
 
 		 756 aa  196  2e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  34.76 
 
 		 646 aa  194  5e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.51 
 
 		 732 aa  193  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.598305 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1968  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  31.24 
 
 		 933 aa  193  1e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.24 
 
 		 889 aa  192  1e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.38 
 
 		 966 aa  192  2e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1681  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.83 
 
 		 926 aa  192  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.21 
 
 		 686 aa  192  2e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2155  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.83 
 
 		 753 aa  190  9e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0225  PAS  33.25 
 
 		 673 aa  189  1e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  32.64 
 
 		 1036 aa  189  2e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.21 
 
 		 1050 aa  189  2e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0024  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.06 
 
 		 734 aa  189  3e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2148  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.46 
 
 		 655 aa  187  6e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.440522  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.81 
 
 		 632 aa  187  8e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.177294  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.92 
 
 		 916 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.81 
 
 		 1092 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.61 
 
 		 743 aa  186  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3795  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.24 
 
 		 807 aa  187  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.750808 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.26 
 
 		 1022 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3277  ATP-binding region, ATPase-like  32.2 
 
 		 812 aa  186  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438196  hitchhiker  0.00707292 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.54 
 
 		 999 aa  186  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.82 
 
 		 1651 aa  185  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.53 
 
 		 1086 aa  184  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3017  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.8 
 
 		 864 aa  184  4.0000000000000006e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.7 
 
 		 689 aa  184  6e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.08 
 
 		 1646 aa  184  6e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.99 
 
 		 922 aa  184  7e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  34.63 
 
 		 1086 aa  184  7e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.78 
 
 		 1215 aa  184  8.000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.69 
 
 		 789 aa  184  8.000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.69 
 
 		 789 aa  184  8.000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5329  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.29 
 
 		 936 aa  184  8.000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180092  normal  0.501472 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.01 
 
 		 830 aa  183  9.000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.28 
 
 		 858 aa  183  9.000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.59 
 
 		 977 aa  183  1e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.39 
 
 		 1381 aa  183  1e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0290  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.86 
 
 		 758 aa  183  1e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.312795 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6214  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.4 
 
 		 772 aa  182  2e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.459564 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.57 
 
 		 1631 aa  182  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2377  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.83 
 
 		 688 aa  182  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1684  histidine kinase  35.6 
 
 		 701 aa  182  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.19 
 
 		 812 aa  182  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6615  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.25 
 
 		 660 aa  182  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0224174  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.76 
 
 		 1095 aa  182  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2068  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.91 
 
 		 752 aa  181  4e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000882027 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.16 
 
 		 789 aa  181  4e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4524  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.9 
 
 		 589 aa  181  4e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5205  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.16 
 
 		 727 aa  181  4.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.53 
 
 		 998 aa  181  4.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3125  putative sensor/response regulator hybrid  31.5 
 
 		 650 aa  181  4.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.70953  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.66 
 
 		 589 aa  181  7e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.153925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1329  PAS sensor protein  30.92 
 
 		 1164 aa  181  7e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.488954 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.2 
 
 		 703 aa  180  9e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1131  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.42 
 
 		 826 aa  180  9e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.120114  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3362  PAS sensor protein  35.65 
 
 		 678 aa  180  9e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  35.98 
 
 		 1092 aa  180  9e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.98 
 
 		 1103 aa  180  1e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.22 
 
 		 814 aa  180  1e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  33.52 
 
 		 956 aa  179  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1530  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.72 
 
 		 1164 aa  179  2e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1872  sensor histidine kinase  28.83 
 
 		 936 aa  179  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.291512  normal  0.670925 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3549  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.46 
 
 		 702 aa  179  2e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  34.27 
 
 		 692 aa  179  2e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.89 
 
 		 1225 aa  179  2e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.49 
 
 		 695 aa  179  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0752  ATPase domain-containing protein  34.08 
 
 		 537 aa  179  2e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.91 
 
 		 887 aa  179  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.111175 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.64 
 
 		 810 aa  179  2e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1201  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.11 
 
 		 548 aa  178  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.642458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.42 
 
 		 807 aa  178  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  36.47 
 
 		 939 aa  178  4e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  31.63 
 
 		 1225 aa  178  4e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2357  histidine kinase  33.05 
 
 		 533 aa  178  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0826278 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2189  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.43 
 
 		 628 aa  177  5e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0671838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  34.29 
 
 		 1065 aa  177  5e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3375  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.67 
 
 		 714 aa  177  5e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  33.52 
 
 		 827 aa  177  7e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.93 
 
 		 589 aa  177  8e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5111  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.93 
 
 		 589 aa  177  8e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>