96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2408 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2408  polysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 		 471 aa  951    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0847  polysaccharide biosynthesis protein  47.24 
 
 		 457 aa  355  1e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.875823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2653  polysaccharide biosynthesis protein  35.48 
 
 		 448 aa  265  2e-69  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0424985 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2965  polysaccharide biosynthesis protein  39.4 
 
 		 500 aa  249  7e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2873  polysaccharide biosynthesis protein  39.4 
 
 		 500 aa  241  2.9999999999999997e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.354363  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2913  polysaccharide biosynthesis protein  33.33 
 
 		 458 aa  181  4e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.953336 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3132  polysaccharide biosynthesis protein  35.68 
 
 		 458 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.415164  normal  0.282947 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2583  polysaccharide biosynthesis protein  35.95 
 
 		 458 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2723  polysaccharide biosynthesis protein  34.74 
 
 		 458 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.180264  normal  0.985794 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4254  polysaccharide biosynthesis protein  30.67 
 
 		 465 aa  163  7e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.16434 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0998  hypothetical protein  30.66 
 
 		 455 aa  162  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.238749  normal  0.880315 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2377  polysaccharide biosynthesis protein  28.83 
 
 		 446 aa  99  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.992066 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0691  polysaccharide biosynthesis protein  29.39 
 
 		 502 aa  98.2  3e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0959  polysaccharide biosynthesis protein  25.06 
 
 		 507 aa  84  0.000000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.463936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2967  polysaccharide biosynthesis protein  24.49 
 
 		 500 aa  82  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3128  polysaccharide biosynthesis protein  23.49 
 
 		 493 aa  79  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1055  hypothetical protein  25.5 
 
 		 508 aa  74.7  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3400  polysaccharide biosynthesis protein  23.21 
 
 		 493 aa  73.9  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.46143  normal  0.138199 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1890  polysaccharide biosynthesis protein  26.63 
 
 		 507 aa  73.2  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.673288  normal  0.907682 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3216  polysaccharide biosynthesis protein  24.81 
 
 		 500 aa  72.8  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0839  polysaccharide biosynthesis protein  22.6 
 
 		 423 aa  72  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.305723  normal  0.0285529 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3770  polysaccharide biosynthesis protein  22.04 
 
 		 497 aa  70.9  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700837  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0846  polysaccharide biosynthesis protein  22.84 
 
 		 421 aa  70.1  0.00000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.556284  hitchhiker  0.00594876 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1963  colanic acid exporter  22.66 
 
 		 493 aa  69.7  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4201  polysaccharide biosynthesis protein  22.81 
 
 		 487 aa  69.7  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.964317 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1209  polysaccharide biosynthesis protein  23.85 
 
 		 492 aa  68.9  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4129  polysaccharide biosynthesis protein  21.11 
 
 		 477 aa  68.6  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2377  polysaccharide biosynthesis protein  25 
 
 		 486 aa  68.9  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.319736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4527  polysaccharide biosynthesis protein  25.72 
 
 		 514 aa  67.4  0.0000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0212681  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3930  polysaccharide biosynthesis protein  23.68 
 
 		 480 aa  66.2  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1118  polysaccharide biosynthesis protein  25.5 
 
 		 484 aa  66.6  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02594  possible polysaccharide export protein  25.59 
 
 		 493 aa  64.7  0.000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1746  polysaccharide biosynthesis protein  25.65 
 
 		 509 aa  64.3  0.000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3839  polysaccharide biosynthesis protein  21.39 
 
 		 507 aa  64.3  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.133481 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0742  polysaccharide biosynthesis protein  28.23 
 
 		 575 aa  64.3  0.000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0990051  hitchhiker  0.00811883 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2620  polysaccharide biosynthesis protein  24.93 
 
 		 503 aa  63.2  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.509429  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3244  polysaccharide biosynthesis protein  23.84 
 
 		 487 aa  62  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3325  capsular polysaccharide synthesis protein  23.92 
 
 		 501 aa  61.2  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0402719  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3101  polysaccharide biosynthesis protein  23.6 
 
 		 489 aa  60.8  0.00000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0405344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1591  polysaccharide biosynthesis protein  24.05 
 
 		 479 aa  60.5  0.00000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.267568  normal  0.0585541 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3234  hypothetical protein  25.95 
 
 		 501 aa  60.1  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.851144 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1475  polysaccharide biosynthesis protein  27.24 
 
 		 510 aa  59.7  0.0000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.005815  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1570  polysaccharide biosynthesis protein  25.93 
 
 		 497 aa  58.5  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.482446 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0174  colanic acid exporter  21.05 
 
 		 483 aa  58.5  0.0000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  0.572056 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1531  GumJ protein  26.62 
 
 		 510 aa  58.9  0.0000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.107996  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1190  polysaccharide biosynthesis protein  26.62 
 
 		 490 aa  58.5  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0755  polysaccharide biosynthesis protein  24.62 
 
 		 509 aa  57.8  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.208479  hitchhiker  0.000633755 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3901  polysaccharide biosynthesis protein  22.35 
 
 		 498 aa  57.4  0.0000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3801  polysaccharide biosynthesis export protein-like  23.77 
 
 		 420 aa  57  0.0000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4050  polysaccharide biosynthesis protein  23.28 
 
 		 501 aa  57  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0232705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3453  polysaccharide biosynthesis protein  24.52 
 
 		 504 aa  57  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.231581  normal  0.276623 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1083  PST family polysaccharide exporter  23.88 
 
 		 467 aa  56.6  0.0000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3719  capsular polysaccharide synthesis protein  24.52 
 
 		 504 aa  56.6  0.0000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.660756  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4055  polysaccharide biosynthesis protein  24.63 
 
 		 469 aa  56.2  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2007  polysaccharide biosynthesis protein  23.26 
 
 		 442 aa  56.6  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0855349 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2012  polysaccharide biosynthesis protein  21.54 
 
 		 483 aa  55.5  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.715057 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0176  polysaccharide biosynthesis protein  23.31 
 
 		 503 aa  55.5  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.15145  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2414  polysaccharide biosynthesis protein  27.56 
 
 		 492 aa  54.7  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.217364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2240  polysaccharide biosynthesis protein  22.71 
 
 		 487 aa  53.9  0.000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5931  succinoglycan biosynthesis transport protein  22.64 
 
 		 492 aa  53.9  0.000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3247  hypothetical protein  24.53 
 
 		 504 aa  53.9  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.443821 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4951  polysaccharide biosynthesis protein  24.87 
 
 		 494 aa  53.5  0.000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.656313  normal  0.110615 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6553  polysaccharide biosynthesis protein  24.43 
 
 		 484 aa  53.5  0.000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.413404 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1128  polysaccharide biosynthesis protein  24.32 
 
 		 508 aa  52.4  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2335  polysaccharide biosynthesis protein  21.49 
 
 		 490 aa  52.4  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000025001  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1424  polysaccharide biosynthesis protein  23.58 
 
 		 444 aa  52.4  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1320  polysaccharide biosynthesis protein  24.42 
 
 		 475 aa  52.4  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0368639 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4019  polysaccharide biosynthesis protein  22.03 
 
 		 483 aa  52  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2184  putative polysaccharide biosynthesis protein  19.52 
 
 		 476 aa  51.6  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000339542  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05310  hypothetical protein  25.38 
 
 		 433 aa  50.8  0.00005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198261  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0155  ATPase  22.31 
 
 		 483 aa  50.8  0.00005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0641  polysaccharide biosynthesis protein, putative  23.95 
 
 		 508 aa  50.8  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0032  polysaccharide biosynthesis protein  24.06 
 
 		 487 aa  50.8  0.00006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.166793 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4554  polysaccharide biosynthesis protein  28.97 
 
 		 471 aa  50.4  0.00007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.184462  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2459  polysaccharide biosynthesis protein  23.45 
 
 		 415 aa  50.4  0.00007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3014  putative exopolysaccharide biosynthesis protein  24.86 
 
 		 422 aa  50.1  0.00008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2685  polysaccharide biosynthesis protein  22.69 
 
 		 424 aa  49.7  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.996313  normal  0.698647 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2656  polysaccharide biosynthesis protein  23.32 
 
 		 502 aa  49.3  0.0001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.123268  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01400  exopolysaccharide xanthan biosynthesis protein GumJ  24.16 
 
 		 497 aa  49.7  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1044  hypothetical protein  22.31 
 
 		 506 aa  48.5  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1187  polysaccharide biosynthesis protein  21.28 
 
 		 488 aa  48.5  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3244  polysaccharide biosynthesis protein  23.27 
 
 		 421 aa  48.5  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0109073  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3847  PST family polysaccharide export protein  22.75 
 
 		 437 aa  47.8  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0311  hypothetical protein  21.45 
 
 		 488 aa  47.4  0.0005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1968  polysaccharide biosynthesis protein  19.65 
 
 		 477 aa  47.4  0.0006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.901691  hitchhiker  0.000000136517 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6454  polysaccharide biosynthesis protein  22.84 
 
 		 508 aa  46.6  0.0009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.24308 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1735  PST family polysaccharide transporter  21.74 
 
 		 479 aa  46.6  0.001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1426  polysaccharide biosynthesis protein  25.29 
 
 		 455 aa  46.2  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2893  polysaccharide biosynthesis protein  23.89 
 
 		 500 aa  45.4  0.002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1959  polysaccharide biosynthesis protein  26.02 
 
 		 451 aa  45.8  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0832  polysaccharide biosynthesis protein  23.56 
 
 		 432 aa  45.1  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1611  polysaccharide biosynthesis protein  21.11 
 
 		 492 aa  44.7  0.004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000161996  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8492  polysaccharide biosynthesis protein  23.86 
 
 		 533 aa  44.3  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.941649 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0292  polysaccharide biosynthesis protein  22.68 
 
 		 499 aa  43.9  0.006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.53568  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0777  polysaccharide biosynthesis protein  25.7 
 
 		 504 aa  43.5  0.007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5180  polysaccharide biosynthesis protein  22.4 
 
 		 467 aa  43.1  0.01  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>