59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_4129 on replicon NC_009958
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009958  Dshi_4129  polysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 		 477 aa  927    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5889  polysaccharide biosynthesis protein  27.6 
 
 		 493 aa  87.8  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0641  polysaccharide biosynthesis protein, putative  25.87 
 
 		 508 aa  85.9  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2653  polysaccharide biosynthesis protein  22.91 
 
 		 448 aa  82.4  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0424985 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2181  polysaccharide biosynthesis protein  27 
 
 		 482 aa  76.6  0.0000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000138361 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1746  polysaccharide biosynthesis protein  25.45 
 
 		 509 aa  76.3  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2012  polysaccharide biosynthesis protein  23.85 
 
 		 483 aa  73.6  0.000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.715057 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0847  polysaccharide biosynthesis protein  22.14 
 
 		 457 aa  73.2  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.875823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3901  polysaccharide biosynthesis protein  27.03 
 
 		 498 aa  69.7  0.0000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1083  PST family polysaccharide exporter  24.28 
 
 		 467 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1591  polysaccharide biosynthesis protein  23.2 
 
 		 479 aa  69.3  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.267568  normal  0.0585541 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2408  polysaccharide biosynthesis protein  21.11 
 
 		 471 aa  68.2  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0959  polysaccharide biosynthesis protein  24.92 
 
 		 507 aa  67.8  0.0000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.463936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2965  polysaccharide biosynthesis protein  23.1 
 
 		 500 aa  67.4  0.0000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5251  polysaccharide biosynthesis protein  25.45 
 
 		 490 aa  62.4  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179793 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3244  polysaccharide biosynthesis protein  22.88 
 
 		 487 aa  61.6  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2873  polysaccharide biosynthesis protein  22.82 
 
 		 500 aa  60.1  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.354363  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6553  polysaccharide biosynthesis protein  23.46 
 
 		 484 aa  60.1  0.00000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.413404 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2377  polysaccharide biosynthesis protein  23.08 
 
 		 486 aa  60.1  0.00000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.319736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1495  polysaccharide biosynthesis protein  23.78 
 
 		 503 aa  60.1  0.00000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.994963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3101  polysaccharide biosynthesis protein  24.61 
 
 		 489 aa  57.4  0.0000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0405344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0691  polysaccharide biosynthesis protein  19.75 
 
 		 502 aa  57.4  0.0000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2335  polysaccharide biosynthesis protein  22.15 
 
 		 490 aa  56.6  0.0000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000025001  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3234  hypothetical protein  23.29 
 
 		 501 aa  56.2  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.851144 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1910  polysaccharide biosynthesis protein  21.3 
 
 		 520 aa  56.2  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3325  capsular polysaccharide synthesis protein  23.31 
 
 		 501 aa  55.5  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0402719  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3930  polysaccharide biosynthesis protein  20.98 
 
 		 480 aa  54.7  0.000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4050  polysaccharide biosynthesis protein  22.32 
 
 		 501 aa  53.9  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0232705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2240  polysaccharide biosynthesis protein  22.22 
 
 		 487 aa  52  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1735  PST family polysaccharide transporter  21.43 
 
 		 479 aa  52.4  0.00002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2913  polysaccharide biosynthesis protein  26.17 
 
 		 458 aa  51.2  0.00004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.953336 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1118  polysaccharide biosynthesis protein  27.37 
 
 		 484 aa  51.2  0.00004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4201  polysaccharide biosynthesis protein  22.98 
 
 		 487 aa  49.7  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.964317 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4254  polysaccharide biosynthesis protein  19.7 
 
 		 465 aa  48.5  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.16434 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0174  colanic acid exporter  21.32 
 
 		 483 aa  49.3  0.0002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  0.572056 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2967  polysaccharide biosynthesis protein  22.02 
 
 		 500 aa  48.5  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3216  polysaccharide biosynthesis protein  22.51 
 
 		 500 aa  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0846  polysaccharide biosynthesis protein  24.38 
 
 		 421 aa  48.1  0.0004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.556284  hitchhiker  0.00594876 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0176  polysaccharide biosynthesis protein  25.19 
 
 		 503 aa  48.1  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.15145  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1570  polysaccharide biosynthesis protein  23.33 
 
 		 497 aa  47.8  0.0005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.482446 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2823  polysaccharide biosynthesis protein  28.74 
 
 		 472 aa  47.4  0.0006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3770  polysaccharide biosynthesis protein  21.88 
 
 		 497 aa  47.4  0.0006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700837  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1055  hypothetical protein  23.81 
 
 		 508 aa  47  0.0008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0155  ATPase  20.92 
 
 		 483 aa  46.6  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1959  polysaccharide biosynthesis protein  21.45 
 
 		 451 aa  46.2  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0839  polysaccharide biosynthesis protein  23.28 
 
 		 423 aa  44.7  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.305723  normal  0.0285529 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2620  polysaccharide biosynthesis protein  22.74 
 
 		 503 aa  45.1  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.509429  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3839  polysaccharide biosynthesis protein  24.78 
 
 		 507 aa  44.7  0.004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.133481 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4019  polysaccharide biosynthesis protein  22.31 
 
 		 483 aa  44.7  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1835  polysaccharide biosynthesis protein  27.27 
 
 		 465 aa  44.7  0.004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.963545 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2328  colanic acid exporter  20.74 
 
 		 510 aa  44.7  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.663239  normal  0.0902335 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2284  colanic acid exporter  20.74 
 
 		 510 aa  44.7  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000490639 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2442  colanic acid exporter  20.74 
 
 		 510 aa  44.7  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000846764 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1083  polysaccharide biosynthesis protein  29 
 
 		 484 aa  44.3  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.945146  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2227  colanic acid exporter  20.74 
 
 		 503 aa  44.3  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125419  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2335  colanic acid exporter  20.74 
 
 		 510 aa  44.3  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.673501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4055  polysaccharide biosynthesis protein  23.83 
 
 		 469 aa  43.5  0.007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02920  membrane protein involved in the export of O-antigen and teichoic acid  24.11 
 
 		 502 aa  43.5  0.008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2660  colanic acid exporter  21.52 
 
 		 492 aa  43.5  0.009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.267405  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>