119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0847 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0847  polysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 		 457 aa  902    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.875823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2408  polysaccharide biosynthesis protein  46.03 
 
 		 471 aa  370  1e-101  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2965  polysaccharide biosynthesis protein  40.65 
 
 		 500 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2653  polysaccharide biosynthesis protein  35.95 
 
 		 448 aa  233  6e-60  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0424985 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2873  polysaccharide biosynthesis protein  39.76 
 
 		 500 aa  223  7e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.354363  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4254  polysaccharide biosynthesis protein  33.56 
 
 		 465 aa  211  2e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.16434 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2913  polysaccharide biosynthesis protein  31.44 
 
 		 458 aa  189  7e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.953336 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2723  polysaccharide biosynthesis protein  34.65 
 
 		 458 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.180264  normal  0.985794 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2583  polysaccharide biosynthesis protein  35.49 
 
 		 458 aa  184  3e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3132  polysaccharide biosynthesis protein  35.21 
 
 		 458 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.415164  normal  0.282947 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0998  hypothetical protein  28.44 
 
 		 455 aa  173  6.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.238749  normal  0.880315 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0691  polysaccharide biosynthesis protein  34.17 
 
 		 502 aa  124  5e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2377  polysaccharide biosynthesis protein  30.59 
 
 		 446 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.992066 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2967  polysaccharide biosynthesis protein  25 
 
 		 500 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3216  polysaccharide biosynthesis protein  25.45 
 
 		 500 aa  101  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3128  polysaccharide biosynthesis protein  24.34 
 
 		 493 aa  87.4  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3244  polysaccharide biosynthesis protein  24.67 
 
 		 487 aa  87  6e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3400  polysaccharide biosynthesis protein  23.04 
 
 		 493 aa  85.1  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.46143  normal  0.138199 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02594  possible polysaccharide export protein  25.97 
 
 		 493 aa  82.8  0.00000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4129  polysaccharide biosynthesis protein  21.81 
 
 		 477 aa  80.1  0.00000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0839  polysaccharide biosynthesis protein  26.16 
 
 		 423 aa  79.7  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.305723  normal  0.0285529 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1531  GumJ protein  24.35 
 
 		 510 aa  79.3  0.0000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.107996  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0846  polysaccharide biosynthesis protein  25.61 
 
 		 421 aa  78.6  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.556284  hitchhiker  0.00594876 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1475  polysaccharide biosynthesis protein  24.35 
 
 		 510 aa  79  0.0000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.005815  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0641  polysaccharide biosynthesis protein, putative  24.04 
 
 		 508 aa  77.8  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1963  colanic acid exporter  26.34 
 
 		 493 aa  76.6  0.0000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0959  polysaccharide biosynthesis protein  24.15 
 
 		 507 aa  76.6  0.0000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.463936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2012  polysaccharide biosynthesis protein  24.38 
 
 		 483 aa  75.9  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.715057 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3901  polysaccharide biosynthesis protein  24.29 
 
 		 498 aa  72.4  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1591  polysaccharide biosynthesis protein  21.96 
 
 		 479 aa  71.2  0.00000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.267568  normal  0.0585541 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0311  hypothetical protein  25.6 
 
 		 488 aa  71.2  0.00000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1746  polysaccharide biosynthesis protein  23.95 
 
 		 509 aa  70.9  0.00000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1890  polysaccharide biosynthesis protein  27.52 
 
 		 507 aa  70.5  0.00000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.673288  normal  0.907682 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3770  polysaccharide biosynthesis protein  22.96 
 
 		 497 aa  70.1  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700837  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1083  PST family polysaccharide exporter  24.31 
 
 		 467 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4527  polysaccharide biosynthesis protein  25.46 
 
 		 514 aa  68.6  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0212681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3325  capsular polysaccharide synthesis protein  24.12 
 
 		 501 aa  68.2  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0402719  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3234  hypothetical protein  24.42 
 
 		 501 aa  68.2  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.851144 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1044  hypothetical protein  24.92 
 
 		 506 aa  67.8  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2335  polysaccharide biosynthesis protein  23.73 
 
 		 490 aa  67  0.0000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000025001  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1055  hypothetical protein  24.45 
 
 		 508 aa  66.6  0.0000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1735  PST family polysaccharide transporter  24.61 
 
 		 479 aa  65.9  0.000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4019  polysaccharide biosynthesis protein  21.99 
 
 		 483 aa  65.5  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0742  polysaccharide biosynthesis protein  25.79 
 
 		 575 aa  65.5  0.000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0990051  hitchhiker  0.00811883 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1968  polysaccharide biosynthesis protein  24.62 
 
 		 477 aa  65.5  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.901691  hitchhiker  0.000000136517 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5180  polysaccharide biosynthesis protein  26.72 
 
 		 467 aa  65.5  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2587  polysaccharide biosynthesis protein  22.17 
 
 		 508 aa  65.1  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4050  polysaccharide biosynthesis protein  23.24 
 
 		 501 aa  64.7  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0232705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1209  polysaccharide biosynthesis protein  22.35 
 
 		 492 aa  62  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3839  polysaccharide biosynthesis protein  20.21 
 
 		 507 aa  62  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.133481 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01400  exopolysaccharide xanthan biosynthesis protein GumJ  22.46 
 
 		 497 aa  61.6  0.00000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3719  capsular polysaccharide synthesis protein  25.21 
 
 		 504 aa  60.8  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.660756  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4554  polysaccharide biosynthesis protein  25.1 
 
 		 471 aa  60.8  0.00000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.184462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3453  polysaccharide biosynthesis protein  25.21 
 
 		 504 aa  60.5  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.231581  normal  0.276623 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8492  polysaccharide biosynthesis protein  24.01 
 
 		 533 aa  60.5  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.941649 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3247  hypothetical protein  25.85 
 
 		 504 aa  60.1  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.443821 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2629  polysaccharide biosynthesis protein  25.2 
 
 		 504 aa  58.9  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3101  polysaccharide biosynthesis protein  19.5 
 
 		 489 aa  58.5  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0405344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4201  polysaccharide biosynthesis protein  22.83 
 
 		 487 aa  58.9  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.964317 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1495  polysaccharide biosynthesis protein  24.56 
 
 		 503 aa  57  0.0000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.994963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0032  polysaccharide biosynthesis protein  25.87 
 
 		 487 aa  56.6  0.0000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.166793 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1570  polysaccharide biosynthesis protein  26.03 
 
 		 497 aa  55.8  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.482446 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1424  polysaccharide biosynthesis protein  24.12 
 
 		 444 aa  55.5  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0755  polysaccharide biosynthesis protein  22.67 
 
 		 509 aa  55.5  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.208479  hitchhiker  0.000633755 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3014  putative exopolysaccharide biosynthesis protein  23.4 
 
 		 422 aa  55.5  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1320  polysaccharide biosynthesis protein  22.76 
 
 		 475 aa  54.7  0.000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0368639 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1426  polysaccharide biosynthesis protein  23.93 
 
 		 455 aa  54.7  0.000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1910  polysaccharide biosynthesis protein  23.28 
 
 		 520 aa  53.5  0.000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1190  polysaccharide biosynthesis protein  24.14 
 
 		 490 aa  53.5  0.000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2620  polysaccharide biosynthesis protein  24.43 
 
 		 503 aa  53.5  0.000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.509429  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5931  succinoglycan biosynthesis transport protein  24.76 
 
 		 492 aa  53.5  0.000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4055  polysaccharide biosynthesis protein  25.68 
 
 		 469 aa  53.5  0.000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3104  polysaccharide biosynthesis protein  36.25 
 
 		 502 aa  52.4  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4470  polysaccharide biosynthesis protein  28.65 
 
 		 493 aa  51.2  0.00003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2284  colanic acid exporter  20.2 
 
 		 510 aa  51.6  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000490639 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2328  colanic acid exporter  20.2 
 
 		 510 aa  51.6  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.663239  normal  0.0902335 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2442  colanic acid exporter  20.2 
 
 		 510 aa  51.6  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000846764 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2377  polysaccharide biosynthesis protein  22.58 
 
 		 486 aa  50.8  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.319736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2459  polysaccharide biosynthesis protein  21.76 
 
 		 415 aa  51.2  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2335  colanic acid exporter  20.2 
 
 		 510 aa  51.2  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.673501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2227  colanic acid exporter  20.2 
 
 		 503 aa  51.2  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125419  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1118  polysaccharide biosynthesis protein  24.27 
 
 		 484 aa  51.2  0.00004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1595  colanic acid exporter  19.85 
 
 		 492 aa  50.8  0.00005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.14866  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1186  colanic acid exporter  19.85 
 
 		 492 aa  50.8  0.00005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2338  colanic acid exporter  19.65 
 
 		 492 aa  50.4  0.00006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1016  colanic acid exporter  19.65 
 
 		 492 aa  50.4  0.00006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.6233  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2980  colanic acid exporter  19.65 
 
 		 492 aa  50.4  0.00006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.638348  hitchhiker  0.000245488 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01952  colanic acid exporter  20.92 
 
 		 492 aa  50.4  0.00007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0109189  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01941  hypothetical protein  20.92 
 
 		 492 aa  50.4  0.00007  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0074842  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2240  polysaccharide biosynthesis protein  25 
 
 		 487 aa  50.1  0.00007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1611  polysaccharide biosynthesis protein  19.65 
 
 		 492 aa  50.1  0.00008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000161996  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3039  polysaccharide biosynthesis protein  21.83 
 
 		 482 aa  49.7  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2706  polysaccharide biosynthesis protein  26.22 
 
 		 510 aa  49.7  0.0001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.513472 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2007  polysaccharide biosynthesis protein  24.12 
 
 		 442 aa  49.3  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0855349 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3697  polysaccharide biosynthesis protein  24.16 
 
 		 443 aa  49.7  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.258081 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01943  O antigen translocase (Wzx)  23.13 
 
 		 475 aa  49.3  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01932  hypothetical protein  23.13 
 
 		 474 aa  49.3  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1187  polysaccharide biosynthesis protein  20 
 
 		 488 aa  48.5  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2949  polysaccharide biosynthesis protein  25.45 
 
 		 455 aa  49.3  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.484076  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0174  colanic acid exporter  19.69 
 
 		 483 aa  48.9  0.0002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  0.572056 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>