More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2020 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2020  secretion protein HlyD family protein  100 
 
 		 357 aa  723    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.519564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1756  acriflavin resistance protein  37.31 
 
 		 363 aa  182  8.000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0637221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1515  RND family efflux transporter MFP subunit  37.89 
 
 		 405 aa  180  2.9999999999999997e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1621  secretion protein HlyD  36.3 
 
 		 407 aa  176  6e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0254  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.93 
 
 		 417 aa  166  5.9999999999999996e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.513446 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03344  acriflavin resistance protein  35.79 
 
 		 417 aa  160  4e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0820  secretion protein HlyD family protein  34.52 
 
 		 342 aa  155  9e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.495738  hitchhiker  0.000581546 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2408  secretion protein HlyD  31.29 
 
 		 404 aa  127  3e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000198894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2520  RND family efflux transporter MFP subunit  32.6 
 
 		 406 aa  126  5e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5856  secretion protein HlyD  28.3 
 
 		 425 aa  116  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.249167  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1161  RND family efflux transporter MFP subunit  31.45 
 
 		 404 aa  116  6.9999999999999995e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0203325  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1791  secretion protein HlyD  30.15 
 
 		 402 aa  116  6.9999999999999995e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0231  RND family efflux transporter MFP subunit  28.52 
 
 		 401 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000683509 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0285  RND family efflux transporter MFP subunit  29.8 
 
 		 401 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.140483  hitchhiker  0.000000766037 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0207  RND family efflux transporter MFP subunit  29.41 
 
 		 400 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000100142 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0223  RND family efflux transporter MFP subunit  28.52 
 
 		 401 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3712  RND family efflux transporter MFP subunit  27.89 
 
 		 450 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.40893 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2802  secretion protein HlyD  28.14 
 
 		 401 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0304  RND family efflux transporter MFP subunit  28.14 
 
 		 401 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0944915  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3403  HlyD family secretion protein  28.47 
 
 		 401 aa  110  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00376035  normal  0.420161 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0986  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.68 
 
 		 405 aa  110  5e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.831389 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1983  RND family efflux transporter MFP subunit  30.77 
 
 		 416 aa  109  6e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3265  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.31 
 
 		 404 aa  105  8e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0631  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.74 
 
 		 432 aa  104  2e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.137352 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1456  RND family efflux transporter MFP subunit  30.36 
 
 		 405 aa  104  3e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2213  secretion protein HlyD  25.93 
 
 		 407 aa  103  5e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2583  secretion protein HlyD family protein  29.57 
 
 		 437 aa  96.3  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.860708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0266  acriflavin resistance protein  34.39 
 
 		 212 aa  89.4  1e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1007  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.2 
 
 		 398 aa  82.8  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.82 
 
 		 453 aa  82  0.00000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2261  secretion protein HlyD family protein  27.24 
 
 		 408 aa  80.9  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0232169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15871  membrane fusion protein  28.51 
 
 		 357 aa  80.1  0.00000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1671  HlyD family secretion protein  27.95 
 
 		 408 aa  80.1  0.00000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1617  secretion protein HlyD  27.95 
 
 		 408 aa  80.5  0.00000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0160623  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0770  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.7 
 
 		 399 aa  80.1  0.00000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0433625  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0431  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.18 
 
 		 368 aa  80.1  0.00000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0747  secretion protein HlyD  28.92 
 
 		 357 aa  78.6  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.554021  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1839  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.64 
 
 		 420 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1672  RND family efflux transporter MFP subunit  25.38 
 
 		 429 aa  77  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  23.68 
 
 		 372 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.6 
 
 		 349 aa  75.9  0.0000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1695  secretion protein HlyD  27.23 
 
 		 360 aa  75.9  0.000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3197  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.32 
 
 		 387 aa  75.9  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.822347  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  23.36 
 
 		 372 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1080  MacA  26.15 
 
 		 394 aa  75.5  0.000000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1868  secretion protein HlyD  27.63 
 
 		 405 aa  73.6  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3939  RND family efflux transporter MFP subunit  24.28 
 
 		 367 aa  73.2  0.000000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.407918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1863  RND family efflux transporter MFP subunit  24.89 
 
 		 393 aa  72.8  0.000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1596  secretion protein HlyD family protein  23.23 
 
 		 420 aa  72  0.00000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0836964  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.55 
 
 		 432 aa  72.4  0.00000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08701  membrane fusion protein  25.48 
 
 		 392 aa  72.4  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1008  macrolide transporter subunit MacA  23.27 
 
 		 372 aa  72.4  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.622007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3021  RND family efflux transporter MFP subunit  27.14 
 
 		 418 aa  71.6  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0354964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0942  macrolide transporter subunit MacA  23.27 
 
 		 372 aa  71.6  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2284  secretion protein HlyD  24.71 
 
 		 403 aa  71.6  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.831641  normal  0.154042 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1039  macrolide transporter subunit MacA  23.27 
 
 		 372 aa  71.6  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0725  HlyD family secretion protein  25.27 
 
 		 397 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.897812  normal  0.118835 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0663  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.22 
 
 		 453 aa  71.2  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4226  RND family efflux transporter MFP subunit  23.94 
 
 		 426 aa  72  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.499264  normal  0.926991 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1511  membrane-fusion protein  25.52 
 
 		 422 aa  71.6  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000121317  normal  0.228585 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2151  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 471 aa  71.6  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.563694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1312  RND efflux transporter  28.43 
 
 		 401 aa  71.2  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000130358  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3375  HlyD family membrane fusion protein  27.14 
 
 		 425 aa  71.2  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0976  macrolide transporter subunit MacA  23.27 
 
 		 372 aa  70.9  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3561  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.81 
 
 		 420 aa  71.2  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.306068  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3412  secretion protein HlyD  23.31 
 
 		 443 aa  70.9  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0866166  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0463  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.35 
 
 		 414 aa  71.2  0.00000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.68 
 
 		 397 aa  71.2  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3127  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 416 aa  70.5  0.00000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12131  membrane fusion protein  25 
 
 		 356 aa  70.5  0.00000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.502636 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5333  RND family efflux transporter MFP subunit  23.79 
 
 		 397 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.037024 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1892  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.55 
 
 		 430 aa  70.5  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2370  secretion protein HlyD  25.27 
 
 		 405 aa  70.5  0.00000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000467489 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.34 
 
 		 361 aa  70.9  0.00000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1469  secretion protein HlyD  24.64 
 
 		 421 aa  70.5  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.910926 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3415  secretion protein HlyD  23.79 
 
 		 397 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.89814  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4953  RND family efflux transporter MFP subunit  23.79 
 
 		 397 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.162755  normal  0.0662922 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1039  macrolide transporter subunit MacA  23.87 
 
 		 371 aa  70.1  0.00000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.184306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1423  RND family efflux transporter MFP subunit  25.26 
 
 		 401 aa  70.1  0.00000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.281322  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2754  RND efflux transporter  25.26 
 
 		 401 aa  70.1  0.00000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1965  secretion protein HlyD  25.19 
 
 		 388 aa  70.1  0.00000000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.455875 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1059  macrolide transporter subunit MacA  23.97 
 
 		 372 aa  70.1  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.75011  normal  0.992508 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1791  macrolide efflux protein MacA  25.76 
 
 		 420 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.35 
 
 		 360 aa  69.7  0.00000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1047  RND family efflux transporter subunit MFP  25.09 
 
 		 461 aa  69.3  0.00000000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0423833  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1064  macrolide-specific efflux protein macA  26.63 
 
 		 390 aa  69.3  0.00000000009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0267322  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  23.87 
 
 		 371 aa  68.9  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2764  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.87 
 
 		 371 aa  68.9  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.161658  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0982  macrolide transporter subunit MacA  23.87 
 
 		 371 aa  68.9  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.44834  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0709  macrolide-specific efflux protein macA  26.13 
 
 		 390 aa  69.3  0.0000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2718  macrolide transporter subunit MacA  23.87 
 
 		 371 aa  68.9  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2282  macrolide transporter subunit MacA  23.87 
 
 		 371 aa  68.9  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000339116  normal  0.0134871 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0713  hypothetical protein  24.76 
 
 		 281 aa  69.3  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2451  macrolide transporter subunit MacA  23.87 
 
 		 371 aa  68.9  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00913289  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1354  HlyD family secretion protein  25.2 
 
 		 364 aa  68.9  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336467  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  23.87 
 
 		 371 aa  68.9  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1259  RND family efflux transporter MFP subunit  27.31 
 
 		 415 aa  68.9  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0951  macrolide transporter subunit MacA  23.87 
 
 		 371 aa  68.9  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557503  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4295  RND family efflux transporter MFP subunit  27.76 
 
 		 466 aa  68.2  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.073476  normal  0.845427 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0694  secretion protein HlyD  26.17 
 
 		 417 aa  68.6  0.0000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.459164  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>