More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1756 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1756  acriflavin resistance protein  100 
 
 		 363 aa  731    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0637221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1515  RND family efflux transporter MFP subunit  51.56 
 
 		 405 aa  266  5e-70  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0820  secretion protein HlyD family protein  44.58 
 
 		 342 aa  246  4e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.495738  hitchhiker  0.000581546 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03344  acriflavin resistance protein  42.58 
 
 		 417 aa  238  9e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0254  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.22 
 
 		 417 aa  232  9e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.513446 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1621  secretion protein HlyD  46.27 
 
 		 407 aa  223  3e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2020  secretion protein HlyD family protein  37.31 
 
 		 357 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.519564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5856  secretion protein HlyD  37.74 
 
 		 425 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.249167  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0285  RND family efflux transporter MFP subunit  34.3 
 
 		 401 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.140483  hitchhiker  0.000000766037 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0231  RND family efflux transporter MFP subunit  34.66 
 
 		 401 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000683509 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3403  HlyD family secretion protein  34.3 
 
 		 401 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00376035  normal  0.420161 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2802  secretion protein HlyD  34.66 
 
 		 401 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0304  RND family efflux transporter MFP subunit  34.66 
 
 		 401 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0944915  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0223  RND family efflux transporter MFP subunit  34.66 
 
 		 401 aa  153  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1791  secretion protein HlyD  34.73 
 
 		 402 aa  149  6e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0207  RND family efflux transporter MFP subunit  35.25 
 
 		 400 aa  149  9e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000100142 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3712  RND family efflux transporter MFP subunit  31.25 
 
 		 450 aa  146  6e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.40893 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2408  secretion protein HlyD  34.65 
 
 		 404 aa  143  5e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000198894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2213  secretion protein HlyD  30.59 
 
 		 407 aa  142  9.999999999999999e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0986  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.23 
 
 		 405 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.831389 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1161  RND family efflux transporter MFP subunit  34.6 
 
 		 404 aa  140  3e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0203325  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2520  RND family efflux transporter MFP subunit  30.59 
 
 		 406 aa  140  4.999999999999999e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3265  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.09 
 
 		 404 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1456  RND family efflux transporter MFP subunit  34.12 
 
 		 405 aa  133  3.9999999999999996e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0266  acriflavin resistance protein  47.83 
 
 		 212 aa  130  4.0000000000000003e-29  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1983  RND family efflux transporter MFP subunit  30.94 
 
 		 416 aa  127  3e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0631  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.89 
 
 		 432 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.137352 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2261  secretion protein HlyD family protein  33.08 
 
 		 408 aa  93.2  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0232169  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2583  secretion protein HlyD family protein  31.75 
 
 		 437 aa  92.8  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.860708  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1596  secretion protein HlyD family protein  25.92 
 
 		 420 aa  91.3  2e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0836964  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3595  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.74 
 
 		 404 aa  89.7  7e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0852698  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.24 
 
 		 428 aa  89.7  7e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00204407  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.64 
 
 		 453 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4428  RND family efflux transporter MFP subunit  28.46 
 
 		 349 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3361  RND family efflux transporter MFP subunit  28.46 
 
 		 410 aa  82.8  0.000000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 372 aa  82.8  0.000000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  25 
 
 		 372 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0112  RND family efflux transporter MFP subunit  27.69 
 
 		 349 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  24.47 
 
 		 417 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.38 
 
 		 432 aa  81.6  0.00000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  27.2 
 
 		 380 aa  81.6  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0035  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.34 
 
 		 404 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.792697 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3362  RND family efflux transporter MFP subunit  28.79 
 
 		 358 aa  81.3  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4288  RND family efflux transporter MFP subunit  28.46 
 
 		 349 aa  82  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0105  RND family efflux transporter MFP subunit  26.48 
 
 		 348 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1814  RND family efflux transporter MFP subunit  27.1 
 
 		 432 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2519  secretion protein HlyD  27.64 
 
 		 382 aa  80.1  0.00000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000015375  normal  0.24357 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0142  RND family efflux transporter MFP subunit  24.06 
 
 		 389 aa  79.7  0.00000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.285006 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1892  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.63 
 
 		 430 aa  79.7  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.98 
 
 		 349 aa  79.3  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1706  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.63 
 
 		 430 aa  78.6  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.353178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.36 
 
 		 380 aa  78.2  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  28.09 
 
 		 368 aa  77.4  0.0000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  27.34 
 
 		 368 aa  77  0.0000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2151  RND family efflux transporter MFP subunit  28.4 
 
 		 471 aa  77  0.0000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.563694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2777  RND family efflux transporter MFP subunit  26.26 
 
 		 489 aa  75.9  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000975793  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.52 
 
 		 428 aa  74.7  0.000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0527  RND family efflux transporter MFP subunit  26.69 
 
 		 376 aa  74.7  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0816  RND family efflux transporter MFP subunit  27.99 
 
 		 385 aa  74.7  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3864  ABC transporter related  26.36 
 
 		 418 aa  75.1  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.606554  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  24.24 
 
 		 379 aa  75.1  0.000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  27.16 
 
 		 381 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.88 
 
 		 427 aa  74.7  0.000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1634  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.28 
 
 		 417 aa  74.3  0.000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  28.74 
 
 		 390 aa  74.3  0.000000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1166  secretion protein HlyD  27.59 
 
 		 412 aa  73.9  0.000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.912906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0466  RND family efflux transporter MFP subunit  26.19 
 
 		 372 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.808341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3442  secretion protein HlyD family protein  27.49 
 
 		 421 aa  73.9  0.000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.711294 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1532  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.56 
 
 		 415 aa  73.9  0.000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.41 
 
 		 400 aa  73.6  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.63 
 
 		 372 aa  73.6  0.000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0358  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 372 aa  73.6  0.000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1695  secretion protein HlyD  24.8 
 
 		 360 aa  73.2  0.000000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  27.72 
 
 		 367 aa  72.8  0.000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3424  secretion protein HlyD  26.59 
 
 		 412 aa  72  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0987  secretion protein HlyD  22.79 
 
 		 419 aa  72.8  0.00000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1965  secretion protein HlyD  29.22 
 
 		 388 aa  72.8  0.00000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.455875 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  26.69 
 
 		 399 aa  72  0.00000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3608  secretion protein HlyD  26.83 
 
 		 400 aa  72.8  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221607  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0861  secretion protein HlyD  26.69 
 
 		 330 aa  72.4  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0209949  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  28.22 
 
 		 374 aa  72  0.00000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0496  RND family efflux transporter MFP subunit  26.78 
 
 		 402 aa  72  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1847  putative efflux transporter  24.83 
 
 		 421 aa  72  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.64 
 
 		 476 aa  71.6  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.292175  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  27.78 
 
 		 372 aa  71.2  0.00000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.98 
 
 		 377 aa  71.2  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  27.78 
 
 		 372 aa  71.2  0.00000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000654  putative efflux protein  31.45 
 
 		 360 aa  71.2  0.00000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  24.42 
 
 		 365 aa  70.9  0.00000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.73 
 
 		 355 aa  70.9  0.00000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0431  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.35 
 
 		 368 aa  70.9  0.00000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  27 
 
 		 376 aa  71.2  0.00000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0257  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.94 
 
 		 376 aa  70.5  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0635655  hitchhiker  0.00588714 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.54 
 
 		 379 aa  70.5  0.00000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2234  RND family efflux transporter MFP subunit  27.16 
 
 		 407 aa  70.5  0.00000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.282252  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8250  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.75 
 
 		 368 aa  70.9  0.00000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673804  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  26.56 
 
 		 429 aa  70.5  0.00000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2149  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.69 
 
 		 409 aa  70.1  0.00000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.111795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1398  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.77 
 
 		 504 aa  70.1  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.463842 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  28.16 
 
 		 364 aa  70.1  0.00000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>