More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1966 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1966  transcriptional regulator  100 
 
 		 454 aa  941    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.138243  normal  0.104456 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2282  GntR family transcriptional regulator  62.2 
 
 		 452 aa  592  1e-168  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2134  GntR family transcriptional regulator  61.49 
 
 		 454 aa  591  1e-168  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2371  GntR family transcriptional regulator  61.76 
 
 		 452 aa  591  1e-167  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0395364  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2486  transcriptional regulator  61.54 
 
 		 452 aa  588  1e-167  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.11043  decreased coverage  0.000113199 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2383  GntR family transcriptional regulator  61.54 
 
 		 452 aa  588  1e-167  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.560047  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1976  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  61.76 
 
 		 452 aa  590  1e-167  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0568714  hitchhiker  0.000000155342 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1833  GntR family transcriptional regulator  61.54 
 
 		 452 aa  584  1e-166  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.218388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1753  GntR family transcriptional regulator  61.32 
 
 		 452 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.719821  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2266  GntR family transcriptional regulator  60.66 
 
 		 460 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.99423 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2527  transcriptional regulator  58.42 
 
 		 455 aa  552  1e-156  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0148253  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2016  GntR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 447 aa  380  1e-104  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1101  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 464 aa  225  1e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2133  GntR family transcriptional regulator  29.42 
 
 		 476 aa  184  3e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2019  GntR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 486 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.437741 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0539  transcriptional regulator  29.4 
 
 		 462 aa  178  2e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0353345 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1990  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  27.19 
 
 		 461 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2733  GntR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 467 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0486  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 474 aa  173  5e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0484515 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0054  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  27.61 
 
 		 479 aa  171  2e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.38477  normal  0.137274 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0519  GntR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 460 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.481515 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5391  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  28.06 
 
 		 481 aa  169  8e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3796  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  27.77 
 
 		 471 aa  167  4e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.975014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2483  transcriptional regulator  29.06 
 
 		 470 aa  167  4e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0358309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0682  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  29.52 
 
 		 474 aa  163  6e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000368055 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2317  GntR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 462 aa  163  7e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3848  transcriptional regulator  26.86 
 
 		 463 aa  163  7e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4502  transcriptional regulator  30.17 
 
 		 460 aa  159  9e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0157503  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7573  transcriptional regulator GntR family  26.56 
 
 		 467 aa  159  1e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.688585  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0414  GntR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 460 aa  158  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.227199  normal  0.900094 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1974  GntR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 514 aa  158  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2107  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  28.6 
 
 		 444 aa  157  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3968  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  28.25 
 
 		 464 aa  157  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0907  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  26.39 
 
 		 467 aa  156  8e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.358943  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1897  transcriptional regulator GntR family  27.56 
 
 		 474 aa  154  2.9999999999999998e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3275  transcriptional regulator  26.61 
 
 		 468 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.589636 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3748  GntR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 463 aa  154  4e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3954  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  26.35 
 
 		 463 aa  153  5e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.890066  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1054  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  25.93 
 
 		 467 aa  153  7e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.180567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1306  putative HTH-type trancriptional regulator, GntR family  27.09 
 
 		 446 aa  153  7e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.734577  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1108  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  28.14 
 
 		 471 aa  153  7e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6454  transcriptional regulator  25.76 
 
 		 470 aa  153  7e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.645482 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5339  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  26.04 
 
 		 469 aa  152  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.485061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1433  GntR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 470 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.139667  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3364  transcriptional regulator  28.63 
 
 		 498 aa  152  1e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6395  GntR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 470 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1857  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  26.48 
 
 		 468 aa  150  6e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1857  putative transcription regulator protein  29.05 
 
 		 463 aa  149  9e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.532766  normal  0.0261786 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2617  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  27.29 
 
 		 467 aa  149  1.0000000000000001e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.29152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4044  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  28.17 
 
 		 461 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.24687  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0243  transcriptional regulator  28.98 
 
 		 479 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0678  GntR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 465 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.776198  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4954  GntR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 466 aa  147  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2388  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 468 aa  146  7.0000000000000006e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1932  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  26.62 
 
 		 472 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.557611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3553  GntR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 472 aa  145  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.32329 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3290  transcriptional regulator  28.54 
 
 		 463 aa  145  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.70657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1647  GntR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 467 aa  143  7e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.420905 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2173  GntR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 467 aa  142  8e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0314579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6621  transcriptional regulator  25.38 
 
 		 480 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.920064 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3041  GntR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 467 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2689  GntR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 498 aa  142  9.999999999999999e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00169618  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3865  transcriptional regulator  25.27 
 
 		 465 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5806  GntR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 470 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2141  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  26.83 
 
 		 472 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.196836  normal  0.113478 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5571  transcriptional regulator  28.15 
 
 		 444 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6170  GntR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 470 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.590476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0018  GntR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 467 aa  141  3e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6651  transcriptional regulator  26.21 
 
 		 470 aa  141  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.441186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4580  GntR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 456 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5773  transcriptional regulator  25.28 
 
 		 470 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.272956  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3400  transcriptional regulator  27.84 
 
 		 442 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.167973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6146  transcriptional regulator  26.44 
 
 		 470 aa  140  6e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6017  GntR family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 470 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3799  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  26.67 
 
 		 504 aa  139  1e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2175  GntR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 477 aa  139  1e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1400  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  27.4 
 
 		 464 aa  139  1e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4429  GntR family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 466 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000708029 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2843  transcriptional regulator  26.82 
 
 		 446 aa  137  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.328884 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3856  transcriptional regulator  27.23 
 
 		 453 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2001  GntR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 473 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.577314  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0608  GntR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 478 aa  136  8e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.617873  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1406  GntR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 463 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84949 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2717  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  25.92 
 
 		 463 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3026  GntR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 456 aa  134  3e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4375  GntR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 464 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0055  GntR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 465 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.484354  hitchhiker  0.00409512 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3480  GntR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 481 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.324042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1967  aminotransferase family protein  26.12 
 
 		 444 aa  134  5e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000631  transcriptional regulator GntR family threonine metabolism  24.02 
 
 		 477 aa  133  7.999999999999999e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5823  transcriptional regulator  27.19 
 
 		 489 aa  131  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.9305  normal  0.224047 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4559  transcriptional regulator  25.66 
 
 		 463 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.516829 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1503  GntR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 472 aa  130  5.0000000000000004e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0921845 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0701  GntR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 478 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3297  hypothetical protein  28.32 
 
 		 493 aa  129  1.0000000000000001e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0920316 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3753  GntR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 456 aa  127  5e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2041  GntR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 444 aa  126  8.000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2764  GntR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 453 aa  124  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0563  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  25.16 
 
 		 465 aa  124  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2841  transcriptional regulator  24.59 
 
 		 480 aa  124  4e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.171165  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>