More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3748 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3748  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 463 aa  899    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3856  transcriptional regulator  57.05 
 
 		 453 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4755  GntR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 457 aa  242  7.999999999999999e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.151442  normal  0.0255466 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0682  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37.89 
 
 		 474 aa  237  3e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000368055 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0539  transcriptional regulator  36.42 
 
 		 462 aa  236  6e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0353345 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0486  GntR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 474 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0484515 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0519  GntR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 460 aa  221  3e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.481515 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1108  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.66 
 
 		 471 aa  217  4e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2317  GntR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 462 aa  217  4e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6621  transcriptional regulator  35.24 
 
 		 480 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.920064 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2733  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 467 aa  213  7.999999999999999e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1433  GntR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 470 aa  212  9e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.139667  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6395  GntR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 470 aa  212  9e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2019  GntR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 486 aa  212  1e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.437741 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2617  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.44 
 
 		 467 aa  211  2e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.29152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0907  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.5 
 
 		 467 aa  210  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.358943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6454  transcriptional regulator  34.26 
 
 		 470 aa  209  6e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.645482 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3701  GntR family transcriptional regulator  33.41 
 
 		 478 aa  209  9e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1054  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  33.91 
 
 		 467 aa  208  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.180567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7573  transcriptional regulator GntR family  35.98 
 
 		 467 aa  207  4e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.688585  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5234  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  32.82 
 
 		 461 aa  207  5e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.214132 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0975  transcriptional regulator  38.68 
 
 		 460 aa  206  5e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.669245  normal  0.399743 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4502  transcriptional regulator  35.49 
 
 		 460 aa  206  6e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0157503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1101  GntR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 464 aa  204  2e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5513  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  33.04 
 
 		 461 aa  203  6e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.412768  decreased coverage  0.00050533 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0279  GntR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 461 aa  202  7e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0054  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.25 
 
 		 479 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.38477  normal  0.137274 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5339  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.57 
 
 		 469 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.485061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0414  GntR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 460 aa  201  1.9999999999999998e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.227199  normal  0.900094 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3169  hypothetical protein  34.67 
 
 		 461 aa  201  3e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1974  GntR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 514 aa  201  3e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5391  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.9 
 
 		 481 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5773  transcriptional regulator  33.11 
 
 		 470 aa  200  5e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.272956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6017  GntR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 470 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1990  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.07 
 
 		 461 aa  197  3e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6146  transcriptional regulator  32.81 
 
 		 470 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3848  transcriptional regulator  34.24 
 
 		 463 aa  196  7e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1929  transcriptional regulator  39.58 
 
 		 444 aa  195  2e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0480114 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000631  transcriptional regulator GntR family threonine metabolism  29.38 
 
 		 477 aa  195  2e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3954  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  33.11 
 
 		 463 aa  193  5e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.890066  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0678  GntR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 465 aa  193  6e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.776198  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2483  transcriptional regulator  34.59 
 
 		 470 aa  192  1e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0358309  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4954  GntR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 466 aa  191  2e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6651  transcriptional regulator  32.43 
 
 		 470 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.441186  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3968  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  34.37 
 
 		 464 aa  190  4e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5806  GntR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 470 aa  190  5e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6170  GntR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 470 aa  190  5e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.590476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0243  transcriptional regulator  34.66 
 
 		 479 aa  189  8e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0563  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  33.56 
 
 		 465 aa  186  5e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3461  GntR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 460 aa  186  6e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3041  GntR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 467 aa  186  9e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2717  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  32.81 
 
 		 463 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5795  GntR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 447 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3865  transcriptional regulator  31.91 
 
 		 465 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6160  GntR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 447 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6640  transcriptional regulator  35.06 
 
 		 447 aa  184  3e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3290  transcriptional regulator  35.33 
 
 		 463 aa  184  3e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.70657  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4044  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  33.7 
 
 		 461 aa  184  3e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.24687  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3796  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  32 
 
 		 471 aa  182  1e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.975014  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5181  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  33.41 
 
 		 447 aa  182  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4429  GntR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 466 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000708029 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0055  GntR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 465 aa  181  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.484354  hitchhiker  0.00409512 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2133  GntR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 476 aa  181  2.9999999999999997e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3026  GntR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 456 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1406  GntR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 463 aa  181  4e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84949 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2388  GntR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 468 aa  180  5.999999999999999e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3400  transcriptional regulator  33.72 
 
 		 442 aa  179  8e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.167973  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1857  putative transcription regulator protein  33.7 
 
 		 463 aa  179  9e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.532766  normal  0.0261786 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5823  transcriptional regulator  31.72 
 
 		 489 aa  177  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.9305  normal  0.224047 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2152  GntR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 465 aa  177  3e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.162886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3275  transcriptional regulator  32.18 
 
 		 468 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.589636 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7710  GntR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 447 aa  176  7e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1503  GntR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 472 aa  176  7e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0921845 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5571  transcriptional regulator  33.25 
 
 		 444 aa  176  9e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2041  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 444 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4559  transcriptional regulator  31.85 
 
 		 463 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.516829 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3799  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.3 
 
 		 504 aa  174  1.9999999999999998e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2001  GntR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 473 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.577314  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0608  GntR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 478 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.617873  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1306  putative HTH-type trancriptional regulator, GntR family  28.8 
 
 		 446 aa  175  1.9999999999999998e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.734577  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2107  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  32.43 
 
 		 444 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3553  GntR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 472 aa  173  5e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.32329 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4375  GntR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 464 aa  173  5.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2106  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 462 aa  171  2e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0493633  normal  0.356375 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6093  GntR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 448 aa  172  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.209947  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1984  GntR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 448 aa  172  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2141  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  32.9 
 
 		 472 aa  169  8e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.196836  normal  0.113478 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1400  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.71 
 
 		 464 aa  169  1e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6780  GntR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 469 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.549939  normal  0.132463 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2016  GntR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 447 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1932  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.27 
 
 		 472 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.557611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3753  GntR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 456 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2764  GntR family transcriptional regulator  35.7 
 
 		 453 aa  165  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0701  GntR family transcriptional regulator  33.25 
 
 		 478 aa  164  3e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2383  GntR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 452 aa  162  1e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.560047  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3480  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 481 aa  162  1e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.324042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2173  GntR family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 467 aa  162  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0314579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1967  aminotransferase family protein  33.57 
 
 		 444 aa  160  3e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4580  GntR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 456 aa  160  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1976  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  30.65 
 
 		 452 aa  160  5e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0568714  hitchhiker  0.000000155342 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>