More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0519 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0486  GntR family transcriptional regulator  98.26 
 
 
474 aa  920    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0484515 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0539  transcriptional regulator  85.1 
 
 
462 aa  795    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0353345 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0519  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
460 aa  937    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.481515 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2317  GntR family transcriptional regulator  61.77 
 
 
462 aa  578  1e-164  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1054  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37.55 
 
 
467 aa  268  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.180567  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0907  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37.69 
 
 
467 aa  263  4.999999999999999e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.358943  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4429  GntR family transcriptional regulator  34.4 
 
 
466 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000708029 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3701  GntR family transcriptional regulator  36.59 
 
 
478 aa  260  4e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1306  putative HTH-type trancriptional regulator, GntR family  33.7 
 
 
446 aa  259  6e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.734577  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4559  transcriptional regulator  35.82 
 
 
463 aa  258  1e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.516829 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6651  transcriptional regulator  34.97 
 
 
470 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.441186  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2133  GntR family transcriptional regulator  37.55 
 
 
476 aa  259  1e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5806  GntR family transcriptional regulator  34.97 
 
 
470 aa  258  2e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6170  GntR family transcriptional regulator  34.97 
 
 
470 aa  258  2e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.590476  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4375  GntR family transcriptional regulator  35.44 
 
 
464 aa  257  3e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6146  transcriptional regulator  34.97 
 
 
470 aa  256  7e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6017  GntR family transcriptional regulator  34.97 
 
 
470 aa  256  7e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3290  transcriptional regulator  37.91 
 
 
463 aa  256  8e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.70657  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3865  transcriptional regulator  35.12 
 
 
465 aa  255  9e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1974  GntR family transcriptional regulator  38.04 
 
 
514 aa  254  2.0000000000000002e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2019  GntR family transcriptional regulator  34.76 
 
 
486 aa  254  3e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.437741 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5773  transcriptional regulator  34.74 
 
 
470 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.272956  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2733  GntR family transcriptional regulator  35.93 
 
 
467 aa  253  4.0000000000000004e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3480  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 
481 aa  251  3e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.324042  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1108  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.68 
 
 
471 aa  250  4e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2152  GntR family transcriptional regulator  35.32 
 
 
465 aa  249  5e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.162886  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2717  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.08 
 
 
463 aa  249  5e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0678  GntR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
465 aa  249  8e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.776198  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1990  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.82 
 
 
461 aa  249  8e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000631  transcriptional regulator GntR family threonine metabolism  33.92 
 
 
477 aa  247  3e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3968  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  35.09 
 
 
464 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2388  GntR family transcriptional regulator  33.62 
 
 
468 aa  244  3e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0055  GntR family transcriptional regulator  33.95 
 
 
465 aa  243  5e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.484354  hitchhiker  0.00409512 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5513  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.51 
 
 
461 aa  242  7.999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.412768  decreased coverage  0.00050533 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1406  GntR family transcriptional regulator  34.57 
 
 
463 aa  242  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.84949 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5391  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  33.94 
 
 
481 aa  241  1e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7573  transcriptional regulator GntR family  35.81 
 
 
467 aa  242  1e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.688585  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0054  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.71 
 
 
479 aa  241  2e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.38477  normal  0.137274 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3026  GntR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
456 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3041  GntR family transcriptional regulator  36.8 
 
 
467 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5234  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.51 
 
 
461 aa  239  6.999999999999999e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.214132 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5181  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.38 
 
 
447 aa  239  6.999999999999999e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0563  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.14 
 
 
465 aa  239  9e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4044  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  34.49 
 
 
461 aa  239  1e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.24687  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4755  GntR family transcriptional regulator  36.68 
 
 
457 aa  237  3e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.151442  normal  0.0255466 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0414  GntR family transcriptional regulator  34.23 
 
 
460 aa  235  1.0000000000000001e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.227199  normal  0.900094 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4502  transcriptional regulator  35.23 
 
 
460 aa  235  1.0000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0157503  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3848  transcriptional regulator  32.82 
 
 
463 aa  233  5e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0279  GntR family transcriptional regulator  34.91 
 
 
461 aa  233  5e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0682  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.48 
 
 
474 aa  233  6e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000368055 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6454  transcriptional regulator  32.82 
 
 
470 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.645482 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3954  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  32.82 
 
 
463 aa  231  2e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.890066  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2617  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  33.48 
 
 
467 aa  230  5e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.29152  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0243  transcriptional regulator  34.13 
 
 
479 aa  229  9e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2106  GntR family transcriptional regulator  33.72 
 
 
462 aa  228  2e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0493633  normal  0.356375 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3753  GntR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
456 aa  227  4e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1433  GntR family transcriptional regulator  32.37 
 
 
470 aa  225  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.139667  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6395  GntR family transcriptional regulator  32.37 
 
 
470 aa  225  1e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6621  transcriptional regulator  32.82 
 
 
480 aa  223  8e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.920064 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5339  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.44 
 
 
469 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.485061  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3799  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  33.7 
 
 
504 aa  221  1.9999999999999999e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2483  transcriptional regulator  32.82 
 
 
470 aa  220  3.9999999999999997e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0358309  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6946  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  35.73 
 
 
463 aa  216  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1897  transcriptional regulator GntR family  32.79 
 
 
474 aa  216  9e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3169  hypothetical protein  33.4 
 
 
461 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7710  GntR family transcriptional regulator  31.91 
 
 
447 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3400  transcriptional regulator  35 
 
 
442 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.167973  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6640  transcriptional regulator  31.01 
 
 
447 aa  213  9e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3748  GntR family transcriptional regulator  34.64 
 
 
463 aa  212  1e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5795  GntR family transcriptional regulator  30.79 
 
 
447 aa  212  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6160  GntR family transcriptional regulator  30.79 
 
 
447 aa  212  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2107  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.2 
 
 
444 aa  211  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957834  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3461  GntR family transcriptional regulator  32.58 
 
 
460 aa  211  2e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5571  transcriptional regulator  32.21 
 
 
444 aa  210  4e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3275  transcriptional regulator  32.75 
 
 
468 aa  209  6e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.589636 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3796  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  31.96 
 
 
471 aa  209  1e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.975014  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2173  GntR family transcriptional regulator  33.91 
 
 
467 aa  206  7e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0314579  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3856  transcriptional regulator  33.86 
 
 
453 aa  206  8e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1932  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.03 
 
 
472 aa  206  9e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.557611  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2041  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
444 aa  205  1e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1090  GntR family transcriptional regulator  29.45 
 
 
443 aa  205  1e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2001  GntR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
473 aa  203  4e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.577314  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4954  GntR family transcriptional regulator  32.39 
 
 
466 aa  204  4e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0608  GntR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
478 aa  203  5e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.617873  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1101  GntR family transcriptional regulator  32.97 
 
 
464 aa  202  9.999999999999999e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0975  transcriptional regulator  35.57 
 
 
460 aa  200  3.9999999999999996e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.669245  normal  0.399743 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2141  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  33.26 
 
 
472 aa  199  6e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.196836  normal  0.113478 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6780  GntR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
469 aa  199  9e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.549939  normal  0.132463 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1647  GntR family transcriptional regulator  33.84 
 
 
467 aa  199  9e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.420905 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1857  putative transcription regulator protein  34.53 
 
 
463 aa  199  1.0000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.532766  normal  0.0261786 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1503  GntR family transcriptional regulator  31.85 
 
 
472 aa  198  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0921845 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0018  GntR family transcriptional regulator  33.84 
 
 
467 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5823  transcriptional regulator  32.4 
 
 
489 aa  192  9e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.9305  normal  0.224047 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1400  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  31.25 
 
 
464 aa  191  2e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3553  GntR family transcriptional regulator  32.48 
 
 
472 aa  188  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.32329 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5794  GntR family transcriptional regulator  34.06 
 
 
465 aa  188  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0227709  normal  0.15383 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1929  transcriptional regulator  35.4 
 
 
444 aa  187  3e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0480114 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0701  GntR family transcriptional regulator  32.43 
 
 
478 aa  184  3e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1967  aminotransferase family protein  32.88 
 
 
444 aa  183  6e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1386  GntR family transcriptional regulator  30.89 
 
 
471 aa  181  2e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>