More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0563 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2106  GntR family transcriptional regulator  74.68 
 
 		 462 aa  689    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0493633  normal  0.356375 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0563  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  100 
 
 		 465 aa  944    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3480  GntR family transcriptional regulator  70.83 
 
 		 481 aa  654    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.324042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1406  GntR family transcriptional regulator  61.04 
 
 		 463 aa  555  1e-157  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84949 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2717  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  60.39 
 
 		 463 aa  554  1e-156  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4559  transcriptional regulator  58.79 
 
 		 463 aa  529  1e-149  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.516829 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5391  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  51.44 
 
 		 481 aa  430  1e-119  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1054  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  48.91 
 
 		 467 aa  428  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.180567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7573  transcriptional regulator GntR family  48.47 
 
 		 467 aa  421  1e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.688585  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0054  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  49.45 
 
 		 479 aa  418  1e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.38477  normal  0.137274 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0907  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  49.02 
 
 		 467 aa  419  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.358943  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1990  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  48.8 
 
 		 461 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0243  transcriptional regulator  49.01 
 
 		 479 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1974  GntR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 514 aa  367  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1108  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  43.36 
 
 		 471 aa  365  1e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0678  GntR family transcriptional regulator  47.81 
 
 		 465 aa  348  1e-94  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.776198  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3290  transcriptional regulator  40.49 
 
 		 463 aa  317  3e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.70657  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2617  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37.8 
 
 		 467 aa  313  3.9999999999999997e-84  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.29152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3026  GntR family transcriptional regulator  38.17 
 
 		 456 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6946  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  41.59 
 
 		 463 aa  279  6e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1857  putative transcription regulator protein  39.95 
 
 		 463 aa  279  7e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.532766  normal  0.0261786 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4502  transcriptional regulator  36.73 
 
 		 460 aa  278  1e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0157503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5794  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 465 aa  276  4e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0227709  normal  0.15383 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0414  GntR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 460 aa  276  7e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.227199  normal  0.900094 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3275  transcriptional regulator  37.22 
 
 		 468 aa  274  3e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.589636 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3753  GntR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 456 aa  272  1e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5823  transcriptional regulator  36.69 
 
 		 489 aa  272  1e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.9305  normal  0.224047 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4954  GntR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 466 aa  263  4.999999999999999e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2483  transcriptional regulator  35.56 
 
 		 470 aa  258  2e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0358309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3796  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.29 
 
 		 471 aa  253  5.000000000000001e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.975014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4580  GntR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 456 aa  243  5e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0486  GntR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 474 aa  243  7e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0484515 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0519  GntR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 460 aa  239  9e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.481515 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0539  transcriptional regulator  33.92 
 
 		 462 aa  236  9e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0353345 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3799  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.21 
 
 		 504 aa  235  1.0000000000000001e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5571  transcriptional regulator  35.78 
 
 		 444 aa  228  2e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3865  transcriptional regulator  32.61 
 
 		 465 aa  223  4e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3968  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  31.8 
 
 		 464 aa  216  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2764  GntR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 453 aa  214  2.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4044  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  32.01 
 
 		 461 aa  214  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.24687  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0055  GntR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 465 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.484354  hitchhiker  0.00409512 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2107  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.18 
 
 		 444 aa  212  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3848  transcriptional regulator  31.42 
 
 		 463 aa  211  3e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6651  transcriptional regulator  31.99 
 
 		 470 aa  210  4e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.441186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1433  GntR family transcriptional regulator  34 
 
 		 470 aa  210  5e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.139667  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6395  GntR family transcriptional regulator  34 
 
 		 470 aa  210  5e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2317  GntR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 462 aa  209  7e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2152  GntR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 465 aa  209  8e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.162886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5806  GntR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 470 aa  209  1e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6170  GntR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 470 aa  209  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.590476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5773  transcriptional regulator  31.57 
 
 		 470 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.272956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2733  GntR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 467 aa  208  2e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6621  transcriptional regulator  33.63 
 
 		 480 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.920064 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6017  GntR family transcriptional regulator  31.57 
 
 		 470 aa  208  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6454  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 470 aa  207  4e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.645482 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0608  GntR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 478 aa  206  7e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.617873  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2001  GntR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 473 aa  206  7e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.577314  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3954  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  31.42 
 
 		 463 aa  206  1e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.890066  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5339  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  33.86 
 
 		 469 aa  204  4e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.485061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6146  transcriptional regulator  31.57 
 
 		 470 aa  202  9e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3461  GntR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 460 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2019  GntR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 486 aa  197  3e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.437741 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3701  GntR family transcriptional regulator  31.59 
 
 		 478 aa  196  5.000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0701  GntR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 478 aa  195  1e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2041  GntR family transcriptional regulator  34.37 
 
 		 444 aa  196  1e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5513  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  30.84 
 
 		 461 aa  196  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.412768  decreased coverage  0.00050533 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5234  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  30.62 
 
 		 461 aa  195  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.214132 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000631  transcriptional regulator GntR family threonine metabolism  30.38 
 
 		 477 aa  194  3e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3553  GntR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 472 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.32329 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3041  GntR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 467 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1967  aminotransferase family protein  34.27 
 
 		 444 aa  190  4e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1514  GntR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 444 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.550844  normal  0.508918 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0682  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  31.96 
 
 		 474 aa  189  9e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000368055 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4429  GntR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 466 aa  189  1e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000708029 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3856  transcriptional regulator  33.11 
 
 		 453 aa  187  3e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2133  GntR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 476 aa  186  9e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1090  GntR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 443 aa  185  2.0000000000000003e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0279  GntR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 461 aa  183  6e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3169  hypothetical protein  33.92 
 
 		 461 aa  181  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1101  GntR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 464 aa  181  2e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4755  GntR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 457 aa  181  2.9999999999999997e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.151442  normal  0.0255466 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3748  GntR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 463 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4375  GntR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 464 aa  180  4.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3400  transcriptional regulator  32.56 
 
 		 442 aa  176  7e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.167973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1306  putative HTH-type trancriptional regulator, GntR family  27.88 
 
 		 446 aa  169  7e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.734577  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2388  GntR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 468 aa  169  1e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3760  GntR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 462 aa  166  9e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7710  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 447 aa  164  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5181  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  30.2 
 
 		 447 aa  164  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0975  transcriptional regulator  31.72 
 
 		 460 aa  164  5.0000000000000005e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.669245  normal  0.399743 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5878  transcriptional regulator  31.76 
 
 		 455 aa  163  6e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.243171 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5795  GntR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 447 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6160  GntR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 447 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6640  transcriptional regulator  30.73 
 
 		 447 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2843  transcriptional regulator  31.43 
 
 		 446 aa  160  3e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.328884 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6780  GntR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 469 aa  159  7e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.549939  normal  0.132463 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1400  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  31.19 
 
 		 464 aa  158  2e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6093  GntR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 448 aa  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.209947  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1984  GntR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 448 aa  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2173  GntR family transcriptional regulator  29 
 
 		 467 aa  150  4e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0314579  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>