More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1503 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1503  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 472 aa  951    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0921845 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1932  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  66.31 
 
 		 472 aa  618  1e-176  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.557611  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2141  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  65.03 
 
 		 472 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.196836  normal  0.113478 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2388  GntR family transcriptional regulator  59.28 
 
 		 468 aa  587  1e-166  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1897  transcriptional regulator GntR family  60.08 
 
 		 474 aa  577  1.0000000000000001e-163  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2133  GntR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 476 aa  270  2.9999999999999997e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0539  transcriptional regulator  34.26 
 
 		 462 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0353345 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6454  transcriptional regulator  32.03 
 
 		 470 aa  217  4e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.645482 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1433  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 470 aa  217  4e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.139667  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6395  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 470 aa  217  4e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2173  GntR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 467 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0314579  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0486  GntR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 474 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0484515 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1647  GntR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 467 aa  208  1e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.420905 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2317  GntR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 462 aa  207  3e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0519  GntR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 460 aa  207  3e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.481515 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0018  GntR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 467 aa  206  5e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6621  transcriptional regulator  31.37 
 
 		 480 aa  199  7e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.920064 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5391  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  30.62 
 
 		 481 aa  195  1e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1974  GntR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 514 aa  194  2e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1990  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  29.04 
 
 		 461 aa  192  8e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5339  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  30.65 
 
 		 469 aa  192  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.485061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0054  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  29.12 
 
 		 479 aa  192  1e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.38477  normal  0.137274 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1108  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  30.28 
 
 		 471 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2019  GntR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 486 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.437741 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1386  GntR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 471 aa  190  4e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7573  transcriptional regulator GntR family  30.08 
 
 		 467 aa  190  4e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.688585  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4502  transcriptional regulator  31.59 
 
 		 460 aa  185  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0157503  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5513  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  29.09 
 
 		 461 aa  184  4.0000000000000006e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.412768  decreased coverage  0.00050533 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0055  GntR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 465 aa  183  6e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.484354  hitchhiker  0.00409512 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3026  GntR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 456 aa  183  7e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0682  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  29.81 
 
 		 474 aa  182  1e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000368055 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0907  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  29.4 
 
 		 467 aa  182  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.358943  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000631  transcriptional regulator GntR family threonine metabolism  29.48 
 
 		 477 aa  182  1e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3461  GntR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 460 aa  181  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2733  GntR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 467 aa  182  2e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3748  GntR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 463 aa  180  4.999999999999999e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0279  GntR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 461 aa  180  4.999999999999999e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5234  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  28.66 
 
 		 461 aa  180  5.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.214132 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3701  GntR family transcriptional regulator  28.54 
 
 		 478 aa  179  9e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1054  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  28.22 
 
 		 467 aa  179  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.180567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2152  GntR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 465 aa  178  2e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.162886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3041  GntR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 467 aa  177  5e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3865  transcriptional regulator  28.64 
 
 		 465 aa  176  8e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3290  transcriptional regulator  28.96 
 
 		 463 aa  176  9e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.70657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3848  transcriptional regulator  29.24 
 
 		 463 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4954  GntR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 466 aa  173  5e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0243  transcriptional regulator  28.94 
 
 		 479 aa  172  9e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2483  transcriptional regulator  30.74 
 
 		 470 aa  172  1e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0358309  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6651  transcriptional regulator  28.3 
 
 		 470 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.441186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5773  transcriptional regulator  27.52 
 
 		 470 aa  171  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.272956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1101  GntR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 464 aa  170  4e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1306  putative HTH-type trancriptional regulator, GntR family  30.28 
 
 		 446 aa  171  4e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.734577  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2617  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  28.23 
 
 		 467 aa  170  5e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.29152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6146  transcriptional regulator  28.18 
 
 		 470 aa  170  7e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5806  GntR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 470 aa  169  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6017  GntR family transcriptional regulator  27.29 
 
 		 470 aa  169  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6170  GntR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 470 aa  169  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.590476  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1857  putative transcription regulator protein  31.75 
 
 		 463 aa  168  2.9999999999999998e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.532766  normal  0.0261786 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4559  transcriptional regulator  29.63 
 
 		 463 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.516829 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3954  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  28.24 
 
 		 463 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.890066  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3753  GntR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 456 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5181  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  28.79 
 
 		 447 aa  164  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6946  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  31.01 
 
 		 463 aa  163  6e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5571  transcriptional regulator  29.95 
 
 		 444 aa  163  6e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3275  transcriptional regulator  30.3 
 
 		 468 aa  163  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.589636 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3796  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  28.76 
 
 		 471 aa  161  2e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.975014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4375  GntR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 464 aa  161  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0975  transcriptional regulator  29.39 
 
 		 460 aa  159  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.669245  normal  0.399743 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0678  GntR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 465 aa  159  1e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.776198  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3856  transcriptional regulator  29.18 
 
 		 453 aa  159  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2717  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  28.39 
 
 		 463 aa  158  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3169  hypothetical protein  27.7 
 
 		 461 aa  156  7e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2371  GntR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 452 aa  156  8e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0395364  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2001  GntR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 473 aa  156  9e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.577314  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3968  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  28.76 
 
 		 464 aa  155  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2843  transcriptional regulator  29.17 
 
 		 446 aa  155  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.328884 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3799  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  28.21 
 
 		 504 aa  155  1e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0608  GntR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 478 aa  156  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.617873  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2041  GntR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 444 aa  155  1e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4044  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  28.14 
 
 		 461 aa  155  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.24687  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5795  GntR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 447 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2383  GntR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 452 aa  155  2e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.560047  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6160  GntR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 447 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2486  transcriptional regulator  26.11 
 
 		 452 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.11043  decreased coverage  0.000113199 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1406  GntR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 463 aa  154  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84949 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1976  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  27.21 
 
 		 452 aa  153  5e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0568714  hitchhiker  0.000000155342 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2134  GntR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 454 aa  152  1e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6640  transcriptional regulator  27.92 
 
 		 447 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1090  GntR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 443 aa  152  1e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1931  GntR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 466 aa  151  3e-35  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5794  GntR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 465 aa  150  4e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0227709  normal  0.15383 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4580  GntR family transcriptional regulator  30.75 
 
 		 456 aa  150  6e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4429  GntR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 466 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000708029 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3400  transcriptional regulator  29.82 
 
 		 442 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.167973  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2282  GntR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 452 aa  147  3e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5823  transcriptional regulator  27.55 
 
 		 489 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.9305  normal  0.224047 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2266  GntR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 460 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.99423 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1753  GntR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 452 aa  146  7.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.719821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7710  GntR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 447 aa  146  8.000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1833  GntR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 452 aa  145  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.218388  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>