More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1005 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1005  hypothetical protein  100 
 
 		 555 aa  1108    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0143655 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1860  hypothetical protein  39.15 
 
 		 552 aa  314  1.9999999999999998e-84  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.903101 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2883  hypothetical protein  41.18 
 
 		 530 aa  304  3.0000000000000004e-81  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0393135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2675  hypothetical protein  42.75 
 
 		 528 aa  303  5.000000000000001e-81  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0187257  normal  0.0233154 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3721  hypothetical protein  39.56 
 
 		 587 aa  291  2e-77  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0302  hypothetical protein  38.09 
 
 		 534 aa  291  2e-77  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.947471  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0312  hypothetical protein  38.09 
 
 		 534 aa  291  2e-77  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.337711 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0293  hypothetical protein  38.14 
 
 		 529 aa  281  2e-74  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.467949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4564  hypothetical protein  37.76 
 
 		 523 aa  274  4.0000000000000004e-72  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00360175  normal  0.224392 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3335  hypothetical protein  37.79 
 
 		 570 aa  268  2e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0248225 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3488  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  31.68 
 
 		 491 aa  212  1e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3411  hypothetical protein  31.77 
 
 		 500 aa  202  9.999999999999999e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0735026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1518  hypothetical protein  31.78 
 
 		 498 aa  201  3e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0214659  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0316  hypothetical protein  32.59 
 
 		 487 aa  198  3e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.719492  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0326  hypothetical protein  32.59 
 
 		 487 aa  198  3e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.173098 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1659  hypothetical protein  32.66 
 
 		 493 aa  197  4.0000000000000005e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.224804  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2856  hypothetical protein  31.06 
 
 		 493 aa  197  6e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2900  hypothetical protein  31.06 
 
 		 493 aa  197  6e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0307  hypothetical protein  32.4 
 
 		 487 aa  196  1e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.681233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2887  hypothetical protein  30.88 
 
 		 658 aa  195  2e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3686  hypothetical protein  32.1 
 
 		 484 aa  190  7e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3165  hypothetical protein  30.83 
 
 		 525 aa  185  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0565388  normal  0.0860599 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3846  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  30.28 
 
 		 486 aa  177  5e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3515  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  31.19 
 
 		 492 aa  176  9e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.395658  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3339  hypothetical protein  31.71 
 
 		 488 aa  172  2e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.196154 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4550  hypothetical protein  30.66 
 
 		 482 aa  164  3e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.288577 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0296  hypothetical protein  30.77 
 
 		 493 aa  162  2e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11847  hypothetical protein  28.94 
 
 		 487 aa  158  3e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  9.81807e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2890  hypothetical protein  29.85 
 
 		 486 aa  157  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.995147  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4545  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  30.48 
 
 		 495 aa  154  2.9999999999999998e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1095  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  28 
 
 		 482 aa  131  3e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3368  flavocytochrome c  24.18 
 
 		 519 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0344  flavocytochrome c flavin subunit, putative  25 
 
 		 519 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.892888 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1530  flavocytochrome c  24.23 
 
 		 464 aa  127  5e-28  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000593943  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4309  flavocytochrome c  25.46 
 
 		 598 aa  121  3e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000651715  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0773  hypothetical protein  26.22 
 
 		 542 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000153715  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3058  flavocytochrome c flavin subunit, putative  25.9 
 
 		 517 aa  117  5e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1037  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  28.71 
 
 		 463 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.192722  normal  0.0849595 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1489  flavocytochrome c  26.58 
 
 		 517 aa  115  3e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.803318 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4036  flavocytochrome c  24.44 
 
 		 598 aa  115  3e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3299  flavocytochrome c  24.53 
 
 		 597 aa  114  4.0000000000000004e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1226  fumarate reductase flavoprotein subunit  22.78 
 
 		 502 aa  114  4.0000000000000004e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00121043  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3495  flavocytochrome c  25 
 
 		 925 aa  113  9e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2432  flavocytochrome c  25.57 
 
 		 517 aa  113  9e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.77876  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3625  flavocytochrome c  24.25 
 
 		 596 aa  113  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2281  flavocytochrome c  25.09 
 
 		 519 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4127  flavocytochrome c  24.25 
 
 		 598 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.431024 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3541  flavocytochrome c  25.65 
 
 		 589 aa  111  3e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000144139  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0943  flavocytochrome c  23.8 
 
 		 517 aa  109  1e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3597  flavocytochrome c  25 
 
 		 591 aa  108  2e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0810  flavocytochrome c  22.65 
 
 		 589 aa  109  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2727  putative succinate dehydrogenase  28.71 
 
 		 569 aa  109  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2381  NADH:flavin oxidoreductase/fumarate reductase, flavoprotein subunit, putative  24.29 
 
 		 1005 aa  105  3e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1298  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  26.79 
 
 		 569 aa  104  3e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.306259  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11650  flavocytochrome c  23.47 
 
 		 504 aa  105  3e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0848  fumarate reductase, flavoprotein subunit  22.86 
 
 		 457 aa  104  4e-21  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000988882  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4061  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  26.13 
 
 		 476 aa  104  4e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3126  flavocytochrome c  23.55 
 
 		 925 aa  104  5e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2466  flavocytochrome c  23.42 
 
 		 599 aa  103  6e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4243  3-ketosteroid-delta-1-dehydrogenase  25.91 
 
 		 601 aa  103  6e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04200  succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein subunit  25.3 
 
 		 481 aa  102  1e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.906237  normal  0.517886 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0694  fumarate reductase, flavoprotein subunit precursor  24.19 
 
 		 584 aa  101  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0970  fumarate reductase flavoprotein subunit precursor  24.73 
 
 		 596 aa  101  4e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0124  Succinate dehydrogenase  24.01 
 
 		 497 aa  100  6e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1580  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like  24.68 
 
 		 550 aa  100  7e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2586  flavocytochrome c  23.4 
 
 		 588 aa  98.2  4e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.110511  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3318  flavocytochrome c  24.19 
 
 		 596 aa  97.8  4e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.5959  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4671  putative 3-oxosteroid 1-dehydrogenase  26.83 
 
 		 577 aa  97.8  5e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2896  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  26.96 
 
 		 588 aa  97.4  6e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.217438  hitchhiker  0.000124211 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0905  flavocytochrome c  24.37 
 
 		 597 aa  97.1  8e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.604755  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2704  putative FAD-binding dehydrogenase  27.59 
 
 		 582 aa  97.1  8e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.900801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3505  flavocytochrome c  24.55 
 
 		 596 aa  97.1  9e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3628  flavocytochrome c  24.55 
 
 		 596 aa  97.1  9e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0859  flavocytochrome c  24.55 
 
 		 596 aa  97.1  9e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3433  flavocytochrome c  24.55 
 
 		 596 aa  97.1  9e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3215  flavocytochrome c  24.01 
 
 		 596 aa  96.3  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.57421 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7441  putative FAD-binding dehydrogenase  26.69 
 
 		 598 aa  96.3  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.590013  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3768  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like  26.57 
 
 		 460 aa  95.5  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0808  flavocytochrome c  24.01 
 
 		 596 aa  95.9  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.587828  normal  0.0624147 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1445  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  23.29 
 
 		 493 aa  95.5  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000784469 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0203  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  26.2 
 
 		 470 aa  95.5  2e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2731  putative flavoprotein subunit of a reductase  24.53 
 
 		 507 aa  95.9  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.620849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0340  flavocytochrome c  23.3 
 
 		 500 aa  94.7  4e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3521  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  28.15 
 
 		 559 aa  94.4  5e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2427  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  26.46 
 
 		 599 aa  92.8  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.250716 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4911  putative FAD-binding dehydrogenase  26.43 
 
 		 578 aa  93.2  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.855718  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2625  flavocytochrome c  22.51 
 
 		 957 aa  93.2  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.809387  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3768  flavocytochrome c  22.5 
 
 		 515 aa  92.8  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.226332  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0722  flavocytochrome c  24.47 
 
 		 596 aa  91.7  3e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0511  flavocytochrome c  21.94 
 
 		 510 aa  92  3e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3112  flavocytochrome c  24.47 
 
 		 596 aa  92  3e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000541974 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6094  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  25.54 
 
 		 589 aa  91.7  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00173054  normal  0.263538 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3776  flavocytochrome c  24.71 
 
 		 596 aa  91.3  4e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00235124 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30250  putative FAD-binding dehydrogenase  27.7 
 
 		 572 aa  90.5  8e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0508  putative dehydrogenase flavoprotein  25.25 
 
 		 560 aa  89.7  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.890159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2403  3-ketosteroid-delta-1-dehydrogenase  26.69 
 
 		 604 aa  89.7  1e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3690  flavocytochrome c  23.89 
 
 		 583 aa  89  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2865  3-ketosteroid-delta-1-dehydrogenase  27.64 
 
 		 513 aa  89.4  2e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.417281  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2605  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  27.57 
 
 		 562 aa  87.8  4e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.800932  normal  0.0451497 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2401  flavocytochrome c flavin subunit  25.58 
 
 		 505 aa  87.8  5e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>