More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3335 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3335  hypothetical protein  100 
 
 
570 aa  1132    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0248225 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3721  hypothetical protein  57.01 
 
 
587 aa  570  1e-161  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1860  hypothetical protein  43.83 
 
 
552 aa  374  1e-102  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.903101 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0302  hypothetical protein  40.93 
 
 
534 aa  344  2e-93  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.947471  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0312  hypothetical protein  40.93 
 
 
534 aa  344  2e-93  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.337711 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2883  hypothetical protein  44.36 
 
 
530 aa  341  2e-92  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0393135  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0293  hypothetical protein  40.68 
 
 
529 aa  337  3.9999999999999995e-91  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.467949  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2675  hypothetical protein  42.86 
 
 
528 aa  333  5e-90  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0187257  normal  0.0233154 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4564  hypothetical protein  41.68 
 
 
523 aa  328  1.0000000000000001e-88  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00360175  normal  0.224392 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1005  hypothetical protein  38.9 
 
 
555 aa  304  3.0000000000000004e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0143655 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3488  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  31.14 
 
 
491 aa  184  4.0000000000000006e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3411  hypothetical protein  29.88 
 
 
500 aa  179  2e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0735026  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1518  hypothetical protein  30.74 
 
 
498 aa  172  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0214659  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3686  hypothetical protein  29.49 
 
 
484 aa  173  1e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0316  hypothetical protein  31.74 
 
 
487 aa  171  4e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.719492  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0326  hypothetical protein  31.74 
 
 
487 aa  171  4e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.173098 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0307  hypothetical protein  31.56 
 
 
487 aa  169  2e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.681233  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3846  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  31.68 
 
 
486 aa  166  8e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1659  hypothetical protein  29.3 
 
 
493 aa  163  7e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.224804  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2856  hypothetical protein  29.06 
 
 
493 aa  162  2e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2900  hypothetical protein  29.06 
 
 
493 aa  162  2e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2887  hypothetical protein  29.42 
 
 
658 aa  162  2e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3165  hypothetical protein  29.8 
 
 
525 aa  159  1e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0565388  normal  0.0860599 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0773  hypothetical protein  31.08 
 
 
542 aa  153  8.999999999999999e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000153715  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4550  hypothetical protein  31.62 
 
 
482 aa  153  8.999999999999999e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.288577 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3515  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  30.36 
 
 
492 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.395658  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3339  hypothetical protein  29.12 
 
 
488 aa  149  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.196154 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11847  hypothetical protein  30.13 
 
 
487 aa  148  3e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  9.81807e-16  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2727  putative succinate dehydrogenase  30.41 
 
 
569 aa  136  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2890  hypothetical protein  30.96 
 
 
486 aa  136  9.999999999999999e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.995147  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4545  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  28.66 
 
 
495 aa  135  1.9999999999999998e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4718  3-ketosteroid-delta-1-dehydrogenase  29.03 
 
 
564 aa  130  5.0000000000000004e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.329428 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2896  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  29.53 
 
 
588 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.217438  hitchhiker  0.000124211 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1298  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  26.63 
 
 
569 aa  125  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.306259  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2125  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  26.17 
 
 
587 aa  121  3e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.401658  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20340  putative succinate dehydrogenase  28.28 
 
 
581 aa  120  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.78266  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3732  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  26.83 
 
 
568 aa  119  9.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2704  putative FAD-binding dehydrogenase  29.41 
 
 
582 aa  119  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.900801  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4662  3-ketosteroid-delta-1-dehydrogenase  26.87 
 
 
563 aa  117  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4750  3-ketosteroid-delta-1-dehydrogenase  26.87 
 
 
563 aa  117  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.309954  normal  0.275452 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5045  3-ketosteroid-delta-1-dehydrogenase  26.7 
 
 
563 aa  117  7.999999999999999e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.972653 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30250  putative FAD-binding dehydrogenase  28.81 
 
 
572 aa  115  3e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3320  3-ketosteroid-delta-1-dehydrogenase  27.99 
 
 
564 aa  114  4.0000000000000004e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1792  3-oxosteroid 1-dehydrogenase  26.84 
 
 
563 aa  114  7.000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.157211  normal  0.304525 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2695  putative succinate dehydrogenase  28.13 
 
 
570 aa  114  7.000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.313398 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2432  flavocytochrome c  25.34 
 
 
517 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.77876  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3848  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  28.24 
 
 
571 aa  112  2.0000000000000002e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0945  Succinate dehydrogenase  31.13 
 
 
511 aa  111  3e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3368  flavocytochrome c  23.17 
 
 
519 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3299  flavocytochrome c  28.62 
 
 
597 aa  110  9.000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1530  flavocytochrome c  24.59 
 
 
464 aa  109  1e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000593943  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2710  putative succinate dehydrogenase  27.24 
 
 
568 aa  109  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.228165  normal  0.454137 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0344  flavocytochrome c flavin subunit, putative  22.8 
 
 
519 aa  108  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.892888 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2466  flavocytochrome c  24.73 
 
 
599 aa  109  2e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1489  flavocytochrome c  24.54 
 
 
517 aa  108  3e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.803318 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3387  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  22.94 
 
 
557 aa  105  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1519  3-ketosteroid-delta-1-dehydrogenase  26.06 
 
 
570 aa  105  2e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3625  flavocytochrome c  24.95 
 
 
596 aa  105  3e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1157  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  24.48 
 
 
556 aa  105  3e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3058  flavocytochrome c flavin subunit, putative  24.03 
 
 
517 aa  104  5e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5237  3-ketosteroid-delta-1-dehydrogenase  26.47 
 
 
560 aa  102  1e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.466642 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2787  twin-arginine translocation pathway signal  23.64 
 
 
553 aa  102  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.161431 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3536  flavocytochrome c  25.84 
 
 
506 aa  102  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0943  flavocytochrome c  25.8 
 
 
517 aa  102  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2868  3-ketosteroid-delta-1-dehydrogenase  27.17 
 
 
558 aa  102  2e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.22099  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3181  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  23.43 
 
 
555 aa  102  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.449651  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6873  3-ketosteroid-delta-1-dehydrogenase  25.54 
 
 
569 aa  101  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.901911  normal  0.6243 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0256  flavocytochrome c  24.58 
 
 
506 aa  102  3e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4036  flavocytochrome c  24.59 
 
 
598 aa  101  4e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0107  flavocytochrome c  29.39 
 
 
605 aa  101  4e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5210  3-ketosteroid-delta-1-dehydrogenase  29.2 
 
 
517 aa  101  4e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.247495 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2381  NADH:flavin oxidoreductase/fumarate reductase, flavoprotein subunit, putative  30.34 
 
 
1005 aa  101  5e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0275  flavocytochrome c  24.31 
 
 
506 aa  100  5e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000326146 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2533  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  24.16 
 
 
555 aa  100  6e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13570  3-ketosteroid-delta-1-dehydrogenase  26.27 
 
 
563 aa  100  8e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000282742 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0768  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  32.69 
 
 
550 aa  100  9e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2153  flavocytochrome c  24.75 
 
 
506 aa  100  9e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0615938 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3215  flavocytochrome c  25.04 
 
 
596 aa  99  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.57421 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0049  fumarate reductase flavoprotein subunit  33.11 
 
 
616 aa  99  2e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00375543  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2780  3-ketosteroid-delta-1-dehydrogenase  28.28 
 
 
564 aa  99.4  2e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.386374  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4911  putative FAD-binding dehydrogenase  27.18 
 
 
578 aa  98.2  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.855718  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2230  flavocytochrome c  24.58 
 
 
506 aa  97.8  4e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.158762 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5492  putative succinate dehydrogenase  24.75 
 
 
567 aa  97.8  5e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4309  flavocytochrome c  28.87 
 
 
598 aa  97.4  6e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000651715  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2747  putative succinate dehydrogenase  27.26 
 
 
572 aa  97.1  7e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.402844 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1095  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  27.08 
 
 
482 aa  97.1  8e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3318  flavocytochrome c  24.87 
 
 
596 aa  97.1  9e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.5959  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10160  flavocytochrome c  29.05 
 
 
603 aa  96.7  9e-19  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.23612  normal  0.0211586 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4671  putative 3-oxosteroid 1-dehydrogenase  26.57 
 
 
577 aa  96.3  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0287  3-ketosteroid-delta-1-dehydrogenase  34.15 
 
 
514 aa  96.3  1e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.205707  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0297  3-ketosteroid-delta-1-dehydrogenase  34.15 
 
 
514 aa  96.3  1e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.374229 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0278  3-ketosteroid-delta-1-dehydrogenase  34.15 
 
 
514 aa  96.3  1e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.198959  normal  0.93633 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3897  flavocytochrome c  25.35 
 
 
506 aa  95.9  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.513243  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3597  flavocytochrome c  31.23 
 
 
591 aa  95.5  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6102  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  27.26 
 
 
581 aa  95.9  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.113124  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2605  putative succinate dehydrogenase  27.56 
 
 
571 aa  96.3  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.265351 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0970  fumarate reductase flavoprotein subunit precursor  24.52 
 
 
596 aa  95.1  3e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4127  flavocytochrome c  23.86 
 
 
598 aa  95.1  3e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.431024 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2281  flavocytochrome c  23.24 
 
 
519 aa  95.1  3e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3626  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  25.93 
 
 
561 aa  94.7  4e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>