175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_28650 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_28650  oligoribonuclease (3'->5' exoribonuclease)  100 
 
 		 202 aa  409  1e-113  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0552434 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1056  oligoribonuclease  80.93 
 
 		 208 aa  323  1e-87  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0686541  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1782  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  71.78 
 
 		 212 aa  305  4.0000000000000004e-82  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00227296  normal  0.108646 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12533  oligoribonuclease  72.59 
 
 		 215 aa  302  2.0000000000000002e-81  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601507 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1339  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  73.6 
 
 		 198 aa  301  6.000000000000001e-81  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4100  oligoribonuclease  71 
 
 		 214 aa  296  1e-79  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0350683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2543  oligoribonuclease  71.79 
 
 		 214 aa  292  2e-78  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.253552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1017  oligoribonuclease  69.39 
 
 		 196 aa  291  6e-78  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.105148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1126  oligoribonuclease  69.9 
 
 		 198 aa  290  8e-78  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.499716  normal  0.391456 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2012  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  75.82 
 
 		 194 aa  289  2e-77  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3640  oligoribonuclease  73.6 
 
 		 215 aa  289  2e-77  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00635145  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3713  oligoribonuclease  73.6 
 
 		 215 aa  289  2e-77  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.189526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3645  oligoribonuclease  73.6 
 
 		 215 aa  289  2e-77  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.710746 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1649  oligoribonuclease  68.37 
 
 		 269 aa  279  3e-74  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.554791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1466  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  70.88 
 
 		 225 aa  275  3e-73  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1425  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  69.31 
 
 		 191 aa  266  2e-70  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.191409  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1040  oligoribonuclease  65.46 
 
 		 250 aa  263  1e-69  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.221334 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7676  putative oligoribonuclease; K01175  64.97 
 
 		 200 aa  260  8.999999999999999e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0564  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  62.87 
 
 		 216 aa  257  7e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.686303  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1254  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  67.91 
 
 		 204 aa  257  1e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5510  oligoribonuclease  67.03 
 
 		 210 aa  256  2e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15717  normal  0.933486 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2680  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  67.2 
 
 		 198 aa  255  3e-67  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24870  oligoribonuclease (3'->5' exoribonuclease)  59.39 
 
 		 220 aa  250  1e-65  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.82834 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1351  oligoribonuclease  62.18 
 
 		 222 aa  248  5e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2269  oligoribonuclease  63.44 
 
 		 213 aa  247  7e-65  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3716  oligoribonuclease  61.66 
 
 		 206 aa  245  3e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.952269  normal  0.0463679 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5970  oligoribonuclease  65.99 
 
 		 213 aa  239  2e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2435  oligoribonuclease  58 
 
 		 211 aa  239  2e-62  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0500585  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2185  oligoribonuclease  56.28 
 
 		 208 aa  238  5.999999999999999e-62  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000203098 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0907  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  57.29 
 
 		 222 aa  236  1e-61  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.206307  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19630  N-acyl-D-glucosamine 2-epimerase  57.73 
 
 		 634 aa  235  3e-61  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0180286  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1343  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  61.62 
 
 		 229 aa  233  2.0000000000000002e-60  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.801458  hitchhiker  0.000880887 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08840  oligoribonuclease (3'->5' exoribonuclease)  60.31 
 
 		 223 aa  229  2e-59  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0178877  normal  0.0713087 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1083  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  60.66 
 
 		 212 aa  228  3e-59  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00161655  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2655  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  57.87 
 
 		 235 aa  228  3e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.785262 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1081  exonuclease  51.3 
 
 		 235 aa  211  3.9999999999999995e-54  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09680  oligoribonuclease (3'->5' exoribonuclease)  54.08 
 
 		 208 aa  206  2e-52  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.508062  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5181  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  54.55 
 
 		 187 aa  196  1.0000000000000001e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1900  oligoribonuclease  50 
 
 		 216 aa  194  7e-49  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0863  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  50.84 
 
 		 188 aa  192  3e-48  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.859258  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0633  oligoribonuclease  48.6 
 
 		 184 aa  177  1e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.840198  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0539  oligoribonuclease  52.3 
 
 		 181 aa  176  2e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0778  oligoribonuclease  50.57 
 
 		 207 aa  174  7e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.101637 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0564  oligoribonuclease  47.73 
 
 		 178 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3335  oligoribonuclease  48.3 
 
 		 179 aa  172  1.9999999999999998e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.475979  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4950  oligoribonuclease  47.73 
 
 		 178 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0907  oligoribonuclease  49.72 
 
 		 210 aa  171  5.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0559  oligoribonuclease  47.43 
 
 		 181 aa  171  5.999999999999999e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.143761  normal  0.198605 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0225  oligoribonuclease  49.72 
 
 		 183 aa  171  7.999999999999999e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0254555  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2574  oligoribonuclease  50.29 
 
 		 205 aa  170  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0811  oligoribonuclease  48.85 
 
 		 193 aa  169  2e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0543642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1552  oligoribonuclease  50.56 
 
 		 195 aa  169  3e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145931  normal  0.275073 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4192  oligoribonuclease  48.86 
 
 		 206 aa  169  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.872573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0790  oligoribonuclease  47.16 
 
 		 181 aa  169  3e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0246544  hitchhiker  0.00115856 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1734  oligoribonuclease  50.57 
 
 		 195 aa  168  4e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0026371  normal  0.333729 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1670  oligoribonuclease  48.11 
 
 		 229 aa  168  6e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.904673  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1959  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  44.79 
 
 		 194 aa  168  6e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.552747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2320  oligoribonuclease Orn  44.79 
 
 		 194 aa  168  6e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0392  oligoribonuclease  49.73 
 
 		 201 aa  167  8e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.484174  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2535  oligoribonuclease  49.73 
 
 		 201 aa  167  8e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.391495  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0908  oligoribonuclease  49.73 
 
 		 201 aa  167  8e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2848  oligoribonuclease  49.73 
 
 		 201 aa  167  8e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0239  oligoribonuclease  49.73 
 
 		 201 aa  167  8e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2958  oligoribonuclease  49.73 
 
 		 229 aa  167  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2743  oligoribonuclease  47.7 
 
 		 181 aa  167  1e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000147297  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5680  oligoribonuclease  48.24 
 
 		 180 aa  167  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04032  oligoribonuclease  49.13 
 
 		 181 aa  166  2e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000706599  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  49.13 
 
 		 181 aa  166  2e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000318857  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4633  oligoribonuclease  49.13 
 
 		 181 aa  166  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000387491  normal  0.0592166 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3848  oligoribonuclease  49.13 
 
 		 181 aa  166  2e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000498222  hitchhiker  0.0000133205 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03994  hypothetical protein  49.13 
 
 		 181 aa  166  2e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000413347  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65410  oligoribonuclease  48.24 
 
 		 180 aa  166  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.134577  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4694  oligoribonuclease  49.13 
 
 		 181 aa  166  2e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  4.76072e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4403  oligoribonuclease  49.13 
 
 		 181 aa  166  2e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000656326  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4719  oligoribonuclease  49.13 
 
 		 181 aa  166  2e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000375023  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0942  oligoribonuclease  47.74 
 
 		 219 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.012478 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3212  oligoribonuclease  46.02 
 
 		 181 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00278248  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1994  oligoribonuclease  48.82 
 
 		 182 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0106356  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3547  oligoribonuclease  46.59 
 
 		 181 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.941773  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2908  oligoribonuclease  49.19 
 
 		 201 aa  165  4e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.4726  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00551  oligoribonuclease  46.29 
 
 		 181 aa  164  5.9999999999999996e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.675487  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4379  oligoribonuclease  46.29 
 
 		 181 aa  164  8e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0592  oligoribonuclease  47.16 
 
 		 181 aa  164  9e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1700  oligoribonuclease  49.71 
 
 		 187 aa  164  9e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104292  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2776  oligoribonuclease  44.32 
 
 		 180 aa  164  9e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0551  oligoribonuclease  47.73 
 
 		 181 aa  164  9e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000104193  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3774  oligoribonuclease  47.73 
 
 		 181 aa  164  9e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00192179  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3900  oligoribonuclease  47.73 
 
 		 181 aa  164  9e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00262855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5678  oligoribonuclease  48.55 
 
 		 181 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000295119  normal  0.99134 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1473  oligoribonuclease  49.43 
 
 		 183 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.777714  normal  0.355719 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1016  oligoribonuclease  45.79 
 
 		 207 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0586  oligoribonuclease  48.24 
 
 		 184 aa  164  1.0000000000000001e-39  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.51167  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002252  oligoribonuclease  46.86 
 
 		 181 aa  164  1.0000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000410797  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07470  oligoribonuclease  49.12 
 
 		 180 aa  163  1.0000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2638  oligoribonuclease  46.59 
 
 		 185 aa  163  1.0000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0115664  hitchhiker  0.0000000947663 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2225  oligoribonuclease  50 
 
 		 211 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0954  oligoribonuclease  47.62 
 
 		 206 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1078  oligoribonuclease  47.62 
 
 		 206 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.783759  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0958  oligoribonuclease  47.62 
 
 		 206 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.8305 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3753  oligoribonuclease  48.85 
 
 		 180 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>