180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_0564 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_0564  oligoribonuclease  100 
 
 		 178 aa  372  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4950  oligoribonuclease  96.63 
 
 		 178 aa  363  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5680  oligoribonuclease  84.92 
 
 		 180 aa  320  5e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65410  oligoribonuclease  84.92 
 
 		 180 aa  320  6e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.134577  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4693  oligoribonuclease  83.8 
 
 		 180 aa  319  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4902  oligoribonuclease  83.8 
 
 		 180 aa  318  3e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4778  oligoribonuclease  83.8 
 
 		 180 aa  318  3e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.89409  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4954  oligoribonuclease  83.24 
 
 		 180 aa  316  1e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.445881 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0515  oligoribonuclease  80.45 
 
 		 180 aa  306  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.460562  normal  0.421617 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07470  oligoribonuclease  76.54 
 
 		 180 aa  287  5.0000000000000004e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0628  oligoribonuclease  73.74 
 
 		 180 aa  278  2e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1502  oligoribonuclease  69.49 
 
 		 193 aa  256  1e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.678384 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4633  oligoribonuclease  68.36 
 
 		 181 aa  253  7e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000387491  normal  0.0592166 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04032  oligoribonuclease  68.36 
 
 		 181 aa  253  7e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000706599  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  68.36 
 
 		 181 aa  253  7e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000318857  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4694  oligoribonuclease  68.36 
 
 		 181 aa  253  7e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  4.76072e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03994  hypothetical protein  68.36 
 
 		 181 aa  253  7e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000413347  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3848  oligoribonuclease  68.36 
 
 		 181 aa  253  7e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000498222  hitchhiker  0.0000133205 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4403  oligoribonuclease  68.36 
 
 		 181 aa  253  7e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000656326  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4719  oligoribonuclease  68.36 
 
 		 181 aa  253  7e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000375023  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0539  oligoribonuclease  67.98 
 
 		 181 aa  253  1.0000000000000001e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0708  oligoribonuclease  66.85 
 
 		 181 aa  253  1.0000000000000001e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.367398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5678  oligoribonuclease  68.36 
 
 		 181 aa  252  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000295119  normal  0.99134 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3661  oligoribonuclease  66.85 
 
 		 181 aa  252  2.0000000000000002e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474416  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3808  oligoribonuclease  66.85 
 
 		 181 aa  252  2.0000000000000002e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000372044  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2676  oligoribonuclease  68.97 
 
 		 181 aa  251  4.0000000000000004e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4768  oligoribonuclease  66.67 
 
 		 181 aa  249  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.198283  normal  0.0613691 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4747  oligoribonuclease  66.67 
 
 		 181 aa  249  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00828868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4619  oligoribonuclease  66.67 
 
 		 181 aa  249  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0225  oligoribonuclease  68.97 
 
 		 183 aa  249  1e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0254555  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4628  oligoribonuclease  66.67 
 
 		 181 aa  249  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000013917  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4711  oligoribonuclease  66.67 
 
 		 181 aa  249  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.036759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0348  oligoribonuclease  67.23 
 
 		 181 aa  249  1e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000355346  unclonable  0.00000209228 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2743  oligoribonuclease  68.93 
 
 		 181 aa  249  1e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000147297  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0387  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  66.48 
 
 		 180 aa  249  2e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146575  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00112  oligoribonuclease  68.57 
 
 		 181 aa  248  2e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002252  oligoribonuclease  67.43 
 
 		 181 aa  248  4e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000410797  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3753  oligoribonuclease  65.36 
 
 		 180 aa  247  5e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0476  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  65.92 
 
 		 180 aa  247  7e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.459407  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0424  oligoribonuclease  65.54 
 
 		 181 aa  246  9e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000286047  hitchhiker  0.000000586556 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2776  oligoribonuclease  67.04 
 
 		 180 aa  246  1e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3931  oligoribonuclease  65.36 
 
 		 180 aa  246  1e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1552  oligoribonuclease  63.48 
 
 		 195 aa  244  3e-64  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145931  normal  0.275073 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1734  oligoribonuclease  62.92 
 
 		 195 aa  244  4e-64  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0026371  normal  0.333729 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1566  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  66.86 
 
 		 183 aa  243  9e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2797  oligoribonuclease  65.17 
 
 		 187 aa  242  1.9999999999999999e-63  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2666  oligoribonuclease  65.17 
 
 		 187 aa  242  1.9999999999999999e-63  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1080  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  66.67 
 
 		 181 aa  242  3e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3335  oligoribonuclease  62.71 
 
 		 179 aa  241  5e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.475979  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1847  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  63.28 
 
 		 188 aa  240  6e-63  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0353601 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1994  oligoribonuclease  64.04 
 
 		 182 aa  240  9e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0106356  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00551  oligoribonuclease  63.22 
 
 		 181 aa  239  1e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.675487  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1270  oligoribonuclease  66.47 
 
 		 187 aa  240  1e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.768994  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2574  oligoribonuclease  60.34 
 
 		 205 aa  239  2e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0592  oligoribonuclease  62.71 
 
 		 181 aa  238  2.9999999999999997e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3212  oligoribonuclease  63.79 
 
 		 181 aa  238  4e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00278248  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1100  oligoribonuclease  63.64 
 
 		 184 aa  238  4e-62  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0275698  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0591  oligoribonuclease  63.22 
 
 		 181 aa  238  4e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.886614  hitchhiker  0.000123281 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3439  oligoribonuclease  63.22 
 
 		 181 aa  238  4e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.704694  normal  0.790409 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0341  oligoribonuclease  63.84 
 
 		 183 aa  237  5e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.828352  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0633  oligoribonuclease  60.56 
 
 		 184 aa  236  2e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.840198  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0590  oligoribonuclease  62.07 
 
 		 181 aa  235  2e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000254654 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1839  oligoribonuclease  62.15 
 
 		 182 aa  235  3e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2783  oligoribonuclease  63.43 
 
 		 181 aa  234  5.0000000000000005e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0811  oligoribonuclease  61.24 
 
 		 193 aa  234  5.0000000000000005e-61  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0543642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3481  oligoribonuclease  60 
 
 		 181 aa  233  8e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.122162  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3287  oligoribonuclease  61.58 
 
 		 181 aa  233  8e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.161862  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3717  oligoribonuclease  62.07 
 
 		 181 aa  233  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.624227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0907  oligoribonuclease  59.22 
 
 		 210 aa  233  1.0000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0586  oligoribonuclease  60.67 
 
 		 184 aa  233  1.0000000000000001e-60  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.51167  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2968  oligoribonuclease  59.44 
 
 		 203 aa  233  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.139128  normal  0.188792 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0942  oligoribonuclease  59.55 
 
 		 219 aa  232  2.0000000000000002e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.012478 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3900  oligoribonuclease  62.07 
 
 		 181 aa  232  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00262855  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3032  oligoribonuclease  61.02 
 
 		 181 aa  232  2.0000000000000002e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.102944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0551  oligoribonuclease  62.07 
 
 		 181 aa  232  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000104193  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3774  oligoribonuclease  62.07 
 
 		 181 aa  232  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00192179  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0559  oligoribonuclease  62.71 
 
 		 181 aa  231  3e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.143761  normal  0.198605 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2638  oligoribonuclease  61.27 
 
 		 185 aa  231  3e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0115664  hitchhiker  0.0000000947663 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1016  oligoribonuclease  58.89 
 
 		 207 aa  231  4.0000000000000004e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0985  oligoribonuclease  60.45 
 
 		 187 aa  231  5e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3547  oligoribonuclease  62.21 
 
 		 181 aa  231  5e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.941773  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1670  oligoribonuclease  60 
 
 		 229 aa  230  9e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.904673  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4192  oligoribonuclease  60 
 
 		 206 aa  229  2e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.872573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2426  oligoribonuclease  62.79 
 
 		 190 aa  228  3e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.471024  normal  0.142908 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3317  oligoribonuclease  58.76 
 
 		 181 aa  228  4e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000232212  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0778  oligoribonuclease  61.14 
 
 		 207 aa  228  4e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.101637 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2911  oligoribonuclease  62.15 
 
 		 191 aa  227  5e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4178  oligoribonuclease  61.58 
 
 		 181 aa  227  7e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4379  oligoribonuclease  60.45 
 
 		 181 aa  227  8e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0790  oligoribonuclease  59.89 
 
 		 181 aa  224  4e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0246544  hitchhiker  0.00115856 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1473  oligoribonuclease  57.87 
 
 		 183 aa  224  5.0000000000000005e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.777714  normal  0.355719 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0813  oligoribonuclease  61.24 
 
 		 219 aa  222  2e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.526826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2225  oligoribonuclease  61.11 
 
 		 211 aa  221  4e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0884  oligoribonuclease  61.24 
 
 		 215 aa  221  4.9999999999999996e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.373133 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0954  oligoribonuclease  59.44 
 
 		 206 aa  220  9e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0958  oligoribonuclease  59.44 
 
 		 206 aa  220  9e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.8305 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1037  oligoribonuclease  60.56 
 
 		 206 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0599  oligoribonuclease  60.56 
 
 		 206 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.62121  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1078  oligoribonuclease  60.56 
 
 		 206 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.783759  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00920  oligoribonuclease  60.57 
 
 		 194 aa  218  3.9999999999999997e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0529998  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>