174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_1466 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_1466  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 		 225 aa  456  1e-127  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1056  oligoribonuclease  71.28 
 
 		 208 aa  290  1e-77  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0686541  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1782  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  67.68 
 
 		 212 aa  288  6e-77  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00227296  normal  0.108646 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2543  oligoribonuclease  69.43 
 
 		 214 aa  284  9e-76  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.253552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1017  oligoribonuclease  70.83 
 
 		 196 aa  282  2.0000000000000002e-75  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.105148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1126  oligoribonuclease  69.79 
 
 		 198 aa  281  4.0000000000000003e-75  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.499716  normal  0.391456 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4100  oligoribonuclease  67.36 
 
 		 214 aa  281  7.000000000000001e-75  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0350683  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28650  oligoribonuclease (3'->5' exoribonuclease)  70.88 
 
 		 202 aa  275  3e-73  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0552434 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3640  oligoribonuclease  67.36 
 
 		 215 aa  272  3e-72  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00635145  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3713  oligoribonuclease  67.36 
 
 		 215 aa  272  3e-72  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.189526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3645  oligoribonuclease  67.36 
 
 		 215 aa  272  3e-72  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.710746 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12533  oligoribonuclease  63.73 
 
 		 215 aa  265  5.999999999999999e-70  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601507 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5510  oligoribonuclease  68.85 
 
 		 210 aa  260  1e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15717  normal  0.933486 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1339  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  66.31 
 
 		 198 aa  258  5.0000000000000005e-68  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2012  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  67.6 
 
 		 194 aa  257  1e-67  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1425  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  69.68 
 
 		 191 aa  257  1e-67  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.191409  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1040  oligoribonuclease  60.54 
 
 		 250 aa  256  2e-67  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.221334 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7676  putative oligoribonuclease; K01175  63.73 
 
 		 200 aa  245  4e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1649  oligoribonuclease  61.46 
 
 		 269 aa  245  4.9999999999999997e-64  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.554791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1254  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  63.19 
 
 		 204 aa  243  3e-63  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2269  oligoribonuclease  57.6 
 
 		 213 aa  240  1e-62  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0564  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  56.68 
 
 		 216 aa  239  2e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.686303  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2655  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  60.94 
 
 		 235 aa  238  6.999999999999999e-62  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.785262 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1083  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  64.44 
 
 		 212 aa  238  8e-62  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00161655  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2680  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  62.64 
 
 		 198 aa  237  1e-61  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24870  oligoribonuclease (3'->5' exoribonuclease)  59.07 
 
 		 220 aa  231  5e-60  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.82834 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2185  oligoribonuclease  56.28 
 
 		 208 aa  231  8.000000000000001e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000203098 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0907  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  57.14 
 
 		 222 aa  229  2e-59  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.206307  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5970  oligoribonuclease  58.74 
 
 		 213 aa  229  3e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1351  oligoribonuclease  55.66 
 
 		 222 aa  229  3e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2435  oligoribonuclease  56.92 
 
 		 211 aa  228  5e-59  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0500585  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3716  oligoribonuclease  59.69 
 
 		 206 aa  227  9e-59  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.952269  normal  0.0463679 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08840  oligoribonuclease (3'->5' exoribonuclease)  59.49 
 
 		 223 aa  224  7e-58  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0178877  normal  0.0713087 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19630  N-acyl-D-glucosamine 2-epimerase  57.89 
 
 		 634 aa  224  9e-58  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0180286  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1343  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  57.61 
 
 		 229 aa  216  2e-55  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.801458  hitchhiker  0.000880887 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1081  exonuclease  52.82 
 
 		 235 aa  215  5e-55  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1900  oligoribonuclease  50.51 
 
 		 216 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09680  oligoribonuclease (3'->5' exoribonuclease)  51.27 
 
 		 208 aa  194  8.000000000000001e-49  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.508062  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0633  oligoribonuclease  52.51 
 
 		 184 aa  189  2.9999999999999997e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.840198  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5181  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  53.71 
 
 		 187 aa  186  4e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2574  oligoribonuclease  54.29 
 
 		 205 aa  184  7e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0225  oligoribonuclease  54.14 
 
 		 183 aa  184  7e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0254555  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0942  oligoribonuclease  49.75 
 
 		 219 aa  181  9.000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.012478 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3335  oligoribonuclease  51.12 
 
 		 179 aa  180  1e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.475979  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0907  oligoribonuclease  53.07 
 
 		 210 aa  180  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0863  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  51.72 
 
 		 188 aa  176  2e-43  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.859258  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1893  oligoribonuclease  52.27 
 
 		 193 aa  176  2e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.53221  normal  0.982216 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1270  oligoribonuclease  51.15 
 
 		 187 aa  175  6e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.768994  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1552  oligoribonuclease  50.57 
 
 		 195 aa  173  1.9999999999999998e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145931  normal  0.275073 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1483  oligoribonuclease  49.72 
 
 		 198 aa  173  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0135513  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4950  oligoribonuclease  51.16 
 
 		 178 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4379  oligoribonuclease  46.41 
 
 		 181 aa  172  5e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1734  oligoribonuclease  50 
 
 		 195 aa  171  5.999999999999999e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0026371  normal  0.333729 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1994  oligoribonuclease  50.28 
 
 		 182 aa  171  1e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0106356  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0564  oligoribonuclease  50.29 
 
 		 178 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5680  oligoribonuclease  52.05 
 
 		 180 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2676  oligoribonuclease  50.56 
 
 		 181 aa  170  2e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65410  oligoribonuclease  52.05 
 
 		 180 aa  170  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.134577  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0592  oligoribonuclease  48.07 
 
 		 181 aa  169  3e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0813  oligoribonuclease  50.75 
 
 		 219 aa  169  4e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.526826  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1847  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  49.19 
 
 		 188 aa  168  5e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0353601 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0884  oligoribonuclease  49.75 
 
 		 215 aa  168  5e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.373133 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0341  oligoribonuclease  45.41 
 
 		 183 aa  168  8e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.828352  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04032  oligoribonuclease  48.31 
 
 		 181 aa  167  1e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000706599  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  48.31 
 
 		 181 aa  167  1e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000318857  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4633  oligoribonuclease  48.31 
 
 		 181 aa  167  1e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000387491  normal  0.0592166 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0591  oligoribonuclease  46.96 
 
 		 181 aa  167  1e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.886614  hitchhiker  0.000123281 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3439  oligoribonuclease  46.96 
 
 		 181 aa  167  1e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.704694  normal  0.790409 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0590  oligoribonuclease  46.96 
 
 		 181 aa  167  1e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000254654 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3848  oligoribonuclease  48.31 
 
 		 181 aa  167  1e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000498222  hitchhiker  0.0000133205 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4694  oligoribonuclease  48.31 
 
 		 181 aa  167  1e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  4.76072e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03994  hypothetical protein  48.31 
 
 		 181 aa  167  1e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000413347  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2638  oligoribonuclease  45.86 
 
 		 185 aa  167  1e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0115664  hitchhiker  0.0000000947663 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4403  oligoribonuclease  48.31 
 
 		 181 aa  167  1e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000656326  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4719  oligoribonuclease  48.31 
 
 		 181 aa  167  1e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000375023  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0708  oligoribonuclease  49.44 
 
 		 181 aa  167  1e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.367398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0714  oligoribonuclease  48.31 
 
 		 184 aa  166  2e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.705267  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2694  oligoribonuclease  46.96 
 
 		 192 aa  166  2e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3346  oligoribonuclease  46.96 
 
 		 192 aa  166  2e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0311181 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2743  oligoribonuclease  48.62 
 
 		 181 aa  166  2e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000147297  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0811  oligoribonuclease  46.55 
 
 		 193 aa  166  2e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0543642  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002252  oligoribonuclease  47.51 
 
 		 181 aa  166  2.9999999999999998e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000410797  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3808  oligoribonuclease  48.88 
 
 		 181 aa  166  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000372044  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3753  oligoribonuclease  48.3 
 
 		 180 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0324  oligoribonuclease  48.63 
 
 		 195 aa  166  2.9999999999999998e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.224981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3661  oligoribonuclease  48.88 
 
 		 181 aa  166  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474416  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5678  oligoribonuclease  48.31 
 
 		 181 aa  166  4e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000295119  normal  0.99134 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00112  oligoribonuclease  46.41 
 
 		 181 aa  165  5.9999999999999996e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1839  oligoribonuclease  48.88 
 
 		 182 aa  164  8e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0348  oligoribonuclease  46.67 
 
 		 181 aa  164  8e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000355346  unclonable  0.00000209228 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1470  oligoribonuclease  46.99 
 
 		 187 aa  164  9e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.255303 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4747  oligoribonuclease  47.19 
 
 		 181 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00828868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4628  oligoribonuclease  47.19 
 
 		 181 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000013917  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1473  oligoribonuclease  48.62 
 
 		 183 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.777714  normal  0.355719 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3481  oligoribonuclease  46.96 
 
 		 181 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.122162  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0387  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  49.71 
 
 		 180 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146575  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4619  oligoribonuclease  47.19 
 
 		 181 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2776  oligoribonuclease  48.85 
 
 		 180 aa  164  1.0000000000000001e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4711  oligoribonuclease  47.19 
 
 		 181 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.036759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4768  oligoribonuclease  47.19 
 
 		 181 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.198283  normal  0.0613691 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>