181 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1040 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1040  oligoribonuclease  100 
 
 		 250 aa  504  9.999999999999999e-143  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.221334 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5510  oligoribonuclease  79.29 
 
 		 210 aa  322  3e-87  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15717  normal  0.933486 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24870  oligoribonuclease (3'->5' exoribonuclease)  61.5 
 
 		 220 aa  261  8e-69  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.82834 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1254  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  67.57 
 
 		 204 aa  259  4e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1056  oligoribonuclease  65.13 
 
 		 208 aa  258  4e-68  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0686541  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7676  putative oligoribonuclease; K01175  63.13 
 
 		 200 aa  255  6e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2680  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  66.48 
 
 		 198 aa  253  2.0000000000000002e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28650  oligoribonuclease (3'->5' exoribonuclease)  65.76 
 
 		 202 aa  252  3e-66  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0552434 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0564  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  63.92 
 
 		 216 aa  249  3e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.686303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1351  oligoribonuclease  62.83 
 
 		 222 aa  248  6e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1649  oligoribonuclease  62.89 
 
 		 269 aa  248  8e-65  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.554791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0907  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  59.52 
 
 		 222 aa  247  1e-64  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.206307  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1466  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  67.58 
 
 		 225 aa  247  1e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2269  oligoribonuclease  64.29 
 
 		 213 aa  245  4.9999999999999997e-64  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1017  oligoribonuclease  62.37 
 
 		 196 aa  244  6.999999999999999e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.105148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3640  oligoribonuclease  60.1 
 
 		 215 aa  244  8e-64  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00635145  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3713  oligoribonuclease  60.1 
 
 		 215 aa  244  8e-64  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.189526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3645  oligoribonuclease  60.1 
 
 		 215 aa  244  8e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.710746 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1126  oligoribonuclease  61.34 
 
 		 198 aa  244  9.999999999999999e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.499716  normal  0.391456 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12533  oligoribonuclease  59.5 
 
 		 215 aa  241  6e-63  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601507 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1782  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  60.31 
 
 		 212 aa  238  9e-62  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00227296  normal  0.108646 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2543  oligoribonuclease  60.31 
 
 		 214 aa  236  2e-61  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.253552  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1083  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  62.09 
 
 		 212 aa  236  3e-61  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00161655  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4100  oligoribonuclease  60.31 
 
 		 214 aa  236  4e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0350683  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1343  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  61.54 
 
 		 229 aa  234  1.0000000000000001e-60  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.801458  hitchhiker  0.000880887 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1425  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  62.23 
 
 		 191 aa  231  9e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.191409  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2185  oligoribonuclease  56.7 
 
 		 208 aa  231  1e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000203098 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08840  oligoribonuclease (3'->5' exoribonuclease)  60.82 
 
 		 223 aa  230  1e-59  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0178877  normal  0.0713087 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09680  oligoribonuclease (3'->5' exoribonuclease)  60.32 
 
 		 208 aa  230  2e-59  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.508062  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2655  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  57.97 
 
 		 235 aa  230  2e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.785262 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3716  oligoribonuclease  57.51 
 
 		 206 aa  230  2e-59  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.952269  normal  0.0463679 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2012  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  58.64 
 
 		 194 aa  228  5e-59  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2435  oligoribonuclease  54.27 
 
 		 211 aa  226  3e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0500585  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1339  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  58.25 
 
 		 198 aa  225  4e-58  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5970  oligoribonuclease  59.6 
 
 		 213 aa  223  2e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19630  N-acyl-D-glucosamine 2-epimerase  53.27 
 
 		 634 aa  215  4e-55  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0180286  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1081  exonuclease  52.33 
 
 		 235 aa  208  8e-53  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1900  oligoribonuclease  51.55 
 
 		 216 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5181  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  52.27 
 
 		 187 aa  182  4.0000000000000006e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0863  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  50.28 
 
 		 188 aa  182  6e-45  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.859258  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0942  oligoribonuclease  48.98 
 
 		 219 aa  177  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.012478 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0907  oligoribonuclease  50.81 
 
 		 210 aa  176  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2574  oligoribonuclease  50 
 
 		 205 aa  174  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0633  oligoribonuclease  45.81 
 
 		 184 aa  170  2e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.840198  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2743  oligoribonuclease  50.57 
 
 		 181 aa  167  1e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000147297  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2776  oligoribonuclease  47.22 
 
 		 180 aa  167  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4379  oligoribonuclease  46.86 
 
 		 181 aa  165  5e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3335  oligoribonuclease  47.73 
 
 		 179 aa  165  5.9999999999999996e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.475979  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1994  oligoribonuclease  49.41 
 
 		 182 aa  165  6.9999999999999995e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0106356  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4950  oligoribonuclease  47.46 
 
 		 178 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002252  oligoribonuclease  47.43 
 
 		 181 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000410797  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0559  oligoribonuclease  48.85 
 
 		 181 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.143761  normal  0.198605 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1473  oligoribonuclease  49.42 
 
 		 183 aa  163  3e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.777714  normal  0.355719 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0564  oligoribonuclease  46.89 
 
 		 178 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00551  oligoribonuclease  46.29 
 
 		 181 aa  162  4.0000000000000004e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.675487  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1959  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  46.99 
 
 		 194 aa  160  2e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.552747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0225  oligoribonuclease  48.6 
 
 		 183 aa  160  2e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0254555  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2638  oligoribonuclease  44.32 
 
 		 185 aa  160  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0115664  hitchhiker  0.0000000947663 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2320  oligoribonuclease Orn  46.99 
 
 		 194 aa  160  2e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1839  oligoribonuclease  48.82 
 
 		 182 aa  160  3e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2968  oligoribonuclease  47.16 
 
 		 203 aa  159  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.139128  normal  0.188792 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1016  oligoribonuclease  47.16 
 
 		 207 aa  159  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3212  oligoribonuclease  44.89 
 
 		 181 aa  159  4e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00278248  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00112  oligoribonuclease  45.71 
 
 		 181 aa  159  4e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5680  oligoribonuclease  49.71 
 
 		 180 aa  158  6e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0586  oligoribonuclease  45.98 
 
 		 184 aa  158  7e-38  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.51167  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0813  oligoribonuclease  47.96 
 
 		 219 aa  158  9e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.526826  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4711  oligoribonuclease  46.51 
 
 		 181 aa  158  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.036759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4768  oligoribonuclease  46.51 
 
 		 181 aa  158  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.198283  normal  0.0613691 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65410  oligoribonuclease  49.71 
 
 		 180 aa  158  9e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.134577  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4619  oligoribonuclease  46.51 
 
 		 181 aa  158  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4747  oligoribonuclease  46.51 
 
 		 181 aa  158  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00828868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4628  oligoribonuclease  46.51 
 
 		 181 aa  158  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000013917  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0539  oligoribonuclease  48.85 
 
 		 181 aa  157  1e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0778  oligoribonuclease  47.16 
 
 		 207 aa  157  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.101637 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04032  oligoribonuclease  46.51 
 
 		 181 aa  157  2e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000706599  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  46.51 
 
 		 181 aa  157  2e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000318857  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5678  oligoribonuclease  46.51 
 
 		 181 aa  157  2e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000295119  normal  0.99134 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4694  oligoribonuclease  46.51 
 
 		 181 aa  157  2e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  4.76072e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4633  oligoribonuclease  46.51 
 
 		 181 aa  157  2e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000387491  normal  0.0592166 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3848  oligoribonuclease  46.51 
 
 		 181 aa  157  2e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000498222  hitchhiker  0.0000133205 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03994  hypothetical protein  46.51 
 
 		 181 aa  157  2e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000413347  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4403  oligoribonuclease  46.51 
 
 		 181 aa  157  2e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000656326  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4719  oligoribonuclease  46.51 
 
 		 181 aa  157  2e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000375023  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0790  oligoribonuclease  47.16 
 
 		 181 aa  157  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0246544  hitchhiker  0.00115856 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0884  oligoribonuclease  47.45 
 
 		 215 aa  156  3e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.373133 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1847  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  46.67 
 
 		 188 aa  156  3e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0353601 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0341  oligoribonuclease  45.88 
 
 		 183 aa  156  4e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.828352  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2426  oligoribonuclease  45.66 
 
 		 190 aa  155  6e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.471024  normal  0.142908 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2676  oligoribonuclease  45.35 
 
 		 181 aa  155  8e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3931  oligoribonuclease  47.09 
 
 		 180 aa  155  8e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1700  oligoribonuclease  47.37 
 
 		 187 aa  154  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3547  oligoribonuclease  44.32 
 
 		 181 aa  154  1e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.941773  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0708  oligoribonuclease  45.98 
 
 		 181 aa  154  1e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.367398  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3032  oligoribonuclease  45.71 
 
 		 181 aa  154  2e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.102944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1893  oligoribonuclease  47.75 
 
 		 193 aa  154  2e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.53221  normal  0.982216 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3808  oligoribonuclease  45.4 
 
 		 181 aa  153  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000372044  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1502  oligoribonuclease  48.88 
 
 		 193 aa  153  2.9999999999999998e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.678384 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3661  oligoribonuclease  45.4 
 
 		 181 aa  153  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474416  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0387  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  47.67 
 
 		 180 aa  152  2.9999999999999998e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146575  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>