176 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0884 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0884  oligoribonuclease  100 
 
 		 215 aa  449  1e-125  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.373133 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0813  oligoribonuclease  96.73 
 
 		 219 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.526826  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0942  oligoribonuclease  84.93 
 
 		 219 aa  392  1e-108  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.012478 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0907  oligoribonuclease  84.04 
 
 		 210 aa  337  9.999999999999999e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2574  oligoribonuclease  81.18 
 
 		 205 aa  333  7.999999999999999e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1016  oligoribonuclease  69.07 
 
 		 207 aa  287  7e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1473  oligoribonuclease  71.35 
 
 		 183 aa  285  4e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.777714  normal  0.355719 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0778  oligoribonuclease  73.6 
 
 		 207 aa  284  9e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.101637 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4192  oligoribonuclease  68.91 
 
 		 206 aa  283  1.0000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.872573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2968  oligoribonuclease  68.56 
 
 		 203 aa  283  1.0000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.139128  normal  0.188792 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1670  oligoribonuclease  64.25 
 
 		 229 aa  280  9e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.904673  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1276  oligoribonuclease  67.39 
 
 		 198 aa  276  1e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0268591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0525  oligoribonuclease  61.88 
 
 		 195 aa  276  1e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.214811  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1470  oligoribonuclease  70.22 
 
 		 187 aa  276  2e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.255303 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2911  oligoribonuclease  70.22 
 
 		 191 aa  274  8e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1839  oligoribonuclease  68.97 
 
 		 182 aa  273  2.0000000000000002e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0985  oligoribonuclease  66.67 
 
 		 187 aa  273  2.0000000000000002e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3346  oligoribonuclease  65.43 
 
 		 192 aa  271  8.000000000000001e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0311181 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0954  oligoribonuclease  65.4 
 
 		 206 aa  270  9e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0958  oligoribonuclease  65.4 
 
 		 206 aa  270  9e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.8305 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2694  oligoribonuclease  65.43 
 
 		 192 aa  270  9e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2908  oligoribonuclease  65.85 
 
 		 201 aa  267  8e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.4726  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1700  oligoribonuclease  68.54 
 
 		 187 aa  267  8.999999999999999e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2225  oligoribonuclease  69.95 
 
 		 211 aa  266  1e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0392  oligoribonuclease  65.85 
 
 		 201 aa  266  1e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.484174  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2535  oligoribonuclease  65.85 
 
 		 201 aa  266  1e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.391495  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0324  oligoribonuclease  65.78 
 
 		 195 aa  267  1e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.224981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0908  oligoribonuclease  65.85 
 
 		 201 aa  266  1e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2848  oligoribonuclease  65.85 
 
 		 201 aa  266  1e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0239  oligoribonuclease  65.85 
 
 		 201 aa  266  1e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1037  oligoribonuclease  65.88 
 
 		 206 aa  266  2e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2958  oligoribonuclease  65.22 
 
 		 229 aa  266  2e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0599  oligoribonuclease  65.88 
 
 		 206 aa  266  2e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.62121  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1078  oligoribonuclease  65.88 
 
 		 206 aa  266  2e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.783759  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3001  oligoribonuclease  71.35 
 
 		 184 aa  263  1e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.217558  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1483  oligoribonuclease  66.85 
 
 		 198 aa  263  1e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0135513  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1893  oligoribonuclease  64.74 
 
 		 193 aa  262  3e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.53221  normal  0.982216 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0714  oligoribonuclease  62.78 
 
 		 184 aa  257  8e-68  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.705267  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1994  oligoribonuclease  64.25 
 
 		 182 aa  257  1e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0106356  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1412  oligoribonuclease  70.48 
 
 		 169 aa  255  3e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.118858  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3753  oligoribonuclease  67.61 
 
 		 180 aa  255  4e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1847  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  64.84 
 
 		 188 aa  254  6e-67  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0353601 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0225  oligoribonuclease  66.1 
 
 		 183 aa  254  9e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0254555  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1080  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  64.57 
 
 		 181 aa  252  3e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3931  oligoribonuclease  66.48 
 
 		 180 aa  251  6e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1552  oligoribonuclease  60.32 
 
 		 195 aa  249  2e-65  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145931  normal  0.275073 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5678  oligoribonuclease  64.41 
 
 		 181 aa  249  2e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000295119  normal  0.99134 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07470  oligoribonuclease  65.71 
 
 		 180 aa  248  3e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4633  oligoribonuclease  64.41 
 
 		 181 aa  248  4e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000387491  normal  0.0592166 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04032  oligoribonuclease  64.41 
 
 		 181 aa  248  4e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000706599  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  64.41 
 
 		 181 aa  248  4e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000318857  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03994  hypothetical protein  64.41 
 
 		 181 aa  248  4e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000413347  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3848  oligoribonuclease  64.41 
 
 		 181 aa  248  4e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000498222  hitchhiker  0.0000133205 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4694  oligoribonuclease  64.41 
 
 		 181 aa  248  4e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  4.76072e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4403  oligoribonuclease  64.41 
 
 		 181 aa  248  4e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000656326  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4719  oligoribonuclease  64.41 
 
 		 181 aa  248  4e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000375023  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1734  oligoribonuclease  59.26 
 
 		 195 aa  248  7e-65  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0026371  normal  0.333729 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65410  oligoribonuclease  64 
 
 		 180 aa  247  8e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.134577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5680  oligoribonuclease  64 
 
 		 180 aa  247  9e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4747  oligoribonuclease  64.2 
 
 		 181 aa  246  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00828868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4768  oligoribonuclease  64.2 
 
 		 181 aa  246  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.198283  normal  0.0613691 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2676  oligoribonuclease  61.58 
 
 		 181 aa  246  2e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4628  oligoribonuclease  64.2 
 
 		 181 aa  246  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000013917  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4711  oligoribonuclease  64.2 
 
 		 181 aa  246  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.036759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4619  oligoribonuclease  64.2 
 
 		 181 aa  246  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1502  oligoribonuclease  65.54 
 
 		 193 aa  246  3e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.678384 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3212  oligoribonuclease  64 
 
 		 181 aa  245  4e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00278248  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4902  oligoribonuclease  64.94 
 
 		 180 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0591  oligoribonuclease  62.64 
 
 		 181 aa  244  4.9999999999999997e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.886614  hitchhiker  0.000123281 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3439  oligoribonuclease  62.64 
 
 		 181 aa  244  4.9999999999999997e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.704694  normal  0.790409 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4778  oligoribonuclease  64.94 
 
 		 180 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.89409  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0424  oligoribonuclease  63.28 
 
 		 181 aa  244  8e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000286047  hitchhiker  0.000000586556 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3900  oligoribonuclease  64.12 
 
 		 181 aa  244  9e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00262855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0551  oligoribonuclease  64.12 
 
 		 181 aa  244  9e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000104193  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4954  oligoribonuclease  64.37 
 
 		 180 aa  244  9e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.445881 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3774  oligoribonuclease  64.12 
 
 		 181 aa  244  9e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00192179  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0341  oligoribonuclease  61.24 
 
 		 183 aa  243  9.999999999999999e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.828352  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0387  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  63.28 
 
 		 180 aa  243  9.999999999999999e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146575  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3717  oligoribonuclease  64.12 
 
 		 181 aa  243  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.624227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3287  oligoribonuclease  64.12 
 
 		 181 aa  243  9.999999999999999e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.161862  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3547  oligoribonuclease  62.64 
 
 		 181 aa  243  9.999999999999999e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.941773  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0592  oligoribonuclease  62.64 
 
 		 181 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0515  oligoribonuclease  64.37 
 
 		 180 aa  242  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.460562  normal  0.421617 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0590  oligoribonuclease  62.07 
 
 		 181 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000254654 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0476  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  63.28 
 
 		 180 aa  242  1.9999999999999999e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.459407  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4693  oligoribonuclease  63.43 
 
 		 180 aa  241  6e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0708  oligoribonuclease  61.45 
 
 		 181 aa  241  6e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.367398  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0539  oligoribonuclease  60.89 
 
 		 181 aa  240  1e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0559  oligoribonuclease  60.89 
 
 		 181 aa  240  1e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.143761  normal  0.198605 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0628  oligoribonuclease  62.86 
 
 		 180 aa  240  1e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0811  oligoribonuclease  59.14 
 
 		 193 aa  240  1e-62  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0543642  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3808  oligoribonuclease  60.89 
 
 		 181 aa  239  2e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000372044  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3661  oligoribonuclease  60.89 
 
 		 181 aa  239  2e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474416  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4950  oligoribonuclease  61.8 
 
 		 178 aa  238  4e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1379  oligoribonuclease  60.8 
 
 		 183 aa  238  4e-62  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.969782  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1320  oligoribonuclease  60.8 
 
 		 183 aa  238  4e-62  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.255771  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0348  oligoribonuclease  61.36 
 
 		 181 aa  238  5.999999999999999e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000355346  unclonable  0.00000209228 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0790  oligoribonuclease  62.07 
 
 		 181 aa  237  8e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0246544  hitchhiker  0.00115856 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0633  oligoribonuclease  60.45 
 
 		 184 aa  237  9e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.840198  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0564  oligoribonuclease  61.24 
 
 		 178 aa  236  2e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>