175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_1126 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_1126  oligoribonuclease  100 
 
 		 198 aa  403  1e-111  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.499716  normal  0.391456 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1017  oligoribonuclease  94.9 
 
 		 196 aa  387  1e-107  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.105148  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1056  oligoribonuclease  78.87 
 
 		 208 aa  314  5e-85  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0686541  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12533  oligoribonuclease  73.71 
 
 		 215 aa  302  2.0000000000000002e-81  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601507 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4100  oligoribonuclease  71.94 
 
 		 214 aa  297  9e-80  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0350683  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1782  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  70.62 
 
 		 212 aa  294  7e-79  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00227296  normal  0.108646 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3640  oligoribonuclease  72.16 
 
 		 215 aa  289  2e-77  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00635145  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3713  oligoribonuclease  72.16 
 
 		 215 aa  289  2e-77  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.189526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3645  oligoribonuclease  72.16 
 
 		 215 aa  289  2e-77  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.710746 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2543  oligoribonuclease  69.9 
 
 		 214 aa  289  2e-77  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.253552  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2012  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  71.73 
 
 		 194 aa  288  4e-77  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1339  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  71.13 
 
 		 198 aa  285  2e-76  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28650  oligoribonuclease (3'->5' exoribonuclease)  72.28 
 
 		 202 aa  283  1.0000000000000001e-75  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0552434 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1466  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  72.78 
 
 		 225 aa  273  1.0000000000000001e-72  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1425  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  68.06 
 
 		 191 aa  261  4e-69  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.191409  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1254  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  65.41 
 
 		 204 aa  253  2.0000000000000002e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7676  putative oligoribonuclease; K01175  63.73 
 
 		 200 aa  250  1e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1649  oligoribonuclease  62.24 
 
 		 269 aa  248  3e-65  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.554791  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0564  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  61.86 
 
 		 216 aa  245  3e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.686303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2269  oligoribonuclease  63.93 
 
 		 213 aa  244  4e-64  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1040  oligoribonuclease  61.34 
 
 		 250 aa  244  6.999999999999999e-64  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.221334 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5510  oligoribonuclease  66.48 
 
 		 210 aa  243  1.9999999999999999e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15717  normal  0.933486 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24870  oligoribonuclease (3'->5' exoribonuclease)  59.28 
 
 		 220 aa  240  1e-62  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.82834 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1351  oligoribonuclease  62.3 
 
 		 222 aa  236  1e-61  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3716  oligoribonuclease  61.03 
 
 		 206 aa  237  1e-61  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.952269  normal  0.0463679 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2185  oligoribonuclease  57.79 
 
 		 208 aa  233  1.0000000000000001e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000203098 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2680  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  62.16 
 
 		 198 aa  232  2.0000000000000002e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2435  oligoribonuclease  56.28 
 
 		 211 aa  231  7.000000000000001e-60  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0500585  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2655  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  59.28 
 
 		 235 aa  226  2e-58  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.785262 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1083  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  61.2 
 
 		 212 aa  222  3e-57  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00161655  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5970  oligoribonuclease  61 
 
 		 213 aa  219  1.9999999999999999e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1343  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  59.02 
 
 		 229 aa  213  1.9999999999999998e-54  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.801458  hitchhiker  0.000880887 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08840  oligoribonuclease (3'->5' exoribonuclease)  56.7 
 
 		 223 aa  213  1.9999999999999998e-54  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0178877  normal  0.0713087 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0907  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  54.69 
 
 		 222 aa  212  3.9999999999999995e-54  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.206307  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19630  N-acyl-D-glucosamine 2-epimerase  51.02 
 
 		 634 aa  201  8e-51  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0180286  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1900  oligoribonuclease  50.78 
 
 		 216 aa  194  1e-48  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5181  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  50.82 
 
 		 187 aa  188  5.999999999999999e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09680  oligoribonuclease (3'->5' exoribonuclease)  48.45 
 
 		 208 aa  187  1e-46  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.508062  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0863  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  49.19 
 
 		 188 aa  182  2.0000000000000003e-45  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.859258  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1081  exonuclease  46.7 
 
 		 235 aa  182  2.0000000000000003e-45  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3335  oligoribonuclease  51.72 
 
 		 179 aa  181  6e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.475979  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0633  oligoribonuclease  48.35 
 
 		 184 aa  179  2.9999999999999997e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.840198  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1552  oligoribonuclease  51.12 
 
 		 195 aa  177  1e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145931  normal  0.275073 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1734  oligoribonuclease  50.56 
 
 		 195 aa  176  3e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0026371  normal  0.333729 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0539  oligoribonuclease  51.41 
 
 		 181 aa  175  4e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1893  oligoribonuclease  49.73 
 
 		 193 aa  174  7e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.53221  normal  0.982216 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0225  oligoribonuclease  51.4 
 
 		 183 aa  172  2.9999999999999996e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0254555  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1959  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  47.85 
 
 		 194 aa  171  5e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.552747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2320  oligoribonuclease Orn  47.85 
 
 		 194 aa  171  5e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0564  oligoribonuclease  48.3 
 
 		 178 aa  170  1e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2776  oligoribonuclease  45.56 
 
 		 180 aa  170  2e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4950  oligoribonuclease  48.3 
 
 		 178 aa  169  3e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0811  oligoribonuclease  46.55 
 
 		 193 aa  167  8e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0543642  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5680  oligoribonuclease  51.18 
 
 		 180 aa  167  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1270  oligoribonuclease  45.81 
 
 		 187 aa  166  2e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.768994  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65410  oligoribonuclease  51.18 
 
 		 180 aa  166  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.134577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2743  oligoribonuclease  48.28 
 
 		 181 aa  166  2e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000147297  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4192  oligoribonuclease  45.45 
 
 		 206 aa  164  8e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.872573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0778  oligoribonuclease  46.59 
 
 		 207 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.101637 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2574  oligoribonuclease  47.95 
 
 		 205 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0341  oligoribonuclease  47.19 
 
 		 183 aa  163  2.0000000000000002e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.828352  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1016  oligoribonuclease  42.93 
 
 		 207 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0790  oligoribonuclease  45.2 
 
 		 181 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0246544  hitchhiker  0.00115856 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0985  oligoribonuclease  46.7 
 
 		 187 aa  163  2.0000000000000002e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2968  oligoribonuclease  44.75 
 
 		 203 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.139128  normal  0.188792 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1483  oligoribonuclease  46.29 
 
 		 198 aa  161  6e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0135513  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1994  oligoribonuclease  47.65 
 
 		 182 aa  160  1e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0106356  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2638  oligoribonuclease  45.4 
 
 		 185 aa  160  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0115664  hitchhiker  0.0000000947663 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1839  oligoribonuclease  47.06 
 
 		 182 aa  159  2e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1473  oligoribonuclease  47.67 
 
 		 183 aa  160  2e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.777714  normal  0.355719 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002252  oligoribonuclease  46.86 
 
 		 181 aa  159  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000410797  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0525  oligoribonuclease  42.7 
 
 		 195 aa  159  2e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.214811  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0942  oligoribonuclease  45.64 
 
 		 219 aa  159  3e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.012478 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0907  oligoribonuclease  46.86 
 
 		 210 aa  159  3e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1276  oligoribonuclease  41.53 
 
 		 198 aa  158  4e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0268591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00112  oligoribonuclease  45.14 
 
 		 181 aa  158  6e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0559  oligoribonuclease  45.4 
 
 		 181 aa  157  8e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.143761  normal  0.198605 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1847  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  46.15 
 
 		 188 aa  157  1e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0353601 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0954  oligoribonuclease  44.15 
 
 		 206 aa  157  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0958  oligoribonuclease  44.15 
 
 		 206 aa  157  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.8305 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2911  oligoribonuclease  47.06 
 
 		 191 aa  156  2e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1670  oligoribonuclease  43.75 
 
 		 229 aa  155  3e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.904673  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1700  oligoribonuclease  46.86 
 
 		 187 aa  155  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104292  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1566  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  47.13 
 
 		 183 aa  155  3e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00551  oligoribonuclease  45.71 
 
 		 181 aa  155  3e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.675487  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4178  oligoribonuclease  42.94 
 
 		 181 aa  155  4e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4954  oligoribonuclease  47.65 
 
 		 180 aa  155  4e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.445881 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4633  oligoribonuclease  45.29 
 
 		 181 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000387491  normal  0.0592166 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04032  oligoribonuclease  45.29 
 
 		 181 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000706599  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  45.29 
 
 		 181 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000318857  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03994  hypothetical protein  45.29 
 
 		 181 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000413347  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4693  oligoribonuclease  46.89 
 
 		 180 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3848  oligoribonuclease  45.29 
 
 		 181 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000498222  hitchhiker  0.0000133205 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4694  oligoribonuclease  45.29 
 
 		 181 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  4.76072e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4403  oligoribonuclease  45.29 
 
 		 181 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000656326  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4719  oligoribonuclease  45.29 
 
 		 181 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000375023  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4902  oligoribonuclease  47.65 
 
 		 180 aa  154  6e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2783  oligoribonuclease  45.45 
 
 		 181 aa  154  6e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2676  oligoribonuclease  47.65 
 
 		 181 aa  154  6e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4778  oligoribonuclease  47.65 
 
 		 180 aa  154  6e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.89409  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>