173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_2320 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_1959  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 		 194 aa  404  1.0000000000000001e-112  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.552747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2320  oligoribonuclease Orn  100 
 
 		 194 aa  404  1.0000000000000001e-112  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1270  oligoribonuclease  62.07 
 
 		 187 aa  227  7e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.768994  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1847  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  60.11 
 
 		 188 aa  226  1e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0353601 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07470  oligoribonuclease  63.95 
 
 		 180 aa  226  1e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3032  oligoribonuclease  61.45 
 
 		 181 aa  224  4e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.102944  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0592  oligoribonuclease  59.22 
 
 		 181 aa  224  5.0000000000000005e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0590  oligoribonuclease  59.22 
 
 		 181 aa  224  8e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000254654 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0591  oligoribonuclease  59.22 
 
 		 181 aa  224  9e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.886614  hitchhiker  0.000123281 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3439  oligoribonuclease  59.22 
 
 		 181 aa  224  9e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.704694  normal  0.790409 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3287  oligoribonuclease  59.22 
 
 		 181 aa  223  2e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.161862  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0559  oligoribonuclease  61.63 
 
 		 181 aa  221  7e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.143761  normal  0.198605 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5680  oligoribonuclease  62.21 
 
 		 180 aa  220  9e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0387  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  64.33 
 
 		 180 aa  219  9.999999999999999e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146575  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65410  oligoribonuclease  61.63 
 
 		 180 aa  220  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.134577  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0708  oligoribonuclease  62.5 
 
 		 181 aa  219  1.9999999999999999e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.367398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4178  oligoribonuclease  58.33 
 
 		 181 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3661  oligoribonuclease  62.5 
 
 		 181 aa  219  1.9999999999999999e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474416  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0790  oligoribonuclease  57.54 
 
 		 181 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0246544  hitchhiker  0.00115856 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3808  oligoribonuclease  62.5 
 
 		 181 aa  219  1.9999999999999999e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000372044  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3317  oligoribonuclease  57.54 
 
 		 181 aa  219  3e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000232212  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3931  oligoribonuclease  61.49 
 
 		 180 aa  219  3e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0476  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  63.74 
 
 		 180 aa  218  3e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.459407  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3753  oligoribonuclease  62.07 
 
 		 180 aa  218  3.9999999999999997e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0424  oligoribonuclease  60.89 
 
 		 181 aa  218  3.9999999999999997e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000286047  hitchhiker  0.000000586556 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0551  oligoribonuclease  57.54 
 
 		 181 aa  218  5e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000104193  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3774  oligoribonuclease  57.54 
 
 		 181 aa  218  5e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00192179  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3900  oligoribonuclease  57.54 
 
 		 181 aa  218  5e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00262855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3717  oligoribonuclease  57.54 
 
 		 181 aa  218  6e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.624227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0341  oligoribonuclease  58.86 
 
 		 183 aa  217  8.999999999999998e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.828352  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4633  oligoribonuclease  59.78 
 
 		 181 aa  217  1e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000387491  normal  0.0592166 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04032  oligoribonuclease  59.78 
 
 		 181 aa  217  1e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000706599  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  59.78 
 
 		 181 aa  217  1e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000318857  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1839  oligoribonuclease  59.3 
 
 		 182 aa  216  1e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03994  hypothetical protein  59.78 
 
 		 181 aa  217  1e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000413347  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4694  oligoribonuclease  59.78 
 
 		 181 aa  217  1e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  4.76072e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3848  oligoribonuclease  59.78 
 
 		 181 aa  217  1e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000498222  hitchhiker  0.0000133205 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4403  oligoribonuclease  59.78 
 
 		 181 aa  217  1e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000656326  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4719  oligoribonuclease  59.78 
 
 		 181 aa  217  1e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000375023  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1473  oligoribonuclease  58.14 
 
 		 183 aa  216  2e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.777714  normal  0.355719 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1566  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  61.05 
 
 		 183 aa  216  2e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4954  oligoribonuclease  60.47 
 
 		 180 aa  216  2e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.445881 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0714  oligoribonuclease  57.54 
 
 		 184 aa  215  2.9999999999999998e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.705267  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2911  oligoribonuclease  60.92 
 
 		 191 aa  215  2.9999999999999998e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4902  oligoribonuclease  60.47 
 
 		 180 aa  215  4e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3212  oligoribonuclease  56.42 
 
 		 181 aa  214  4e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00278248  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4778  oligoribonuclease  60.47 
 
 		 180 aa  215  4e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.89409  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1670  oligoribonuclease  56.99 
 
 		 229 aa  214  5e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.904673  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0628  oligoribonuclease  58.05 
 
 		 180 aa  214  5e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0564  oligoribonuclease  60.12 
 
 		 178 aa  214  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1502  oligoribonuclease  64.57 
 
 		 193 aa  214  5.9999999999999996e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.678384 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5678  oligoribonuclease  59.22 
 
 		 181 aa  214  5.9999999999999996e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000295119  normal  0.99134 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1016  oligoribonuclease  56.15 
 
 		 207 aa  214  8e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4619  oligoribonuclease  59.22 
 
 		 181 aa  214  9e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4768  oligoribonuclease  59.22 
 
 		 181 aa  214  9e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.198283  normal  0.0613691 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4693  oligoribonuclease  61.9 
 
 		 180 aa  214  9e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4628  oligoribonuclease  59.22 
 
 		 181 aa  214  9e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000013917  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4747  oligoribonuclease  59.22 
 
 		 181 aa  214  9e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00828868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4711  oligoribonuclease  59.22 
 
 		 181 aa  214  9e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.036759  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4950  oligoribonuclease  60.12 
 
 		 178 aa  213  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2574  oligoribonuclease  56.9 
 
 		 205 aa  213  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3547  oligoribonuclease  56.9 
 
 		 181 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.941773  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0539  oligoribonuclease  58.66 
 
 		 181 aa  212  2.9999999999999995e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1379  oligoribonuclease  56.42 
 
 		 183 aa  212  2.9999999999999995e-54  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.969782  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0348  oligoribonuclease  58.1 
 
 		 181 aa  212  2.9999999999999995e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000355346  unclonable  0.00000209228 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1320  oligoribonuclease  56.42 
 
 		 183 aa  212  2.9999999999999995e-54  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.255771  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002252  oligoribonuclease  58.62 
 
 		 181 aa  211  3.9999999999999995e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000410797  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1994  oligoribonuclease  58.43 
 
 		 182 aa  211  4.9999999999999996e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0106356  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0515  oligoribonuclease  59.3 
 
 		 180 aa  211  5.999999999999999e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.460562  normal  0.421617 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1100  oligoribonuclease  55.49 
 
 		 184 aa  211  5.999999999999999e-54  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0275698  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0586  oligoribonuclease  58.82 
 
 		 184 aa  211  7.999999999999999e-54  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.51167  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2776  oligoribonuclease  57.23 
 
 		 180 aa  209  1e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00112  oligoribonuclease  58.62 
 
 		 181 aa  209  1e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2968  oligoribonuclease  56.83 
 
 		 203 aa  210  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.139128  normal  0.188792 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2676  oligoribonuclease  57.47 
 
 		 181 aa  209  2e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0942  oligoribonuclease  54.14 
 
 		 219 aa  209  3e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.012478 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1080  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  58.66 
 
 		 181 aa  209  3e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2743  oligoribonuclease  59.2 
 
 		 181 aa  209  3e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000147297  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2426  oligoribonuclease  55.87 
 
 		 190 aa  208  3e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.471024  normal  0.142908 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1552  oligoribonuclease  55.11 
 
 		 195 aa  208  4e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145931  normal  0.275073 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1734  oligoribonuclease  55.11 
 
 		 195 aa  208  4e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0026371  normal  0.333729 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4192  oligoribonuclease  57.56 
 
 		 206 aa  208  5e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.872573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0985  oligoribonuclease  56.98 
 
 		 187 aa  207  8e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5181  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  56.07 
 
 		 187 aa  206  1e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0392  oligoribonuclease  56.99 
 
 		 201 aa  206  2e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.484174  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2797  oligoribonuclease  54.02 
 
 		 187 aa  206  2e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2666  oligoribonuclease  54.02 
 
 		 187 aa  206  2e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2535  oligoribonuclease  56.99 
 
 		 201 aa  206  2e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.391495  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0908  oligoribonuclease  56.99 
 
 		 201 aa  206  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2848  oligoribonuclease  56.99 
 
 		 201 aa  206  2e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0239  oligoribonuclease  56.99 
 
 		 201 aa  206  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00920  oligoribonuclease  53.97 
 
 		 194 aa  206  2e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0529998  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2908  oligoribonuclease  56.99 
 
 		 201 aa  205  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.4726  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0525  oligoribonuclease  51.91 
 
 		 195 aa  205  3e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.214811  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2958  oligoribonuclease  56.99 
 
 		 229 aa  204  5e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3481  oligoribonuclease  54.75 
 
 		 181 aa  204  8e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.122162  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0225  oligoribonuclease  59.09 
 
 		 183 aa  204  9e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0254555  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0907  oligoribonuclease  56.47 
 
 		 210 aa  203  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0778  oligoribonuclease  56.98 
 
 		 207 aa  203  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.101637 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0811  oligoribonuclease  56.07 
 
 		 193 aa  203  1e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0543642  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>