175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1081 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1081  exonuclease  100 
 
 		 235 aa  488  1e-137  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1900  oligoribonuclease  64.65 
 
 		 216 aa  289  2e-77  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1343  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  58.5 
 
 		 229 aa  243  3e-63  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.801458  hitchhiker  0.000880887 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24870  oligoribonuclease (3'->5' exoribonuclease)  56.16 
 
 		 220 aa  242  3.9999999999999997e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.82834 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1083  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  60.5 
 
 		 212 aa  240  1e-62  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00161655  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2185  oligoribonuclease  57.65 
 
 		 208 aa  233  1.0000000000000001e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000203098 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2435  oligoribonuclease  54.82 
 
 		 211 aa  230  2e-59  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0500585  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09680  oligoribonuclease (3'->5' exoribonuclease)  56.06 
 
 		 208 aa  226  3e-58  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.508062  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0907  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  55.84 
 
 		 222 aa  226  3e-58  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.206307  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1351  oligoribonuclease  56.38 
 
 		 222 aa  224  7e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19630  N-acyl-D-glucosamine 2-epimerase  53.73 
 
 		 634 aa  221  6e-57  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0180286  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2655  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  55.38 
 
 		 235 aa  221  9e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.785262 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1649  oligoribonuclease  54.69 
 
 		 269 aa  214  7e-55  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.554791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5510  oligoribonuclease  54.4 
 
 		 210 aa  212  3.9999999999999995e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15717  normal  0.933486 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0564  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  52.6 
 
 		 216 aa  208  5e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.686303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1040  oligoribonuclease  52.33 
 
 		 250 aa  208  7e-53  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.221334 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3716  oligoribonuclease  53.09 
 
 		 206 aa  207  1e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.952269  normal  0.0463679 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1466  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  54.1 
 
 		 225 aa  204  8e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08840  oligoribonuclease (3'->5' exoribonuclease)  52.06 
 
 		 223 aa  204  8e-52  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0178877  normal  0.0713087 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7676  putative oligoribonuclease; K01175  51.55 
 
 		 200 aa  202  3e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28650  oligoribonuclease (3'->5' exoribonuclease)  52.75 
 
 		 202 aa  202  3e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0552434 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2680  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  53.89 
 
 		 198 aa  202  3e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2269  oligoribonuclease  53.33 
 
 		 213 aa  202  4e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1254  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  52.78 
 
 		 204 aa  198  7.999999999999999e-50  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1056  oligoribonuclease  48.19 
 
 		 208 aa  196  4.0000000000000005e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0686541  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1782  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  46.15 
 
 		 212 aa  194  7e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00227296  normal  0.108646 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5970  oligoribonuclease  52.79 
 
 		 213 aa  192  3e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2012  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  50.28 
 
 		 194 aa  189  2.9999999999999997e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12533  oligoribonuclease  47.89 
 
 		 215 aa  189  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601507 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1339  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  45.6 
 
 		 198 aa  187  2e-46  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1425  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  50.79 
 
 		 191 aa  185  5e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.191409  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4100  oligoribonuclease  47.92 
 
 		 214 aa  184  9e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0350683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2543  oligoribonuclease  48.44 
 
 		 214 aa  183  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.253552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1126  oligoribonuclease  46.7 
 
 		 198 aa  182  3e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.499716  normal  0.391456 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1017  oligoribonuclease  47.4 
 
 		 196 aa  181  9.000000000000001e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.105148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3640  oligoribonuclease  46.88 
 
 		 215 aa  176  2e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00635145  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3713  oligoribonuclease  46.88 
 
 		 215 aa  176  2e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.189526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3645  oligoribonuclease  46.88 
 
 		 215 aa  176  2e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.710746 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5181  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  44.89 
 
 		 187 aa  160  1e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3848  oligoribonuclease  42.7 
 
 		 181 aa  150  1e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000498222  hitchhiker  0.0000133205 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04032  oligoribonuclease  42.7 
 
 		 181 aa  150  1e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000706599  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.7 
 
 		 181 aa  150  1e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000318857  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4694  oligoribonuclease  42.7 
 
 		 181 aa  150  1e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  4.76072e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4747  oligoribonuclease  42.7 
 
 		 181 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00828868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4633  oligoribonuclease  42.7 
 
 		 181 aa  150  1e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000387491  normal  0.0592166 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4711  oligoribonuclease  42.7 
 
 		 181 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.036759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4628  oligoribonuclease  42.7 
 
 		 181 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000013917  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03994  hypothetical protein  42.7 
 
 		 181 aa  150  1e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000413347  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4768  oligoribonuclease  42.7 
 
 		 181 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.198283  normal  0.0613691 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0348  oligoribonuclease  42.7 
 
 		 181 aa  150  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000355346  unclonable  0.00000209228 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4619  oligoribonuclease  42.7 
 
 		 181 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4403  oligoribonuclease  42.7 
 
 		 181 aa  150  1e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000656326  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4719  oligoribonuclease  42.7 
 
 		 181 aa  150  1e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000375023  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0907  oligoribonuclease  43.93 
 
 		 210 aa  149  5e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5678  oligoribonuclease  42.13 
 
 		 181 aa  148  6e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000295119  normal  0.99134 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002252  oligoribonuclease  42.53 
 
 		 181 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000410797  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0863  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  41.34 
 
 		 188 aa  146  3e-34  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.859258  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1670  oligoribonuclease  40.32 
 
 		 229 aa  145  6e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.904673  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2968  oligoribonuclease  41.81 
 
 		 203 aa  144  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.139128  normal  0.188792 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0476  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.68 
 
 		 180 aa  144  1e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.459407  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3931  oligoribonuclease  42.86 
 
 		 180 aa  144  1e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0387  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.53 
 
 		 180 aa  143  2e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146575  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2743  oligoribonuclease  42.53 
 
 		 181 aa  143  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000147297  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00112  oligoribonuclease  41.38 
 
 		 181 aa  143  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0424  oligoribonuclease  42.13 
 
 		 181 aa  144  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000286047  hitchhiker  0.000000586556 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3753  oligoribonuclease  42.29 
 
 		 180 aa  143  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2638  oligoribonuclease  41.24 
 
 		 185 aa  143  3e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0115664  hitchhiker  0.0000000947663 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1016  oligoribonuclease  40.21 
 
 		 207 aa  142  4e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2574  oligoribonuclease  41.62 
 
 		 205 aa  142  4e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1893  oligoribonuclease  42.02 
 
 		 193 aa  142  4e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.53221  normal  0.982216 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3808  oligoribonuclease  42.53 
 
 		 181 aa  141  7e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000372044  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0708  oligoribonuclease  42.53 
 
 		 181 aa  141  7e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.367398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0559  oligoribonuclease  41.57 
 
 		 181 aa  141  7e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.143761  normal  0.198605 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3661  oligoribonuclease  42.53 
 
 		 181 aa  141  7e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474416  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0633  oligoribonuclease  39.66 
 
 		 184 aa  141  8e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.840198  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2908  oligoribonuclease  41.4 
 
 		 201 aa  141  8e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.4726  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0778  oligoribonuclease  41.48 
 
 		 207 aa  141  8e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.101637 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1700  oligoribonuclease  41.01 
 
 		 187 aa  140  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104292  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2776  oligoribonuclease  41.71 
 
 		 180 aa  140  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00551  oligoribonuclease  39.78 
 
 		 181 aa  141  9.999999999999999e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.675487  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4192  oligoribonuclease  39.66 
 
 		 206 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.872573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3335  oligoribonuclease  40.68 
 
 		 179 aa  140  1.9999999999999998e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.475979  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1470  oligoribonuclease  40.94 
 
 		 187 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.255303 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2911  oligoribonuclease  43.68 
 
 		 191 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0813  oligoribonuclease  39.58 
 
 		 219 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.526826  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1734  oligoribonuclease  41.01 
 
 		 195 aa  139  3e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0026371  normal  0.333729 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0392  oligoribonuclease  40.86 
 
 		 201 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.484174  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1483  oligoribonuclease  40.68 
 
 		 198 aa  139  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0135513  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2535  oligoribonuclease  40.86 
 
 		 201 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.391495  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0324  oligoribonuclease  39.56 
 
 		 195 aa  139  3.9999999999999997e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.224981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0225  oligoribonuclease  43.65 
 
 		 183 aa  139  3.9999999999999997e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0254555  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0908  oligoribonuclease  40.86 
 
 		 201 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2848  oligoribonuclease  40.86 
 
 		 201 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0239  oligoribonuclease  40.86 
 
 		 201 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1552  oligoribonuclease  41.01 
 
 		 195 aa  139  4.999999999999999e-32  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145931  normal  0.275073 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1080  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  41.01 
 
 		 181 aa  139  4.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2958  oligoribonuclease  40.86 
 
 		 229 aa  138  6e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1994  oligoribonuclease  42.69 
 
 		 182 aa  138  6e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0106356  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0942  oligoribonuclease  38.02 
 
 		 219 aa  138  7e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.012478 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2676  oligoribonuclease  42.13 
 
 		 181 aa  138  7e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>