174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_0564 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_0564  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 		 216 aa  442  1e-123  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.686303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2269  oligoribonuclease  77.51 
 
 		 213 aa  328  5.0000000000000004e-89  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7676  putative oligoribonuclease; K01175  73.85 
 
 		 200 aa  308  4e-83  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2680  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  73.51 
 
 		 198 aa  288  4e-77  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1254  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  70.27 
 
 		 204 aa  281  4.0000000000000003e-75  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24870  oligoribonuclease (3'->5' exoribonuclease)  65.46 
 
 		 220 aa  279  3e-74  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.82834 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1649  oligoribonuclease  68.53 
 
 		 269 aa  277  8e-74  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.554791  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2655  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  64.29 
 
 		 235 aa  272  4.0000000000000004e-72  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.785262 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1351  oligoribonuclease  59.73 
 
 		 222 aa  270  2e-71  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2435  oligoribonuclease  63.64 
 
 		 211 aa  265  2.9999999999999995e-70  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0500585  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2185  oligoribonuclease  64.8 
 
 		 208 aa  265  5e-70  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000203098 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0907  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  58.22 
 
 		 222 aa  261  4.999999999999999e-69  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.206307  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1343  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  67.03 
 
 		 229 aa  261  6.999999999999999e-69  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.801458  hitchhiker  0.000880887 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1083  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  66.12 
 
 		 212 aa  259  2e-68  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00161655  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5510  oligoribonuclease  66.3 
 
 		 210 aa  254  9e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15717  normal  0.933486 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2543  oligoribonuclease  58.41 
 
 		 214 aa  253  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.253552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3640  oligoribonuclease  58.96 
 
 		 215 aa  252  3e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00635145  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3713  oligoribonuclease  58.96 
 
 		 215 aa  252  3e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.189526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3645  oligoribonuclease  58.96 
 
 		 215 aa  252  3e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.710746 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1017  oligoribonuclease  62.76 
 
 		 196 aa  251  7e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.105148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3716  oligoribonuclease  59.28 
 
 		 206 aa  250  1e-65  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.952269  normal  0.0463679 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1040  oligoribonuclease  63.92 
 
 		 250 aa  249  2e-65  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.221334 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4100  oligoribonuclease  57.35 
 
 		 214 aa  249  2e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0350683  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28650  oligoribonuclease (3'->5' exoribonuclease)  64.52 
 
 		 202 aa  248  5e-65  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0552434 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19630  N-acyl-D-glucosamine 2-epimerase  60 
 
 		 634 aa  248  6e-65  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0180286  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1126  oligoribonuclease  61.86 
 
 		 198 aa  245  4e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.499716  normal  0.391456 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12533  oligoribonuclease  56.94 
 
 		 215 aa  244  8e-64  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601507 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1056  oligoribonuclease  62.44 
 
 		 208 aa  242  3e-63  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0686541  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1782  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  59.41 
 
 		 212 aa  241  5e-63  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00227296  normal  0.108646 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2012  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  62.3 
 
 		 194 aa  235  3e-61  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08840  oligoribonuclease (3'->5' exoribonuclease)  60.82 
 
 		 223 aa  236  3e-61  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0178877  normal  0.0713087 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5970  oligoribonuclease  60.8 
 
 		 213 aa  234  6e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1339  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  59.18 
 
 		 198 aa  233  1.0000000000000001e-60  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09680  oligoribonuclease (3'->5' exoribonuclease)  61.03 
 
 		 208 aa  232  3e-60  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.508062  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1466  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  58.95 
 
 		 225 aa  228  5e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1425  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  60.11 
 
 		 191 aa  228  6e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.191409  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1900  oligoribonuclease  55.67 
 
 		 216 aa  220  9.999999999999999e-57  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1081  exonuclease  52.6 
 
 		 235 aa  208  4e-53  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5181  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  53.37 
 
 		 187 aa  180  2e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0863  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  46.55 
 
 		 188 aa  163  2.0000000000000002e-39  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.859258  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0539  oligoribonuclease  49.12 
 
 		 181 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2743  oligoribonuclease  47.46 
 
 		 181 aa  161  7e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000147297  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0633  oligoribonuclease  45.56 
 
 		 184 aa  160  2e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.840198  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002252  oligoribonuclease  47.19 
 
 		 181 aa  159  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000410797  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2574  oligoribonuclease  48.55 
 
 		 205 aa  157  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00920  oligoribonuclease  43.55 
 
 		 194 aa  155  3e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0529998  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1379  oligoribonuclease  47.13 
 
 		 183 aa  155  4e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.969782  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1320  oligoribonuclease  47.13 
 
 		 183 aa  155  4e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.255771  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2776  oligoribonuclease  46.02 
 
 		 180 aa  155  6e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00112  oligoribonuclease  45.51 
 
 		 181 aa  154  7e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2426  oligoribonuclease  43.93 
 
 		 190 aa  154  1e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.471024  normal  0.142908 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1959  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  44.81 
 
 		 194 aa  153  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.552747  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1566  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  46.02 
 
 		 183 aa  153  2e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2320  oligoribonuclease Orn  44.81 
 
 		 194 aa  153  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1839  oligoribonuclease  45.76 
 
 		 182 aa  152  2.9999999999999998e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0942  oligoribonuclease  42.56 
 
 		 219 aa  152  4e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.012478 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2676  oligoribonuclease  45.66 
 
 		 181 aa  152  5e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1080  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  47.98 
 
 		 181 aa  151  8.999999999999999e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0907  oligoribonuclease  45.93 
 
 		 210 aa  150  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1893  oligoribonuclease  48.88 
 
 		 193 aa  150  1e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.53221  normal  0.982216 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10348  RNA exonuclease Rex2, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G11820)  44.39 
 
 		 194 aa  150  2e-35  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.111499 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0811  oligoribonuclease  45.4 
 
 		 193 aa  150  2e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0543642  normal  1 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_57408  predicted protein  42.54 
 
 		 211 aa  149  3e-35  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.241449  normal  0.12604 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1552  oligoribonuclease  46.07 
 
 		 195 aa  149  4e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145931  normal  0.275073 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0790  oligoribonuclease  43.75 
 
 		 181 aa  149  4e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0246544  hitchhiker  0.00115856 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2783  oligoribonuclease  44.44 
 
 		 181 aa  148  5e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2797  oligoribonuclease  44.2 
 
 		 187 aa  148  7e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2666  oligoribonuclease  44.2 
 
 		 187 aa  148  7e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3212  oligoribonuclease  44.38 
 
 		 181 aa  148  7e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00278248  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2638  oligoribonuclease  42.61 
 
 		 185 aa  148  8e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0115664  hitchhiker  0.0000000947663 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1734  oligoribonuclease  45.51 
 
 		 195 aa  147  9e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0026371  normal  0.333729 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3335  oligoribonuclease  43.75 
 
 		 179 aa  147  1.0000000000000001e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.475979  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1270  oligoribonuclease  45.09 
 
 		 187 aa  146  2.0000000000000003e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.768994  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0225  oligoribonuclease  47.37 
 
 		 183 aa  146  2.0000000000000003e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0254555  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1473  oligoribonuclease  44.63 
 
 		 183 aa  146  3e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.777714  normal  0.355719 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4178  oligoribonuclease  42.05 
 
 		 181 aa  146  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04032  oligoribonuclease  45.35 
 
 		 181 aa  145  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000706599  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  45.35 
 
 		 181 aa  145  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000318857  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0884  oligoribonuclease  41.75 
 
 		 215 aa  145  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.373133 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4633  oligoribonuclease  45.35 
 
 		 181 aa  145  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000387491  normal  0.0592166 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03994  hypothetical protein  45.35 
 
 		 181 aa  145  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000413347  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1994  oligoribonuclease  45.03 
 
 		 182 aa  145  4.0000000000000006e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0106356  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3848  oligoribonuclease  45.35 
 
 		 181 aa  145  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000498222  hitchhiker  0.0000133205 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4694  oligoribonuclease  45.35 
 
 		 181 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  4.76072e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4403  oligoribonuclease  45.35 
 
 		 181 aa  145  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000656326  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4719  oligoribonuclease  45.35 
 
 		 181 aa  145  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000375023  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0985  oligoribonuclease  44.44 
 
 		 187 aa  145  4.0000000000000006e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5680  oligoribonuclease  46.2 
 
 		 180 aa  145  5e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1847  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  46.82 
 
 		 188 aa  145  6e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0353601 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0348  oligoribonuclease  44.19 
 
 		 181 aa  145  6e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000355346  unclonable  0.00000209228 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4711  oligoribonuclease  45.66 
 
 		 181 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.036759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65410  oligoribonuclease  46.2 
 
 		 180 aa  144  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.134577  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4747  oligoribonuclease  45.66 
 
 		 181 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00828868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4619  oligoribonuclease  45.66 
 
 		 181 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4768  oligoribonuclease  45.66 
 
 		 181 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.198283  normal  0.0613691 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4628  oligoribonuclease  45.66 
 
 		 181 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000013917  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0564  oligoribonuclease  45.61 
 
 		 178 aa  144  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0559  oligoribonuclease  44.57 
 
 		 181 aa  144  1e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.143761  normal  0.198605 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0813  oligoribonuclease  41.24 
 
 		 219 aa  143  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.526826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3287  oligoribonuclease  41.57 
 
 		 181 aa  143  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.161862  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>