174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_2012 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_2012  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 		 194 aa  389  1e-107  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1339  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  75.26 
 
 		 198 aa  300  1e-80  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1056  oligoribonuclease  77.49 
 
 		 208 aa  298  3e-80  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0686541  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4100  oligoribonuclease  73.58 
 
 		 214 aa  298  4e-80  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0350683  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1782  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  74.48 
 
 		 212 aa  293  1e-78  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00227296  normal  0.108646 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2543  oligoribonuclease  73.06 
 
 		 214 aa  293  1e-78  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.253552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3640  oligoribonuclease  75.13 
 
 		 215 aa  292  2e-78  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00635145  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3713  oligoribonuclease  75.13 
 
 		 215 aa  292  2e-78  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.189526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3645  oligoribonuclease  75.13 
 
 		 215 aa  292  2e-78  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.710746 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1017  oligoribonuclease  73.3 
 
 		 196 aa  292  2e-78  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.105148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12533  oligoribonuclease  73.3 
 
 		 215 aa  290  7e-78  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601507 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1126  oligoribonuclease  71.73 
 
 		 198 aa  288  3e-77  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.499716  normal  0.391456 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28650  oligoribonuclease (3'->5' exoribonuclease)  76.24 
 
 		 202 aa  287  6e-77  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0552434 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1466  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  67.6 
 
 		 225 aa  255  2e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1425  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  65.97 
 
 		 191 aa  250  8.000000000000001e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.191409  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1649  oligoribonuclease  65.93 
 
 		 269 aa  248  3e-65  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.554791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2269  oligoribonuclease  65.75 
 
 		 213 aa  247  6e-65  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2680  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  67.4 
 
 		 198 aa  246  1e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7676  putative oligoribonuclease; K01175  65.19 
 
 		 200 aa  243  9.999999999999999e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1254  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  64.84 
 
 		 204 aa  239  1e-62  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0564  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  62.3 
 
 		 216 aa  235  2e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.686303  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24870  oligoribonuclease (3'->5' exoribonuclease)  58.12 
 
 		 220 aa  233  2.0000000000000002e-60  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.82834 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5510  oligoribonuclease  62.64 
 
 		 210 aa  229  1e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15717  normal  0.933486 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1040  oligoribonuclease  58.64 
 
 		 250 aa  228  3e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.221334 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1351  oligoribonuclease  60.43 
 
 		 222 aa  229  3e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08840  oligoribonuclease (3'->5' exoribonuclease)  63.93 
 
 		 223 aa  227  8e-59  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0178877  normal  0.0713087 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2185  oligoribonuclease  58.38 
 
 		 208 aa  224  6e-58  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000203098 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1083  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  61.67 
 
 		 212 aa  222  3e-57  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00161655  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3716  oligoribonuclease  58.79 
 
 		 206 aa  221  4.9999999999999996e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.952269  normal  0.0463679 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1343  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  60.77 
 
 		 229 aa  221  7e-57  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.801458  hitchhiker  0.000880887 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2435  oligoribonuclease  60.22 
 
 		 211 aa  220  9e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0500585  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2655  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  58.2 
 
 		 235 aa  216  1e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.785262 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5970  oligoribonuclease  60.21 
 
 		 213 aa  214  7e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0907  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  54.97 
 
 		 222 aa  209  2e-53  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.206307  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19630  N-acyl-D-glucosamine 2-epimerase  54.75 
 
 		 634 aa  200  9.999999999999999e-51  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0180286  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5181  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  57.14 
 
 		 187 aa  197  6e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1081  exonuclease  50.28 
 
 		 235 aa  189  2e-47  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09680  oligoribonuclease (3'->5' exoribonuclease)  52.6 
 
 		 208 aa  188  2.9999999999999997e-47  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.508062  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0863  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  51.1 
 
 		 188 aa  187  1e-46  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.859258  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1900  oligoribonuclease  50.26 
 
 		 216 aa  183  1.0000000000000001e-45  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3335  oligoribonuclease  52.02 
 
 		 179 aa  182  3e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.475979  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0633  oligoribonuclease  48.57 
 
 		 184 aa  176  3e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.840198  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1552  oligoribonuclease  52.54 
 
 		 195 aa  174  5e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145931  normal  0.275073 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1734  oligoribonuclease  51.98 
 
 		 195 aa  174  9e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0026371  normal  0.333729 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00551  oligoribonuclease  49.71 
 
 		 181 aa  172  1.9999999999999998e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.675487  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04032  oligoribonuclease  52.07 
 
 		 181 aa  171  5.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000706599  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  52.07 
 
 		 181 aa  171  5.999999999999999e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000318857  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03994  hypothetical protein  52.07 
 
 		 181 aa  171  5.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000413347  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3848  oligoribonuclease  52.07 
 
 		 181 aa  171  5.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000498222  hitchhiker  0.0000133205 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4694  oligoribonuclease  52.07 
 
 		 181 aa  171  5.999999999999999e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  4.76072e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4633  oligoribonuclease  52.07 
 
 		 181 aa  171  5.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000387491  normal  0.0592166 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4403  oligoribonuclease  52.07 
 
 		 181 aa  171  5.999999999999999e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000656326  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4719  oligoribonuclease  52.07 
 
 		 181 aa  171  5.999999999999999e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000375023  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0790  oligoribonuclease  49.71 
 
 		 181 aa  171  9e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0246544  hitchhiker  0.00115856 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0559  oligoribonuclease  50.29 
 
 		 181 aa  170  1e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.143761  normal  0.198605 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0942  oligoribonuclease  48.42 
 
 		 219 aa  169  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.012478 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2320  oligoribonuclease Orn  47.83 
 
 		 194 aa  169  2e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2776  oligoribonuclease  47.4 
 
 		 180 aa  169  2e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1959  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  47.83 
 
 		 194 aa  169  2e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.552747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0564  oligoribonuclease  48 
 
 		 178 aa  169  3e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0225  oligoribonuclease  53.25 
 
 		 183 aa  169  3e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0254555  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5678  oligoribonuclease  51.48 
 
 		 181 aa  168  4e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000295119  normal  0.99134 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002252  oligoribonuclease  48.55 
 
 		 181 aa  168  6e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000410797  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3717  oligoribonuclease  50.87 
 
 		 181 aa  167  9e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.624227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0551  oligoribonuclease  50.87 
 
 		 181 aa  167  1e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000104193  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0348  oligoribonuclease  50.3 
 
 		 181 aa  166  1e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000355346  unclonable  0.00000209228 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3774  oligoribonuclease  50.87 
 
 		 181 aa  167  1e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00192179  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3900  oligoribonuclease  50.87 
 
 		 181 aa  167  1e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00262855  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4950  oligoribonuclease  47.43 
 
 		 178 aa  166  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4711  oligoribonuclease  50.3 
 
 		 181 aa  166  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.036759  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3753  oligoribonuclease  51.48 
 
 		 180 aa  166  2e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4768  oligoribonuclease  50.3 
 
 		 181 aa  166  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.198283  normal  0.0613691 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4619  oligoribonuclease  50.3 
 
 		 181 aa  166  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4747  oligoribonuclease  50.3 
 
 		 181 aa  166  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00828868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0811  oligoribonuclease  50.87 
 
 		 193 aa  166  2e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0543642  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4628  oligoribonuclease  50.3 
 
 		 181 aa  166  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000013917  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0539  oligoribonuclease  52.66 
 
 		 181 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0778  oligoribonuclease  49.14 
 
 		 207 aa  165  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.101637 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4178  oligoribonuclease  46.82 
 
 		 181 aa  165  2.9999999999999998e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1016  oligoribonuclease  47.51 
 
 		 207 aa  165  4e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3547  oligoribonuclease  49.13 
 
 		 181 aa  165  5e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.941773  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4192  oligoribonuclease  48.57 
 
 		 206 aa  164  5.9999999999999996e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.872573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0907  oligoribonuclease  50.3 
 
 		 210 aa  164  6.9999999999999995e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2574  oligoribonuclease  49.7 
 
 		 205 aa  164  6.9999999999999995e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1893  oligoribonuclease  49.71 
 
 		 193 aa  164  6.9999999999999995e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.53221  normal  0.982216 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00112  oligoribonuclease  47.4 
 
 		 181 aa  164  6.9999999999999995e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1994  oligoribonuclease  50.3 
 
 		 182 aa  164  8e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0106356  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1473  oligoribonuclease  50.3 
 
 		 183 aa  164  8e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.777714  normal  0.355719 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3931  oligoribonuclease  50.89 
 
 		 180 aa  164  8e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0592  oligoribonuclease  49.13 
 
 		 181 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3212  oligoribonuclease  49.13 
 
 		 181 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00278248  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0591  oligoribonuclease  48.55 
 
 		 181 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.886614  hitchhiker  0.000123281 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3439  oligoribonuclease  48.55 
 
 		 181 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.704694  normal  0.790409 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0590  oligoribonuclease  48.55 
 
 		 181 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000254654 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2968  oligoribonuclease  46.96 
 
 		 203 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.139128  normal  0.188792 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3032  oligoribonuclease  47.98 
 
 		 181 aa  162  3e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.102944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5680  oligoribonuclease  49.7 
 
 		 180 aa  162  3e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0424  oligoribonuclease  49.7 
 
 		 181 aa  162  3e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000286047  hitchhiker  0.000000586556 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1670  oligoribonuclease  47.73 
 
 		 229 aa  161  4.0000000000000004e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.904673  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65410  oligoribonuclease  49.7 
 
 		 180 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.134577  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>