More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5888 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009672  Oant_4830  ABC transporter related  84.69 
 
 		 504 aa  844    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5888  ABC transporter related  100 
 
 		 518 aa  1032    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.342287  normal  0.513362 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0519  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transport system protein  57 
 
 		 498 aa  533  1e-150  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2338  ABC transporter-like  46.18 
 
 		 518 aa  412  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.233641  normal  0.43061 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5161  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (ribose)  45.86 
 
 		 493 aa  380  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6179  ABC transporter related  45.45 
 
 		 520 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.230595 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1258  ABC transporter related  45.45 
 
 		 520 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6574  ABC transporter related  45.45 
 
 		 520 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.108147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0405  ABC transporter related  42.97 
 
 		 510 aa  367  1e-100  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6562  ABC transporter related  43.1 
 
 		 494 aa  343  5.999999999999999e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.852942  normal  0.460133 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6147  ABC transporter related  42.47 
 
 		 493 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0846704  hitchhiker  0.00350448 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1964  ABC transporter related  38.83 
 
 		 513 aa  312  7.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.962291 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0613  ABC transporter related  35.23 
 
 		 497 aa  312  1e-83  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1048  ABC transporter related  37.94 
 
 		 506 aa  307  3e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1684  ABC transporter related  36.62 
 
 		 519 aa  304  3.0000000000000004e-81  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.200207  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2251  ABC transporter-related protein  37.27 
 
 		 511 aa  302  8.000000000000001e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.687423  hitchhiker  0.00000468234 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0637  ABC transporter related  35.03 
 
 		 498 aa  301  2e-80  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.011918  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2372  L-arabinose transporter ATP-binding protein  37.2 
 
 		 507 aa  299  1e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.179136  normal  0.245048 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4600  ABC transporter related  38.95 
 
 		 513 aa  298  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.911905 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2639  L-arabinose ABC transporter, ATP-binding protein  37.4 
 
 		 507 aa  296  5e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0558785  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1029  ABC transporter-related protein  35.28 
 
 		 506 aa  295  1e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.724261 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4335  ABC transporter related  35.1 
 
 		 511 aa  294  2e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.975481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2808  ABC transporter related  35.47 
 
 		 501 aa  295  2e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6012  ABC transporter related  36.85 
 
 		 861 aa  294  3e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1739  ABC transporter related protein  34.81 
 
 		 516 aa  293  5e-78  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3330  ABC transporter related protein  34.7 
 
 		 497 aa  291  1e-77  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3569  ABC transporter related  35.94 
 
 		 516 aa  292  1e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585388  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4071  ABC transporter related  35.54 
 
 		 500 aa  292  1e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.414928  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0415  ABC transporter related  33.27 
 
 		 503 aa  290  3e-77  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000110391  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0289  ABC transporter related  34.97 
 
 		 506 aa  290  3e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.266417 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2433  ribose import ATP-binding protein  36.76 
 
 		 510 aa  290  5.0000000000000004e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2401  ABC transporter related protein  36.59 
 
 		 505 aa  289  6e-77  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0989  ABC transporter related  34.19 
 
 		 499 aa  290  6e-77  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.86187  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0226  ABC transporter related  36.45 
 
 		 503 aa  289  1e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.973654  normal  0.104566 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2148  L-arabinose transporter ATP-binding protein  36.51 
 
 		 507 aa  288  1e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3706  ABC transporter related  37.22 
 
 		 506 aa  287  2e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.594267  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1882  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  33.54 
 
 		 501 aa  286  7e-76  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.102904  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5601  ribose import ATP-binding protein RbsA  34.46 
 
 		 506 aa  286  8e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4598  ABC transporter related  34.07 
 
 		 506 aa  286  8e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0392025 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3218  ABC transporter-related protein  36.53 
 
 		 503 aa  285  1.0000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0134521 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1350  ABC sugar transporter, fused ATPase subunits  35.33 
 
 		 504 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4850  ABC transporter related  37.47 
 
 		 503 aa  285  1.0000000000000001e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.616228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3088  ABC transporter related  35.2 
 
 		 512 aa  284  2.0000000000000002e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0116674  normal  0.620791 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2010  ABC transporter related  33.06 
 
 		 500 aa  285  2.0000000000000002e-75  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5049  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (ribose)  35.63 
 
 		 512 aa  285  2.0000000000000002e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3058  ABC transporter related  35.81 
 
 		 502 aa  283  4.0000000000000003e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00083367  normal  0.295827 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1911  L-arabinose transporter ATP-binding protein  35.6 
 
 		 506 aa  283  5.000000000000001e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.389706  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0844  ABC transporter related  32.99 
 
 		 515 aa  283  5.000000000000001e-75  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2423  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  35.31 
 
 		 513 aa  283  6.000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1644  ABC transporter related  33.47 
 
 		 495 aa  282  9e-75  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.121193  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2595  ABC transporter related  35.03 
 
 		 537 aa  282  1e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.870253  normal  0.943264 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7832  putative sugar ABC transporter ATP-binding protein  39.17 
 
 		 541 aa  282  1e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1683  ABC transporter related  32.79 
 
 		 503 aa  282  1e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0305806  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000341  ribose ABC transport system ATP-binding protein RbsA  34.4 
 
 		 501 aa  282  1e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3596  ABC transporter related  33.74 
 
 		 509 aa  282  1e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.979323  normal  0.135552 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2520  ABC transporter related  35.35 
 
 		 518 aa  281  2e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.265677  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0946  ABC transporter related  38 
 
 		 499 aa  280  3e-74  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0298167  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4768  ABC transporter related  37.05 
 
 		 503 aa  280  3e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957059  normal  0.347139 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2078  ABC transporter related  36.27 
 
 		 503 aa  281  3e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00529914 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1399  ABC transporter ATP-binding protein  36.27 
 
 		 508 aa  281  3e-74  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.172278 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1601  ribose transport ATP-binding protein rbsA  33.13 
 
 		 501 aa  280  4e-74  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0126293  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0061  ABC transporter related  34.72 
 
 		 516 aa  280  4e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4172  ABC transporter related  33.81 
 
 		 504 aa  280  5e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06145  D-ribose transporter ATP binding protein  34.6 
 
 		 501 aa  280  6e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4170  ABC transporter related  34.49 
 
 		 503 aa  279  7e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.611876  normal  0.0273413 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3851  ABC transporter related protein  36.44 
 
 		 521 aa  279  8e-74  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2905  ABC transporter related  34.42 
 
 		 497 aa  279  9e-74  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.077452 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1662  ABC transporter related  35.03 
 
 		 503 aa  278  1e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0101569  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3764  L-arabinose transporter ATP-binding protein  37.53 
 
 		 501 aa  278  1e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.639409  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3766  ABC transporter related  34.17 
 
 		 492 aa  278  1e-73  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.0098796  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6711  ABC transporter related  35.12 
 
 		 511 aa  278  2e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.87316 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4739  ABC transporter related  35.97 
 
 		 497 aa  278  2e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.383875  hitchhiker  0.00325994 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0125  ABC transporter related  33.6 
 
 		 507 aa  277  3e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4096  sugar transport ATP-binding protein  33.6 
 
 		 507 aa  277  3e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2330  L-arabinose transporter ATP-binding protein  35.39 
 
 		 507 aa  277  3e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2315  ABC transporter related  35.42 
 
 		 503 aa  277  3e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0829639  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2030  L-arabinose transporter ATP-binding protein  35.19 
 
 		 507 aa  277  3e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.288148  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3279  ABC transporter related  33.95 
 
 		 505 aa  277  3e-73  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2475  L-arabinose transporter ATP-binding protein  35.8 
 
 		 504 aa  278  3e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.74587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2246  L-arabinose transporter ATP-binding protein  36.83 
 
 		 511 aa  277  4e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000548441 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6474  ABC transporter related  34.24 
 
 		 514 aa  277  4e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.891446  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6709  ABC transporter related  34.24 
 
 		 514 aa  277  4e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.268301  normal  0.306288 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4656  ABC transporter related protein  36.07 
 
 		 506 aa  276  5e-73  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00479751 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2119  ABC transporter related  35.25 
 
 		 504 aa  276  5e-73  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.307687  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3726  ABC transporter related  36.27 
 
 		 522 aa  276  7e-73  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.136325  hitchhiker  0.00703863 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3601  L-arabinose transporter ATP-binding protein  36.57 
 
 		 508 aa  276  7e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.611963  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2304  ABC transporter related protein  36.44 
 
 		 505 aa  276  7e-73  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5810  ABC transporter related  35.56 
 
 		 511 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.644683  normal  0.0896237 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0279  ABC transporter related  34.38 
 
 		 526 aa  275  1.0000000000000001e-72  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.60123  normal  0.12609 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1721  ABC transporter related  34.59 
 
 		 507 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0492105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1998  ABC ribose transporter, fused ATPase subunits  37.32 
 
 		 532 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0790932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0975  ABC transporter related  35.65 
 
 		 495 aa  275  1.0000000000000001e-72  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000220508  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3328  ABC transporter related  33.2 
 
 		 512 aa  276  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4030  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  33.4 
 
 		 507 aa  275  1.0000000000000001e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4228  ABC transporter-related protein  36.44 
 
 		 512 aa  275  1.0000000000000001e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5039  ABC transporter related  33.2 
 
 		 512 aa  276  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6315  ABC transporter related  34.05 
 
 		 514 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.681428  normal  0.300453 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11040  monosaccharide ABC transporter ATP-binding protein  36.88 
 
 		 500 aa  275  1.0000000000000001e-72  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.626592 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0809  ABC transporter related  31.23 
 
 		 509 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0197  carbohydrate ABC transporter ATP-binding protein  38.16 
 
 		 517 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.422897  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>