More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_1882 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_1882  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  100 
 
 		 501 aa  1001    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.102904  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1601  ribose transport ATP-binding protein rbsA  99.6 
 
 		 501 aa  995    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0126293  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3977  D-ribose transporter ATP binding protein  51.93 
 
 		 501 aa  530  1e-149  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.443134  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4115  D-ribose transporter ATP binding protein  52.24 
 
 		 501 aa  530  1e-149  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.684938  normal  0.0182067 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4174  D-ribose transporter ATP binding protein  51.93 
 
 		 501 aa  526  1e-148  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.283711  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03635  fused D-ribose transporter subunits of ABC superfamily: ATP-binding components  51.83 
 
 		 501 aa  526  1e-148  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.483932  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4218  ABC transporter related protein  51.83 
 
 		 501 aa  526  1e-148  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03580  hypothetical protein  51.83 
 
 		 501 aa  526  1e-148  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.550483  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4265  D-ribose transporter ATP binding protein  51.63 
 
 		 501 aa  525  1e-148  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0146477  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3965  D-ribose transporter ATP binding protein  51.83 
 
 		 501 aa  526  1e-148  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4117  D-ribose transporter ATP binding protein  51.83 
 
 		 501 aa  526  1e-148  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.159229 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4245  D-ribose transporter ATP binding protein  51.63 
 
 		 501 aa  525  1e-148  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0036959 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4527  D-ribose transporter ATP binding protein  51.32 
 
 		 501 aa  521  1e-147  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0169315  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5185  D-ribose transporter ATP binding protein  51.63 
 
 		 501 aa  525  1e-147  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0631054  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2687  ABC transporter related  53.46 
 
 		 495 aa  524  1e-147  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4109  D-ribose transporter ATP binding protein  51.63 
 
 		 516 aa  522  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.114584  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4215  D-ribose transporter ATP binding protein  51.63 
 
 		 516 aa  521  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.777457 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0010  D-ribose transporter ATP binding protein  53.64 
 
 		 500 aa  523  1e-147  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000341  ribose ABC transport system ATP-binding protein RbsA  53.05 
 
 		 501 aa  518  1e-146  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4274  D-ribose transporter ATP binding protein  51.63 
 
 		 516 aa  521  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4094  D-ribose transporter ATP binding protein  51.63 
 
 		 516 aa  521  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0515  D-ribose transporter ATP binding protein  53.05 
 
 		 501 aa  518  1e-146  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4165  D-ribose transporter ATP binding protein  51.63 
 
 		 501 aa  520  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.846402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06145  D-ribose transporter ATP binding protein  53.66 
 
 		 501 aa  520  1e-146  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4237  D-ribose transporter ATP binding protein  51.12 
 
 		 501 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0287863  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4900  D-ribose transporter ATP binding protein  51.12 
 
 		 501 aa  515  1.0000000000000001e-145  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.200163  hitchhiker  0.000000993507 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1371  D-ribose transporter ATP binding protein  53.55 
 
 		 504 aa  513  1e-144  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0341  D-ribose transporter ATP binding protein  52.33 
 
 		 501 aa  514  1e-144  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0164  ABC transporter related  53.35 
 
 		 496 aa  505  9.999999999999999e-143  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0624  ABC sugar transporter, ATPase subunit  47.97 
 
 		 512 aa  498  1e-140  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3218  ribose import ATP-binding protein RbsA  51.52 
 
 		 501 aa  497  1e-139  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3599  ABC transporter related  47.26 
 
 		 512 aa  495  1e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.190927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4447  ABC transporter related  48.47 
 
 		 513 aa  495  1e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00416844 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0699  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  51.12 
 
 		 494 aa  494  9.999999999999999e-139  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.159606  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0735  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  50.92 
 
 		 494 aa  492  9.999999999999999e-139  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0634  ribose ABC transporter ATP-binding protein  50.92 
 
 		 494 aa  492  9.999999999999999e-139  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.97602  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0578  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  50.92 
 
 		 494 aa  492  9.999999999999999e-139  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0724  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  50.92 
 
 		 494 aa  492  9.999999999999999e-139  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.79429e-30 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4639  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  51.12 
 
 		 494 aa  494  9.999999999999999e-139  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.202571  unclonable  1.04957e-25 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0796  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  50.71 
 
 		 494 aa  493  9.999999999999999e-139  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000104514  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4967  ABC transporter related  48.27 
 
 		 513 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0577  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  50.71 
 
 		 494 aa  490  1e-137  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0581  ABC transporter related  50.71 
 
 		 496 aa  490  1e-137  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1350  ABC sugar transporter, fused ATPase subunits  48.48 
 
 		 504 aa  491  1e-137  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0562  ABC transporter-related protein  50.51 
 
 		 496 aa  489  1e-137  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000997744  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3330  ABC transporter related protein  49.09 
 
 		 497 aa  490  1e-137  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4170  ABC transporter related  49.49 
 
 		 503 aa  489  1e-137  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.611876  normal  0.0273413 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1667  ABC transporter related  52.92 
 
 		 502 aa  490  1e-137  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.338027  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1134  ABC transporter related  49.39 
 
 		 506 aa  487  1e-136  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000497905  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5245  ABC transporter related  47.46 
 
 		 514 aa  488  1e-136  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.835189 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3328  ABC transporter related  47.67 
 
 		 512 aa  487  1e-136  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5039  ABC transporter related  47.67 
 
 		 512 aa  487  1e-136  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02652  conserved hypothetical protein  51.53 
 
 		 499 aa  481  1e-134  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02613  hypothetical protein  51.53 
 
 		 499 aa  481  1e-134  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5597  ABC transporter related  49.09 
 
 		 503 aa  479  1e-134  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.609428  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5318  ABC transporter related  47.68 
 
 		 508 aa  475  1e-133  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.398307  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2172  ABC transporter-like  49.5 
 
 		 517 aa  475  1e-133  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.327318  normal  0.453102 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1305  ABC transporter related  47.76 
 
 		 524 aa  476  1e-133  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2010  ABC transporter related  51.63 
 
 		 500 aa  478  1e-133  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1344  ABC transporter related  47.96 
 
 		 524 aa  476  1e-133  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0975  ABC transporter related  49.9 
 
 		 495 aa  474  1e-132  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000220508  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0116  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  49.29 
 
 		 492 aa  473  1e-132  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0411  ABC transporter related  49.9 
 
 		 494 aa  472  1e-132  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.046808  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0667  ribose ABC transporter ATP-binding protein  51.52 
 
 		 461 aa  472  1e-132  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2021  xylose transporter ATP-binding subunit  49 
 
 		 504 aa  473  1e-132  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6315  ABC transporter related  47.27 
 
 		 514 aa  473  1e-132  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.681428  normal  0.300453 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0943  ABC transporter related  47.86 
 
 		 524 aa  474  1e-132  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.157228  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6474  ABC transporter related  47.07 
 
 		 514 aa  473  1e-132  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.891446  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1425  ABC transporter related  47.86 
 
 		 524 aa  474  1e-132  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0484861  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1403  ABC transporter related  48.07 
 
 		 524 aa  474  1e-132  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6709  ABC transporter related  47.07 
 
 		 514 aa  473  1e-132  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.268301  normal  0.306288 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1088  ABC transporter related  45.86 
 
 		 507 aa  473  1e-132  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.117363 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1890  ABC transporter related  47.35 
 
 		 524 aa  473  1e-132  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.232644 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2929  ABC transporter related  45.92 
 
 		 521 aa  469  1.0000000000000001e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180289 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22700  ABC transporter related  49.49 
 
 		 501 aa  470  1.0000000000000001e-131  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00201717  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4569  ABC sugar transporter, ATPase subunit  47.35 
 
 		 527 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0873  ABC transporter related  46.28 
 
 		 514 aa  469  1.0000000000000001e-131  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.304732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0832  ABC transporter related  48.81 
 
 		 520 aa  468  1.0000000000000001e-131  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6621  ABC transporter related protein  49.5 
 
 		 525 aa  469  1.0000000000000001e-131  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000823555 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0946  ABC transporter related  45.42 
 
 		 499 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0298167  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50310  ABC transporter ATP-binding protein  47.05 
 
 		 523 aa  470  1.0000000000000001e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.433727  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5135  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (ribose)  48.09 
 
 		 524 aa  471  1.0000000000000001e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2808  ABC transporter ATP-binding protein  49.9 
 
 		 510 aa  469  1.0000000000000001e-131  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2492  ABC transporter related protein  50.4 
 
 		 498 aa  471  1.0000000000000001e-131  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1655  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  47.02 
 
 		 517 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2379  galactose/methyl galaxtoside transporter ATP-binding protein  46.34 
 
 		 506 aa  468  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1060  galactose/methyl galaxtoside transporter ATP-binding protein  45.77 
 
 		 506 aa  465  9.999999999999999e-131  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0809  ABC transporter related  48.9 
 
 		 509 aa  465  9.999999999999999e-131  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2428  galactose/methyl galaxtoside transporter ATP-binding protein  46.14 
 
 		 506 aa  467  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2335  galactose/methyl galaxtoside transporter ATP-binding protein  46.14 
 
 		 506 aa  466  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.728797  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2424  galactose/methyl galaxtoside transporter ATP-binding protein  46.14 
 
 		 506 aa  466  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.6193  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2996  galactose/methyl galaxtoside transporter ATP-binding protein  45.97 
 
 		 506 aa  465  9.999999999999999e-131  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0286  carbohydrate ABC transporter ATP-binding protein  47.02 
 
 		 517 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0197  carbohydrate ABC transporter ATP-binding protein  47.02 
 
 		 517 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.422897  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2524  ABC transporter related  47.69 
 
 		 505 aa  467  9.999999999999999e-131  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3018  galactose/methyl galaxtoside transporter ATP-binding protein  45.66 
 
 		 506 aa  462  1e-129  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0173855 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3489  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  48.37 
 
 		 525 aa  463  1e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4030  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  45.98 
 
 		 507 aa  464  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1465  ABC transporter related  46.44 
 
 		 517 aa  464  1e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.748698  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1425  ABC transporter related  46.64 
 
 		 517 aa  465  1e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>