More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2030 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01868  fused L-arabinose transporter subunits of ABC superfamily: ATP-binding components  77.71 
 
 		 504 aa  810    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.97097  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1743  ABC transporter related protein  77.71 
 
 		 504 aa  810    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.50451  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1998  L-arabinose transporter ATP-binding protein  83.37 
 
 		 523 aa  864    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1286  L-arabinose transporter ATP-binding protein  77.91 
 
 		 504 aa  811    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00939133  hitchhiker  0.000000120675 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1884  L-arabinose transporter ATP-binding protein  83.37 
 
 		 523 aa  864    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.326668  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1911  L-arabinose transporter ATP-binding protein  84.81 
 
 		 506 aa  881    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.389706  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1024  L-arabinose transporter ATP-binding protein  77.71 
 
 		 504 aa  808    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2148  L-arabinose transporter ATP-binding protein  85.8 
 
 		 507 aa  885    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2262  L-arabinose transporter ATP-binding protein  83.56 
 
 		 523 aa  866    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01857  hypothetical protein  77.71 
 
 		 504 aa  810    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.974378  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2131  L-arabinose transporter ATP-binding protein  77.91 
 
 		 504 aa  811    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00340592  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2030  L-arabinose transporter ATP-binding protein  100 
 
 		 507 aa  1038    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.288148  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2330  L-arabinose transporter ATP-binding protein  97.44 
 
 		 507 aa  1011    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1996  L-arabinose transporter ATP-binding protein  77.71 
 
 		 504 aa  810    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00548515  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2246  L-arabinose transporter ATP-binding protein  82.36 
 
 		 511 aa  852    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000548441 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2636  L-arabinose transporter ATP-binding protein  77.71 
 
 		 504 aa  810    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000458478 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1735  L-arabinose transporter ATP-binding protein  77.71 
 
 		 504 aa  810    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2475  L-arabinose transporter ATP-binding protein  79.09 
 
 		 504 aa  816    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.74587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2372  L-arabinose transporter ATP-binding protein  58.94 
 
 		 507 aa  594  1e-168  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.179136  normal  0.245048 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2639  L-arabinose ABC transporter, ATP-binding protein  58.84 
 
 		 507 aa  591  1e-167  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0558785  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4140  L-arabinose transporter ATP-binding protein  58.3 
 
 		 514 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0139  L-arabinose transporter ATP-binding protein  55.98 
 
 		 503 aa  558  1e-158  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0622  L-arabinose transporter ATP-binding protein  55.98 
 
 		 503 aa  558  1e-158  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0518663  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0590  L-arabinose transporter ATP-binding protein  55.98 
 
 		 503 aa  558  1e-158  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.164103  normal  0.0495673 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2586  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.77 
 
 		 511 aa  554  1e-156  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4920  L-arabinose transporter ATP-binding protein  55.8 
 
 		 519 aa  554  1e-156  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.671617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5475  L-arabinose transporter ATP-binding protein  55.85 
 
 		 520 aa  552  1e-156  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0511877 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2996  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.77 
 
 		 511 aa  554  1e-156  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.519724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4589  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.97 
 
 		 515 aa  551  1e-155  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00173683 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3704  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.78 
 
 		 503 aa  549  1e-155  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0547  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.97 
 
 		 516 aa  549  1e-155  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0429295  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0547  L-arabinose transporter ATP-binding protein  55.18 
 
 		 503 aa  550  1e-155  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0138907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2614  L-arabinose transporter ATP-binding protein  55.24 
 
 		 504 aa  551  1e-155  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.383886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0046  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.77 
 
 		 522 aa  548  1e-154  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.54995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2763  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.91 
 
 		 520 aa  545  1e-154  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.691602  normal  0.315971 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3410  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.77 
 
 		 512 aa  546  1e-154  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0659281  normal  0.140224 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5219  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.77 
 
 		 515 aa  547  1e-154  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5640  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.77 
 
 		 515 aa  547  1e-154  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.273168  normal  0.0496803 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2757  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.12 
 
 		 511 aa  543  1e-153  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.68449  normal  0.593741 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1180  L-arabinose transporter ATP-binding protein  55.51 
 
 		 503 aa  543  1e-153  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3776  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.27 
 
 		 514 aa  544  1e-153  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.947339  normal  0.636393 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3447  L-arabinose transporter ATP-binding protein  55.1 
 
 		 503 aa  543  1e-153  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3207  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.18 
 
 		 515 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0870889 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3483  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.9 
 
 		 503 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1627  L-arabinose transporter ATP-binding protein  53.33 
 
 		 525 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3485  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.9 
 
 		 503 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2485  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.69 
 
 		 503 aa  537  1e-151  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0405  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.69 
 
 		 503 aa  537  1e-151  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.582822  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1265  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.69 
 
 		 503 aa  537  1e-151  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3300  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.69 
 
 		 503 aa  537  1e-151  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4218  L-arabinose transporter ATP-binding protein  53.23 
 
 		 520 aa  533  1e-150  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.231533  normal  0.845406 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0523  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.83 
 
 		 487 aa  531  1e-149  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.431344  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1020  L-arabinose transporter ATP-binding protein  53.16 
 
 		 497 aa  525  1e-148  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.537406  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2599  L-arabinose transporter ATP-binding protein  52.64 
 
 		 509 aa  518  1e-146  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3009  L-arabinose transporter ATP-binding protein  52.85 
 
 		 509 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3601  L-arabinose transporter ATP-binding protein  50.4 
 
 		 508 aa  506  9.999999999999999e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.611963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3961  L-arabinose transporter ATP-binding protein  52.01 
 
 		 515 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3476  L-arabinose transporter ATP-binding protein  48.4 
 
 		 501 aa  485  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3764  L-arabinose transporter ATP-binding protein  48 
 
 		 501 aa  483  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.639409  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1962  ABC transporter-related protein  47.36 
 
 		 494 aa  451  1e-125  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0299142 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3279  ABC transporter related  45.76 
 
 		 505 aa  436  1e-121  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1882  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  44.89 
 
 		 501 aa  436  1e-121  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.102904  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3855  ABC transporter related  44.62 
 
 		 513 aa  436  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.585208  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4183  ABC transporter related  44.22 
 
 		 513 aa  431  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0946  ABC transporter related  43.34 
 
 		 499 aa  429  1e-119  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0298167  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1601  ribose transport ATP-binding protein rbsA  44.69 
 
 		 501 aa  432  1e-119  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0126293  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1644  ABC transporter related  43.88 
 
 		 494 aa  425  1e-118  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000081797  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0164  ABC transporter related  44.88 
 
 		 496 aa  426  1e-118  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50310  ABC transporter ATP-binding protein  43.29 
 
 		 523 aa  427  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.433727  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4010  ABC transporter related protein  43.23 
 
 		 500 aa  426  1e-118  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4900  D-ribose transporter ATP binding protein  45.55 
 
 		 501 aa  426  1e-118  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.200163  hitchhiker  0.000000993507 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2687  ABC transporter related  44.31 
 
 		 495 aa  426  1e-118  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03635  fused D-ribose transporter subunits of ABC superfamily: ATP-binding components  45.31 
 
 		 501 aa  423  1e-117  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.483932  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4218  ABC transporter related protein  45.31 
 
 		 501 aa  423  1e-117  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0106  xylose transporter ATP-binding subunit  44.76 
 
 		 505 aa  423  1e-117  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3312  ABC transporter-related protein  41.43 
 
 		 515 aa  423  1e-117  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4117  D-ribose transporter ATP binding protein  45.31 
 
 		 501 aa  423  1e-117  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.159229 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4237  D-ribose transporter ATP binding protein  45.14 
 
 		 501 aa  423  1e-117  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0287863  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03580  hypothetical protein  45.31 
 
 		 501 aa  423  1e-117  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.550483  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5185  D-ribose transporter ATP binding protein  45.31 
 
 		 501 aa  422  1e-117  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0631054  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0613  ABC transporter related  43.52 
 
 		 497 aa  424  1e-117  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0943  ABC transporter related  42.04 
 
 		 524 aa  422  1e-117  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.157228  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4267  ABC transporter related  43.26 
 
 		 513 aa  424  1e-117  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.844031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4265  D-ribose transporter ATP binding protein  45.31 
 
 		 501 aa  423  1e-117  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0146477  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1425  ABC transporter related  42.04 
 
 		 524 aa  422  1e-117  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0484861  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3965  D-ribose transporter ATP binding protein  45.31 
 
 		 501 aa  423  1e-117  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4115  D-ribose transporter ATP binding protein  45.31 
 
 		 501 aa  422  1e-117  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.684938  normal  0.0182067 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7809  ABC transporter related  42.45 
 
 		 512 aa  421  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3489  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  43.78 
 
 		 525 aa  419  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4133  ABC transporter related  45.31 
 
 		 502 aa  421  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1371  D-ribose transporter ATP binding protein  44.67 
 
 		 504 aa  418  1e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0211  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  46 
 
 		 517 aa  419  1e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.40873  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1890  ABC transporter related  41.53 
 
 		 524 aa  421  1e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.232644 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4245  D-ribose transporter ATP binding protein  45.1 
 
 		 501 aa  421  1e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0036959 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1305  ABC transporter related  41.96 
 
 		 524 aa  419  1e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1403  ABC transporter related  41.84 
 
 		 524 aa  420  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0061  ABC transporter related  42.04 
 
 		 516 aa  422  1e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4569  ABC sugar transporter, ATPase subunit  41.63 
 
 		 527 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5135  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (ribose)  44.13 
 
 		 524 aa  415  9.999999999999999e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4274  D-ribose transporter ATP binding protein  44.44 
 
 		 516 aa  416  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>