More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5337 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5337  amidase  100 
 
 		 471 aa  916    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969017  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6359  Amidase  64.39 
 
 		 470 aa  528  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0595447 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6180  Amidase  64.18 
 
 		 470 aa  526  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.579752  normal  0.528616 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5271  glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  57.93 
 
 		 469 aa  458  9.999999999999999e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.171367  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3309  amidase  52.78 
 
 		 465 aa  402  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1304  amidase  39.91 
 
 		 437 aa  205  2e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.448895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7187  putative amidase  34.72 
 
 		 491 aa  204  4e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.349285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2108  amidase  35.62 
 
 		 481 aa  203  5e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5822  amidase  40.64 
 
 		 490 aa  200  3.9999999999999996e-50  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.41587 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5672  amidase  37.2 
 
 		 489 aa  196  6e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5293  amidase  37.4 
 
 		 489 aa  196  6e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.326769  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5382  amidase  37.4 
 
 		 489 aa  196  6e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.789987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3197  amidase  33.83 
 
 		 488 aa  194  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1016  amidase  36.76 
 
 		 489 aa  193  4e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1076  amidase  32.14 
 
 		 470 aa  191  2e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1820  amidase  34.22 
 
 		 483 aa  190  5.999999999999999e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.138584 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0518  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  34.5 
 
 		 498 aa  187  4e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.492304  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1371  Amidase  36.23 
 
 		 509 aa  182  2e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2998  Amidase  37.25 
 
 		 492 aa  179  1e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0561708 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4526  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase, putative  34.24 
 
 		 481 aa  177  4e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.403464  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3322  Amidase  35.82 
 
 		 476 aa  177  4e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0191  amidase  33.13 
 
 		 492 aa  177  4e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0245  amidase  33.53 
 
 		 495 aa  177  5e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1550  amidase  37.71 
 
 		 476 aa  176  6e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.345213 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3042  amidase  32.85 
 
 		 476 aa  176  8e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0692  Amidase  33.19 
 
 		 472 aa  176  9.999999999999999e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0189  amidase  35.81 
 
 		 492 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4268  amidase  33.26 
 
 		 483 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6405  amidase  35.15 
 
 		 491 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1476  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  38.32 
 
 		 492 aa  173  5e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0202  amidase  35.81 
 
 		 492 aa  173  5e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.226133  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2764  hypothetical protein  32.67 
 
 		 460 aa  173  7.999999999999999e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4892  amidase  35.12 
 
 		 480 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3272  amidase  35.12 
 
 		 480 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.054891 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6915  amidase  35.05 
 
 		 480 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.128062  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0311  amidase  36.65 
 
 		 489 aa  171  2e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5288  glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.49 
 
 		 473 aa  171  3e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.836412  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6117  amidase  34.94 
 
 		 484 aa  171  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4710  amidase  34.5 
 
 		 481 aa  169  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0501  amidase  32.01 
 
 		 503 aa  169  1e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3602  amidase  35.44 
 
 		 501 aa  168  2e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00171301  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3583  Amidase  36.93 
 
 		 495 aa  167  2.9999999999999998e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1839  Amidase  31.38 
 
 		 490 aa  167  4e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2910  hypothetical protein  32.45 
 
 		 460 aa  167  4e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1064  amidase  38 
 
 		 495 aa  167  4e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.541776 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4842  amidase  35.82 
 
 		 476 aa  167  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00703489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2551  amidase  33.82 
 
 		 474 aa  167  4e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0761469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1781  Amidase  36.27 
 
 		 493 aa  167  4e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0646123  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2126  Amidase  34.8 
 
 		 474 aa  167  5e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0228  Amidase  32.73 
 
 		 508 aa  166  5.9999999999999996e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1995  amidase  33.26 
 
 		 470 aa  166  6.9999999999999995e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2041  amidase  33.26 
 
 		 470 aa  166  6.9999999999999995e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2163  amidase  31.86 
 
 		 531 aa  166  8e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0765875  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2535  amidase  32.8 
 
 		 501 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0740516  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2401  putative 6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  38.22 
 
 		 485 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0726676  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0555  amidase  35.81 
 
 		 499 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0872819  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3515  Amidase  37.45 
 
 		 500 aa  165  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2905  amidase  33.54 
 
 		 474 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.132105  normal  0.0619006 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6135  putative amidase  34.27 
 
 		 499 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0320025 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6284  Amidase  34.15 
 
 		 476 aa  164  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.319568 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3053  amidase  36.02 
 
 		 475 aa  164  5.0000000000000005e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.807445 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1976  amidase  33.26 
 
 		 470 aa  163  6e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.268082  normal  0.916059 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4331  amidase  34.25 
 
 		 522 aa  162  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03450  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  33.4 
 
 		 493 aa  162  1e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.524183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0166  amidase  30.84 
 
 		 479 aa  162  2e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3416  Amidase  35.76 
 
 		 486 aa  162  2e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.859407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3043  amidase  34.17 
 
 		 475 aa  161  3e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.020866  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1403  Amidase  30.87 
 
 		 467 aa  161  3e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.566614  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6344  Amidase  33.89 
 
 		 502 aa  160  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.918159  normal  0.55014 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0390  Amidase  34.71 
 
 		 506 aa  160  6e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0927  amidase  35.68 
 
 		 472 aa  159  8e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2213  amidase  32.03 
 
 		 468 aa  159  8e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0370665  normal  0.373518 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3433  amidase  36.88 
 
 		 495 aa  158  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0529991  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1602  amidase  35.5 
 
 		 476 aa  158  2e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.270176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2933  amidase  33.53 
 
 		 493 aa  157  3e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.614847  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3378  amidase  36.11 
 
 		 492 aa  157  4e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3358  amidase  35.74 
 
 		 470 aa  157  4e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.727404  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1372  Amidase  31.08 
 
 		 467 aa  157  5.0000000000000005e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6315  amidase  35.27 
 
 		 482 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3835  amidase family protein  33.33 
 
 		 521 aa  153  8e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.254252  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0110  amidase  34.86 
 
 		 504 aa  151  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3161  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  33.73 
 
 		 496 aa  151  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.386322  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3916  amidase family protein  33.73 
 
 		 517 aa  152  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.153951  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1704  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  33.6 
 
 		 494 aa  151  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3137  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  33.6 
 
 		 494 aa  151  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3414  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  33.6 
 
 		 494 aa  151  3e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2832  amidase  37.56 
 
 		 492 aa  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.26863  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0257  amidase  37.81 
 
 		 492 aa  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0275  amidase  37.56 
 
 		 492 aa  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2839  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  33.6 
 
 		 496 aa  150  4e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0054  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  33.53 
 
 		 496 aa  150  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0622  amidase  31.61 
 
 		 496 aa  150  4e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.240573  normal  0.237007 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2598  amidase  31.65 
 
 		 474 aa  150  5e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.468193  normal  0.210998 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4481  Amidase  32.26 
 
 		 494 aa  150  5e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4130  amidase  32.22 
 
 		 468 aa  150  6e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0304259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2581  Amidase  36.63 
 
 		 483 aa  150  6e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.632619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4169  amidase  32.64 
 
 		 479 aa  150  7e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.291168  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12902  amidase  32.25 
 
 		 473 aa  149  8e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.828525  normal  0.749825 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0088  Amidase  34.21 
 
 		 502 aa  149  9e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.777879 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5815  Amidase  35.33 
 
 		 476 aa  149  1.0000000000000001e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.932467  decreased coverage  0.00501532 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>