More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3053 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3053  amidase  100 
 
 
475 aa  955    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.807445 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3043  amidase  43.82 
 
 
475 aa  308  1.0000000000000001e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.020866  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2535  amidase  42.62 
 
 
501 aa  305  1.0000000000000001e-81  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0740516  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3602  amidase  44.19 
 
 
501 aa  295  9e-79  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00171301  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3042  amidase  40.29 
 
 
476 aa  286  4e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136828  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2598  amidase  41.58 
 
 
474 aa  284  2.0000000000000002e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.468193  normal  0.210998 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0927  amidase  43.28 
 
 
472 aa  284  3.0000000000000004e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0245  amidase  41.1 
 
 
495 aa  283  4.0000000000000003e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3583  Amidase  43.98 
 
 
495 aa  281  2e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2933  amidase  40.37 
 
 
493 aa  281  3e-74  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.614847  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1820  amidase  40.9 
 
 
483 aa  277  3e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.138584 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3322  Amidase  42.58 
 
 
476 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3918  Amidase  41.76 
 
 
519 aa  275  1.0000000000000001e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.433786 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6135  putative amidase  39.36 
 
 
499 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0320025 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3433  amidase  43.15 
 
 
495 aa  275  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0529991  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3515  Amidase  43.33 
 
 
500 aa  272  1e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2905  amidase  41.68 
 
 
474 aa  270  4e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.132105  normal  0.0619006 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2551  amidase  41.42 
 
 
474 aa  269  1e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0761469  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5288  glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  39.96 
 
 
473 aa  267  2.9999999999999995e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.836412  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03450  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  41.84 
 
 
493 aa  265  1e-69  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.524183  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0501  amidase  37.7 
 
 
503 aa  265  2e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3197  amidase  36.85 
 
 
488 aa  263  4e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5293  amidase  39.38 
 
 
489 aa  263  6e-69  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.326769  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5382  amidase  39.38 
 
 
489 aa  263  6e-69  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.789987  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1476  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  41.47 
 
 
492 aa  262  8.999999999999999e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4169  amidase  41.54 
 
 
479 aa  262  1e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.291168  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0228  Amidase  39.39 
 
 
508 aa  261  2e-68  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1781  Amidase  41.12 
 
 
493 aa  261  3e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0646123  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5672  amidase  39.18 
 
 
489 aa  261  3e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2126  Amidase  41.11 
 
 
474 aa  259  7e-68  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1550  amidase  41.13 
 
 
476 aa  256  6e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.345213 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4710  amidase  39.17 
 
 
481 aa  254  2.0000000000000002e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4481  Amidase  41.67 
 
 
494 aa  254  3e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4268  amidase  39.79 
 
 
483 aa  252  1e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6315  amidase  38.62 
 
 
482 aa  250  3e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0555  amidase  40.89 
 
 
499 aa  250  5e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0872819  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5822  amidase  40.21 
 
 
490 aa  249  7e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.41587 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2163  amidase  36.82 
 
 
531 aa  249  9e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0765875  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2401  putative 6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  41.19 
 
 
485 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0726676  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1016  amidase  38.54 
 
 
489 aa  244  3.9999999999999997e-63  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6344  Amidase  39.21 
 
 
502 aa  242  1e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.918159  normal  0.55014 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0088  Amidase  39.6 
 
 
502 aa  241  2e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.777879 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1064  amidase  40.51 
 
 
495 aa  241  2e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.541776 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1371  Amidase  39.09 
 
 
509 aa  240  4e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6405  amidase  38.74 
 
 
491 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4842  amidase  38.49 
 
 
476 aa  233  7.000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00703489  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6117  amidase  38.2 
 
 
484 aa  233  7.000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0311  amidase  38.61 
 
 
489 aa  232  1e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4892  amidase  37.89 
 
 
480 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3272  amidase  37.89 
 
 
480 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.054891 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6915  amidase  37.89 
 
 
480 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.128062  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4526  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase, putative  36.71 
 
 
481 aa  228  2e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.403464  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7187  putative amidase  35.64 
 
 
491 aa  228  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.349285  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2205  Amidase  38.01 
 
 
473 aa  227  3e-58  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.904932  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0334  amidase  36.21 
 
 
465 aa  226  9e-58  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4525  amidase  37.4 
 
 
467 aa  226  1e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0518  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  37.02 
 
 
498 aa  224  3e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.492304  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2998  Amidase  38.68 
 
 
492 aa  222  9.999999999999999e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0561708 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0054  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  38.98 
 
 
496 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3161  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  38.34 
 
 
496 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.386322  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0431  amidase  37.04 
 
 
497 aa  221  1.9999999999999999e-56  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1519  amidase  33.4 
 
 
488 aa  221  1.9999999999999999e-56  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0692  Amidase  36.09 
 
 
472 aa  220  5e-56  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0622  amidase  35.83 
 
 
496 aa  219  7e-56  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.240573  normal  0.237007 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3414  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  39.18 
 
 
494 aa  219  8.999999999999998e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3137  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  39.18 
 
 
494 aa  219  8.999999999999998e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1704  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  39.18 
 
 
494 aa  219  8.999999999999998e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2839  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  39.14 
 
 
496 aa  218  2e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3916  amidase family protein  38.93 
 
 
517 aa  218  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.153951  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2735  amidase  38.91 
 
 
489 aa  218  2e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.395131  normal  0.14189 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2705  amidase  38.91 
 
 
489 aa  218  2e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0919281  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1228  amidase  37.11 
 
 
466 aa  218  2e-55  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2749  amidase  38.91 
 
 
489 aa  218  2e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3835  amidase family protein  39.14 
 
 
521 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.254252  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1076  amidase  34.61 
 
 
470 aa  217  4e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0191  amidase  35.55 
 
 
492 aa  216  5e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0202  amidase  39.76 
 
 
492 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.226133  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2154  amidase  37.47 
 
 
503 aa  215  9.999999999999999e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.241394  normal  0.0235675 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0189  amidase  39.55 
 
 
492 aa  215  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6284  Amidase  35.42 
 
 
476 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.319568 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0166  amidase  34.61 
 
 
479 aa  213  5.999999999999999e-54  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1372  Amidase  34.24 
 
 
467 aa  213  7e-54  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1543  Amidase  39.26 
 
 
477 aa  211  3e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.00658018  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5815  Amidase  38.28 
 
 
476 aa  210  4e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.932467  decreased coverage  0.00501532 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1403  Amidase  34.04 
 
 
467 aa  209  9e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.566614  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4559  Amidase  39.32 
 
 
496 aa  206  9e-52  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.739809  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1995  amidase  37.05 
 
 
470 aa  204  3e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2041  amidase  37.05 
 
 
470 aa  204  3e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2108  amidase  34.51 
 
 
481 aa  204  3e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2213  amidase  35.67 
 
 
468 aa  204  4e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0370665  normal  0.373518 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12902  amidase  37.18 
 
 
473 aa  203  5e-51  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.828525  normal  0.749825 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1602  amidase  37.27 
 
 
476 aa  202  9.999999999999999e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.270176  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1976  amidase  36.84 
 
 
470 aa  201  1.9999999999999998e-50  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.268082  normal  0.916059 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3242  amidase  38.22 
 
 
470 aa  199  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3416  Amidase  38.46 
 
 
486 aa  198  2.0000000000000003e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.859407  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0390  Amidase  35.98 
 
 
506 aa  197  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4331  amidase  36.33 
 
 
522 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1839  Amidase  34.32 
 
 
490 aa  197  4.0000000000000005e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0110  amidase  37.18 
 
 
504 aa  194  3e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2536  amidase  36.1 
 
 
475 aa  194  3e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.221374  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>