More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2905 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_2551  amidase  89.45 
 
 
474 aa  833    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0761469  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2905  amidase  100 
 
 
474 aa  959    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.132105  normal  0.0619006 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3322  Amidase  88.4 
 
 
476 aa  829    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3602  amidase  51.49 
 
 
501 aa  385  1e-106  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00171301  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3043  amidase  49.47 
 
 
475 aa  384  1e-105  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.020866  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2535  amidase  45.44 
 
 
501 aa  367  1e-100  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0740516  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3042  amidase  46.23 
 
 
476 aa  363  5.0000000000000005e-99  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136828  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3918  Amidase  45.72 
 
 
519 aa  353  2.9999999999999997e-96  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.433786 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3583  Amidase  47.47 
 
 
495 aa  351  2e-95  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2933  amidase  46.09 
 
 
493 aa  348  2e-94  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.614847  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0501  amidase  42.25 
 
 
503 aa  346  6e-94  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3515  Amidase  46.8 
 
 
500 aa  343  2.9999999999999997e-93  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3433  amidase  47.47 
 
 
495 aa  342  1e-92  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0529991  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5288  glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  42.71 
 
 
473 aa  335  7.999999999999999e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.836412  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0088  Amidase  45.91 
 
 
502 aa  332  1e-89  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.777879 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03450  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  44.6 
 
 
493 aa  329  5.0000000000000004e-89  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.524183  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2163  amidase  42.42 
 
 
531 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0765875  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3197  amidase  43.34 
 
 
488 aa  325  1e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4526  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase, putative  44.26 
 
 
481 aa  324  2e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.403464  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4268  amidase  44.03 
 
 
483 aa  322  7e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0555  amidase  42.97 
 
 
499 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0872819  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1820  amidase  44.23 
 
 
483 aa  321  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.138584 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6315  amidase  42.71 
 
 
482 aa  316  6e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0927  amidase  43.8 
 
 
472 aa  311  2e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6405  amidase  43.78 
 
 
491 aa  307  3e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0245  amidase  41.31 
 
 
495 aa  306  8.000000000000001e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2401  putative 6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  44.35 
 
 
485 aa  305  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0726676  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1064  amidase  43.78 
 
 
495 aa  302  8.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.541776 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4892  amidase  42.86 
 
 
480 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3272  amidase  42.86 
 
 
480 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.054891 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6915  amidase  42.86 
 
 
480 aa  301  2e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.128062  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6117  amidase  43.66 
 
 
484 aa  300  3e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6135  putative amidase  39.31 
 
 
499 aa  299  6e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0320025 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5672  amidase  41.68 
 
 
489 aa  296  7e-79  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5293  amidase  41.68 
 
 
489 aa  295  1e-78  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.326769  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5382  amidase  41.68 
 
 
489 aa  295  1e-78  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.789987  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1476  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  43.36 
 
 
492 aa  292  9e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1016  amidase  42.31 
 
 
489 aa  290  4e-77  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0202  amidase  43.09 
 
 
492 aa  288  2e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.226133  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0189  amidase  43.12 
 
 
492 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5822  amidase  41.73 
 
 
490 aa  286  5e-76  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.41587 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1781  Amidase  40.75 
 
 
493 aa  285  9e-76  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0646123  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4710  amidase  41.15 
 
 
481 aa  283  6.000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3161  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  41.91 
 
 
496 aa  281  2e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.386322  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3916  amidase family protein  42.77 
 
 
517 aa  280  4e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.153951  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2839  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  42.48 
 
 
496 aa  279  6e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3414  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  42.48 
 
 
494 aa  279  6e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1704  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  42.48 
 
 
494 aa  279  6e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3137  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  42.48 
 
 
494 aa  279  6e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4169  amidase  40.84 
 
 
479 aa  279  7e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.291168  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0054  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  42.39 
 
 
496 aa  279  8e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0110  amidase  42.38 
 
 
504 aa  278  2e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0390  Amidase  42.6 
 
 
506 aa  278  2e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3835  amidase family protein  43.35 
 
 
521 aa  278  2e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.254252  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1371  Amidase  40.45 
 
 
509 aa  276  5e-73  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2598  amidase  41.56 
 
 
474 aa  276  5e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.468193  normal  0.210998 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2998  Amidase  42.54 
 
 
492 aa  276  8e-73  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0561708 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6284  Amidase  39.22 
 
 
476 aa  275  9e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.319568 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0228  Amidase  39.8 
 
 
508 aa  275  9e-73  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4842  amidase  40.21 
 
 
476 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00703489  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5815  Amidase  42.27 
 
 
476 aa  275  1.0000000000000001e-72  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.932467  decreased coverage  0.00501532 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4331  amidase  42.04 
 
 
522 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3378  amidase  42.8 
 
 
492 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0518  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  40.08 
 
 
498 aa  268  2e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.492304  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4481  Amidase  41.16 
 
 
494 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2126  Amidase  42.53 
 
 
474 aa  267  4e-70  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0431  amidase  38.87 
 
 
497 aa  266  5.999999999999999e-70  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0311  amidase  39.82 
 
 
489 aa  263  3e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2832  amidase  41.87 
 
 
492 aa  261  3e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.26863  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0275  amidase  41.87 
 
 
492 aa  261  3e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1550  amidase  40.71 
 
 
476 aa  259  8e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.345213 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0257  amidase  42.06 
 
 
492 aa  259  8e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0622  amidase  38.16 
 
 
496 aa  257  3e-67  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.240573  normal  0.237007 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4559  Amidase  43.06 
 
 
496 aa  256  7e-67  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.739809  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6344  Amidase  38.51 
 
 
502 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.918159  normal  0.55014 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2205  Amidase  36.85 
 
 
473 aa  247  4e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.904932  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2154  amidase  40.04 
 
 
503 aa  246  9e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.241394  normal  0.0235675 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0183  amidase  40.52 
 
 
492 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.813319  normal  0.0139944 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3358  amidase  39.16 
 
 
470 aa  240  4e-62  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.727404  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3053  amidase  42.07 
 
 
475 aa  236  6e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.807445 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3416  Amidase  38.74 
 
 
486 aa  235  1.0000000000000001e-60  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.859407  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1602  amidase  39.29 
 
 
476 aa  234  3e-60  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.270176  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2735  amidase  39.67 
 
 
489 aa  231  3e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.395131  normal  0.14189 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2536  amidase  39.38 
 
 
475 aa  230  3e-59  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.221374  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2705  amidase  39.83 
 
 
489 aa  230  3e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0919281  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2749  amidase  39.83 
 
 
489 aa  230  3e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7330  amidase  36.89 
 
 
477 aa  229  6e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7187  putative amidase  35.92 
 
 
491 aa  229  8e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.349285  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3242  amidase  37.39 
 
 
470 aa  223  4.9999999999999996e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1228  amidase  36.09 
 
 
466 aa  221  3e-56  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1346  Amidase  38.99 
 
 
476 aa  220  3.9999999999999997e-56  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.515427  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2213  amidase  36.15 
 
 
468 aa  220  3.9999999999999997e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0370665  normal  0.373518 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0692  Amidase  36.97 
 
 
472 aa  218  2e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1519  amidase  33.05 
 
 
488 aa  211  3e-53  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2922  amidase  38.69 
 
 
493 aa  207  2e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.275961  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0191  amidase  34.43 
 
 
492 aa  207  2e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2910  hypothetical protein  33.55 
 
 
460 aa  207  4e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1995  amidase  37.12 
 
 
470 aa  207  4e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2041  amidase  37.12 
 
 
470 aa  207  4e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3007  Amidase  39.41 
 
 
495 aa  206  6e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>