More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5271 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5271  glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  100 
 
 		 469 aa  930    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.171367  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6359  Amidase  66.1 
 
 		 470 aa  546  1e-154  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0595447 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6180  Amidase  65.81 
 
 		 470 aa  537  1e-151  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.579752  normal  0.528616 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5337  amidase  57.93 
 
 		 471 aa  437  1e-121  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3309  amidase  52.03 
 
 		 465 aa  399  9.999999999999999e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1076  amidase  36.54 
 
 		 470 aa  214  2.9999999999999995e-54  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1820  amidase  40.6 
 
 		 483 aa  212  9e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.138584 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6284  Amidase  36.08 
 
 		 476 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.319568 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5822  amidase  38.32 
 
 		 490 aa  201  1.9999999999999998e-50  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.41587 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1016  amidase  35.43 
 
 		 489 aa  201  3e-50  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1304  amidase  38.9 
 
 		 437 aa  199  7.999999999999999e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.448895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5672  amidase  36.29 
 
 		 489 aa  197  3e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2108  amidase  35.67 
 
 		 481 aa  197  4.0000000000000005e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5293  amidase  36.29 
 
 		 489 aa  195  1e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.326769  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5382  amidase  36.29 
 
 		 489 aa  195  1e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.789987  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2126  Amidase  36.38 
 
 		 474 aa  193  4e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03450  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  34.52 
 
 		 493 aa  191  2.9999999999999997e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.524183  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0245  amidase  35.01 
 
 		 495 aa  190  5e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0518  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  34.93 
 
 		 498 aa  189  7e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.492304  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0191  amidase  33.19 
 
 		 492 aa  189  1e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6344  Amidase  36.08 
 
 		 502 aa  187  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.918159  normal  0.55014 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0166  amidase  32.27 
 
 		 479 aa  187  5e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3197  amidase  32.14 
 
 		 488 aa  186  6e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3042  amidase  31.51 
 
 		 476 aa  186  9e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136828  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4526  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase, putative  33.33 
 
 		 481 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.403464  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1550  amidase  37.63 
 
 		 476 aa  183  6e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.345213 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6135  putative amidase  35.45 
 
 		 499 aa  182  8.000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0320025 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0927  amidase  35.15 
 
 		 472 aa  181  2.9999999999999997e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0501  amidase  32.36 
 
 		 503 aa  178  1e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7187  putative amidase  33.97 
 
 		 491 aa  178  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.349285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1371  Amidase  33.99 
 
 		 509 aa  178  2e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1781  Amidase  35.08 
 
 		 493 aa  178  2e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0646123  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2536  amidase  34.48 
 
 		 475 aa  177  3e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.221374  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2998  Amidase  35.53 
 
 		 492 aa  177  5e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0561708 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3602  amidase  34.88 
 
 		 501 aa  177  5e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00171301  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0431  amidase  32.68 
 
 		 497 aa  176  6e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0692  Amidase  32.98 
 
 		 472 aa  175  9.999999999999999e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0311  amidase  35.68 
 
 		 489 aa  175  1.9999999999999998e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3918  Amidase  32.7 
 
 		 519 aa  174  2.9999999999999996e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.433786 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1476  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  35.98 
 
 		 492 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4268  amidase  32.21 
 
 		 483 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2910  hypothetical protein  31.03 
 
 		 460 aa  169  1e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2154  amidase  33.4 
 
 		 503 aa  169  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.241394  normal  0.0235675 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1064  amidase  34.5 
 
 		 495 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.541776 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2764  hypothetical protein  30.72 
 
 		 460 aa  166  6.9999999999999995e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3322  Amidase  33.4 
 
 		 476 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2401  putative 6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  34.93 
 
 		 485 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0726676  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4842  amidase  34.65 
 
 		 476 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00703489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2163  amidase  30.35 
 
 		 531 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0765875  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6315  amidase  35.75 
 
 		 482 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0555  amidase  34.91 
 
 		 499 aa  164  3e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0872819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1995  amidase  32.49 
 
 		 470 aa  164  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2041  amidase  32.49 
 
 		 470 aa  164  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2598  amidase  34.96 
 
 		 474 aa  163  5.0000000000000005e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.468193  normal  0.210998 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5288  glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.29 
 
 		 473 aa  164  5.0000000000000005e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.836412  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1976  amidase  32.49 
 
 		 470 aa  163  7e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.268082  normal  0.916059 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2905  amidase  33.82 
 
 		 474 aa  163  7e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.132105  normal  0.0619006 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12902  amidase  33.77 
 
 		 473 aa  163  8.000000000000001e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.828525  normal  0.749825 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0232  Amidase  34.97 
 
 		 472 aa  163  8.000000000000001e-39  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.226202  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2535  amidase  32.06 
 
 		 501 aa  161  2e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0740516  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4710  amidase  34.99 
 
 		 481 aa  160  4e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1602  amidase  33.48 
 
 		 476 aa  159  7e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.270176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3520  amidase  36.97 
 
 		 488 aa  159  1e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1346  Amidase  35.44 
 
 		 476 aa  158  2e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.515427  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7330  amidase  34.82 
 
 		 477 aa  158  2e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3007  Amidase  35.05 
 
 		 495 aa  157  3e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7198  putative glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A (Glu-ADT subunit A)  31.96 
 
 		 461 aa  157  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0280  Amidase  33.69 
 
 		 469 aa  157  4e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.16739 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1611  amidase  31.93 
 
 		 486 aa  157  5.0000000000000005e-37  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.581508  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3358  amidase  33.12 
 
 		 470 aa  157  5.0000000000000005e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.727404  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4130  amidase  34.52 
 
 		 468 aa  156  8e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0304259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6117  amidase  31.39 
 
 		 484 aa  155  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0189  amidase  35.2 
 
 		 492 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2213  amidase  32.2 
 
 		 468 aa  155  2e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0370665  normal  0.373518 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1839  Amidase  31.21 
 
 		 490 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3416  Amidase  33.47 
 
 		 486 aa  154  2.9999999999999998e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.859407  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0390  Amidase  32.67 
 
 		 506 aa  154  4e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4481  Amidase  31.7 
 
 		 494 aa  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0088  Amidase  35.42 
 
 		 502 aa  152  8e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.777879 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4331  amidase  32.73 
 
 		 522 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0228  Amidase  32.7 
 
 		 508 aa  152  1e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3515  Amidase  34.93 
 
 		 500 aa  152  1e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1403  Amidase  31.93 
 
 		 467 aa  151  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.566614  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11510  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  32.39 
 
 		 495 aa  152  2e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00476788 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2581  Amidase  32.85 
 
 		 483 aa  150  3e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.632619  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6405  amidase  31.19 
 
 		 491 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2705  amidase  34.71 
 
 		 489 aa  150  4e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0919281  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2749  amidase  34.71 
 
 		 489 aa  150  4e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3916  amidase family protein  35.29 
 
 		 517 aa  150  5e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.153951  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6915  amidase  29.79 
 
 		 480 aa  150  5e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.128062  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0054  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  35.29 
 
 		 496 aa  150  6e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3043  amidase  32.7 
 
 		 475 aa  150  6e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.020866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4892  amidase  30 
 
 		 480 aa  150  6e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3272  amidase  30 
 
 		 480 aa  150  6e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.054891 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0202  amidase  34.81 
 
 		 492 aa  150  6e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.226133  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3583  Amidase  34.73 
 
 		 495 aa  149  8e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3669  Amidase  36.94 
 
 		 480 aa  149  1.0000000000000001e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2735  amidase  34.5 
 
 		 489 aa  149  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.395131  normal  0.14189 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3835  amidase family protein  35.1 
 
 		 521 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.254252  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0666  amidase  34.43 
 
 		 466 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.341126  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>