More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1820 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1820  amidase  100 
 
 		 483 aa  978    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.138584 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0927  amidase  50.84 
 
 		 472 aa  422  1e-117  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1476  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  49.18 
 
 		 492 aa  393  1e-108  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6315  amidase  49.79 
 
 		 482 aa  379  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1550  amidase  48.96 
 
 		 476 aa  376  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.345213 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4710  amidase  46.9 
 
 		 481 aa  369  1e-100  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3043  amidase  46.03 
 
 		 475 aa  352  8e-96  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.020866  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3322  Amidase  44.54 
 
 		 476 aa  335  1e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0088  Amidase  46.59 
 
 		 502 aa  327  3e-88  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.777879 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3583  Amidase  45.53 
 
 		 495 aa  325  8.000000000000001e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3515  Amidase  45.07 
 
 		 500 aa  323  3e-87  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2535  amidase  42.83 
 
 		 501 aa  321  1.9999999999999998e-86  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0740516  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2905  amidase  44 
 
 		 474 aa  321  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.132105  normal  0.0619006 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2551  amidase  43.39 
 
 		 474 aa  320  3e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0761469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3433  amidase  45.33 
 
 		 495 aa  319  7e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0529991  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5672  amidase  43.43 
 
 		 489 aa  317  4e-85  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0501  amidase  40.52 
 
 		 503 aa  315  9.999999999999999e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5293  amidase  43.43 
 
 		 489 aa  315  9.999999999999999e-85  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.326769  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5382  amidase  43.43 
 
 		 489 aa  315  9.999999999999999e-85  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.789987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3602  amidase  44.3 
 
 		 501 aa  315  1.9999999999999998e-84  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00171301  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3042  amidase  41.46 
 
 		 476 aa  314  1.9999999999999998e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136828  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5822  amidase  44.11 
 
 		 490 aa  311  2e-83  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.41587 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3918  Amidase  40 
 
 		 519 aa  297  2e-79  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.433786 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1016  amidase  43.06 
 
 		 489 aa  297  3e-79  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5288  glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  40.04 
 
 		 473 aa  287  2.9999999999999996e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.836412  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6117  amidase  41.7 
 
 		 484 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0555  amidase  42.04 
 
 		 499 aa  285  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0872819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6405  amidase  41.49 
 
 		 491 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0245  amidase  40.25 
 
 		 495 aa  282  1e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2998  Amidase  42.68 
 
 		 492 aa  281  2e-74  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0561708 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2126  Amidase  41.75 
 
 		 474 aa  279  8e-74  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2933  amidase  40.2 
 
 		 493 aa  276  4e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.614847  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4892  amidase  40.92 
 
 		 480 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3272  amidase  40.92 
 
 		 480 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.054891 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6915  amidase  40.92 
 
 		 480 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.128062  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0518  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  40.53 
 
 		 498 aa  275  2.0000000000000002e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.492304  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03450  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  39.47 
 
 		 493 aa  273  4.0000000000000004e-72  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.524183  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4268  amidase  40.42 
 
 		 483 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1781  Amidase  39.59 
 
 		 493 aa  271  2.9999999999999997e-71  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0646123  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4169  amidase  39.96 
 
 		 479 aa  267  4e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.291168  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7187  putative amidase  36.74 
 
 		 491 aa  266  5e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.349285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0228  Amidase  40.37 
 
 		 508 aa  262  1e-68  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0191  amidase  38.09 
 
 		 492 aa  261  2e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4526  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase, putative  38.32 
 
 		 481 aa  258  1e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.403464  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6135  putative amidase  37.43 
 
 		 499 aa  257  3e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0320025 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3197  amidase  36.67 
 
 		 488 aa  257  3e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4559  Amidase  41.88 
 
 		 496 aa  255  1.0000000000000001e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.739809  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1064  amidase  39.54 
 
 		 495 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.541776 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5815  Amidase  41.08 
 
 		 476 aa  254  2.0000000000000002e-66  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.932467  decreased coverage  0.00501532 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2401  putative 6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  39.75 
 
 		 485 aa  253  6e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0726676  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0189  amidase  39.27 
 
 		 492 aa  248  1e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3053  amidase  40.92 
 
 		 475 aa  249  1e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.807445 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0202  amidase  39.11 
 
 		 492 aa  246  6e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.226133  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0431  amidase  38.11 
 
 		 497 aa  245  9.999999999999999e-64  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4842  amidase  39.04 
 
 		 476 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00703489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6284  Amidase  36.67 
 
 		 476 aa  244  3e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.319568 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3835  amidase family protein  39.24 
 
 		 521 aa  242  1e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.254252  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1371  Amidase  37.85 
 
 		 509 aa  241  2.9999999999999997e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0054  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  39.28 
 
 		 496 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3916  amidase family protein  39.24 
 
 		 517 aa  238  3e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.153951  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2839  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  39.03 
 
 		 496 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3414  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  39.03 
 
 		 494 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3137  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  39.03 
 
 		 494 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1704  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  39.03 
 
 		 494 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0110  amidase  38.86 
 
 		 504 aa  235  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0622  amidase  37.55 
 
 		 496 aa  234  2.0000000000000002e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.240573  normal  0.237007 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2163  amidase  36.46 
 
 		 531 aa  234  3e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0765875  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3161  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  37.5 
 
 		 496 aa  234  3e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.386322  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4331  amidase  37.09 
 
 		 522 aa  233  7.000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2598  amidase  37.97 
 
 		 474 aa  231  2e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.468193  normal  0.210998 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3378  amidase  39.31 
 
 		 492 aa  231  2e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3358  amidase  40.29 
 
 		 470 aa  230  6e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.727404  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0166  amidase  36.33 
 
 		 479 aa  229  7e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2536  amidase  39.5 
 
 		 475 aa  229  9e-59  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.221374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2832  amidase  38.31 
 
 		 492 aa  229  1e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.26863  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0275  amidase  38.31 
 
 		 492 aa  229  1e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0257  amidase  38.51 
 
 		 492 aa  227  3e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0390  Amidase  36.84 
 
 		 506 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1543  Amidase  40.04 
 
 		 477 aa  226  7e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.00658018  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0311  amidase  38.24 
 
 		 489 aa  226  8e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2735  amidase  38.88 
 
 		 489 aa  225  1e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.395131  normal  0.14189 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2705  amidase  38.88 
 
 		 489 aa  226  1e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0919281  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2749  amidase  38.88 
 
 		 489 aa  226  1e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1346  Amidase  39.78 
 
 		 476 aa  224  3e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.515427  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1602  amidase  39.96 
 
 		 476 aa  223  4.9999999999999996e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.270176  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1839  Amidase  34.24 
 
 		 490 aa  222  9.999999999999999e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2581  Amidase  39.45 
 
 		 483 aa  221  1.9999999999999999e-56  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.632619  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7330  amidase  37.45 
 
 		 477 aa  219  1e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2108  amidase  36.42 
 
 		 481 aa  218  2e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6344  Amidase  36.25 
 
 		 502 aa  218  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.918159  normal  0.55014 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1076  amidase  36.44 
 
 		 470 aa  216  8e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0183  amidase  38.38 
 
 		 492 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.813319  normal  0.0139944 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2154  amidase  35.34 
 
 		 503 aa  214  1.9999999999999998e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.241394  normal  0.0235675 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12902  amidase  39.63 
 
 		 473 aa  213  5.999999999999999e-54  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.828525  normal  0.749825 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4481  Amidase  37.29 
 
 		 494 aa  209  7e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4525  amidase  37.47 
 
 		 467 aa  209  9e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0334  amidase  35.31 
 
 		 465 aa  209  1e-52  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2205  Amidase  36.4 
 
 		 473 aa  208  2e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.904932  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5271  glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  40.6 
 
 		 469 aa  207  4e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.171367  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1995  amidase  36.53 
 
 		 470 aa  205  1e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>